近年来，国家加强了对科研创新的重视，加大了对高校科研经费的投入。与此同时，与高校科研经费管理相关的一系列问题也随之产生。本文以此为研究背景，结合工作实际和以往的研究成果，总结了当前我国高校科研经费管理中存在的问题，结合内部控制的原理，从财务管理目标视角分析问题产生的原因，并提出了解决的途径和建议，运用内控的手段实现财务管理的目标，旨在提高高校科研经费的使用效益，使高校在国家的创新体系中发挥更加重大的作用。