目前国内许多医学院校都采用了基于问题的教学方法（problem?based learning，PBL）教学模式，取得了初步成效。但PBL教学在实施的过程中存在诸如师资不足、学生学习热情减退和教案尚不完善等问题。为了解PBL教学的不足之处，对南京医科大学近三年连续参与PBL教学的师生进行了匿名调查，分析发现主要问题包括教师角色定位转换困难，教师和PBL案例匹配性不强，PBL教学案例数量少、信息单薄、案例重复、难度不适宜以及案例知识系统性和完整性不足等。针对PBL教学实施过程中存在的这些问题进行分析和探讨，应对策略包括加大PBL专用教学设施投入，多项措施建设高素质的教师人才队伍，激发并保持学生参与PBL教学的动力，补充和完善PBL教学案例，改良和优化教学过程等。