为评估我国高校学科发展现状，本研究以入选“双一流”建设的21所医药类院校为例，选取3个代表性学科：化学、临床医学、药理学与毒理学，对2017年9月—2018年7月各院校这3个学科基本科学指标数据库（essential science indicators， ESI）学科排名及各相关指标进行监测，并进行定量分析。结果表明，3个学科均有7所院校进入全球前1‰；研究期内各院校在各学科排名稳中有升，其中药理学与毒理学学科有明显上升趋势，进步最大；论文指标排名的普遍特点是总发文数量排名最高，其次是总被引频次排名，篇均被引频次位于最后。提出“双一流”建设中应综合应用ESI数据，为人才引进、学科团队建设、公认学术期刊聚焦、关键科学问题凝炼、绩效评价等提供决策依据，加强标志性和重大成果培育，突破以往“以量取胜”的局限性，进而加快我国“双一流”建设的进程。