目的：探讨对核糖体RNA（ribosomal RNA，rDNA）内转录间隔区（internal transcribed space，ITS）的基因扩增测序技术在皮肤癣菌鉴定中的应用价值。方法：从39株临床收集的皮肤癣菌临床标本和经培养后的标本中分别提取DNA，应用通用引物ITS1和ITS4进行PCR扩增和基因测序，测序结果在NCBI的基因库中查询，通过BLAST工具比对分析进行rDNA-ITS序列分析分子鉴定。同时根据形态特征、生长特性以及生理生化指标对经培养后的标本进行表型鉴定，并与分子鉴定结果相比较。结果：两组标本均成功扩增到ITS靶基因，经测序分析，临床标本和经培养后标本rDNA-ITS序列分析结果一致，与表型鉴定结果相吻合。结论：直接从临床标本中提取致病菌DNA并进行ITS基因序列扩增和测序分析可快速、有效鉴定皮肤癣菌。