南京医科大学学报编辑部为南京医科大学文明科室，连续数届被江苏省新闻出版局、江苏省科学技术委员会、江苏期刊协会评为“江苏优秀期刊”。2009年成为江苏省科技期刊学会副理事长单位，医药期刊专委会常驻机构。编辑部现有成员9人，教授1人，编审2人，副编审1人，编辑5人，博士学位6人。共出版3本学术期刊，均为江苏省教育厅主管，南京医科大学主办。

　　《南京医科大学学报（自然科学版）》创刊于1956年，月刊，ISSN1007-4368，CN32-1442/R，连续进入《中文核心期刊要目总览》第3、4、5、6、7、8、9版（2000年至今），为中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），同时被美国《化学文摘》（CA）、美国《乌利希期刊指南》（Ulrich’s Periodicals Directory）、波兰《哥白尼索引》（IC）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JSTChina）等著名检索工具收录。

　　《南京医科大学学报（社会科学版）》创刊于2000年底，双月刊，ISSN1671-0479，CN32-1606/C，秉承为医疗卫生事业服务的办刊宗旨，本着学术无禁区，宣传有纪律的原则，刊登与医疗卫生事业相关的社科类学术论文，如卫生服务、社会医学、生命伦理、健康管理、医学教育等领域，结合地域历史和文化特色以及当前社会关注的热点问题设立重点栏目为卫生服务、金陵医史和医患沟通，为全国各级医药类高等院校师生及全国各级各类医疗机构的医务人员提供学术交流的平台。

　　Journal of Biomedical Research，前身为Journal of Nanjing Medical University（南京医科大学学报-英文版），创刊于1987年，2010年改刊名为此，双月刊，ISSN1674-8301，CN32-1810/R。2022年期刊影响因子为2.3，已被PubMed、ESCI、SCOPUS、DOAJ、Copernicus Index、中国科学引文数据库（CSCD）核心库等著名检索工具收录。2015年~2020年，连续六年获得“中国最具国际影响力学术期刊”奖项。接收国内外生物医学研究者、临床医生和各高校研究生的原创论文及国内外权威学者的综述。