国家自然科学基金项目是我国基础研究体系的重要平台，文章基于2019年南京医科大学国家自然科学基金项目申报和资助情况，分析基金项目管理工作中遇到的瓶颈问题。目前竞争形势严峻，立项基金项目数量“滞涨”，申请书中原创内容偏少，平均质量不高，科学基金项目到了需要强化质量的关键时刻。科技管理部门应积极作为，提升申请书质量、减少无效申请；打造均衡的人才梯队，客观开展人才评价；进一步推动校内外科研合作，切实提升学科交叉研究水平，提升培育重大、重点类项目等，以期为基金项目管理工作提供有益借鉴。