新兴的微生态技术，特别是微生物组学测序技术、多组学整合挖掘技术和粪菌移植新方法，诊疗的疾病跨越多个传统学科，已经推动了相关医学学科的变革性发展。然而，如果按照当前的形式去利用、推广和发展这些微生态技术，整个领域将面临临床医学学科构架制约的问题。同时，技术思维和技术相关的功利性行为，还可能反过来为技术发展制造陷阱。新的临床医学学科构架可望解决这些瓶颈问题，并回避这些陷阱。文章旨在以医学发展的本质需求来定义微生态医学的学科概念和维度，构建新的临床医学学科，发展其理论、医疗技术和医学教育。