基于CRISPR/Cas13a技术检测肿瘤驱动基因TP53R248W的研究
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E-mail:mature303@126.com

中图分类号:

R446.7

基金项目:

全军保健专项科研课题(18BJZ4);广东省医学科学技术研究基金项目(B2019139);全军卫勤保障能力创新与生成项目(20WQO29);后勤科研开放项目(BLB19J009)


Detection of tumor driver gene TP53 R248W by CRISPR/Cas13a
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    摘要:

    目的:建立一种基于 CRISPR/Cas13a 的 TP53 R248W 变异体的快速检测技术。方法:根据 Over⁃lap PCR 技术,以 TP53野生型质粒为模板构建TP53 R248W变异体质粒;对TP53R248W变异体扩增产物大小,扩增反应条件及crRNA长度和浓度进行优化,初步建立基于CRISPR/Cas13a的R248W变异体快速检测方法;利用不同突变率TP53 R248W变异体及模拟血浆 ctDNA,评价 CRISPR/Cas13a 方法的检测灵敏度。结果:建立的 CRISPR/Cas13a 方法成功检测出产物大小为 368 bp 的 TP53 R248W片段;在0.05~0.25 μmol/L浓度范围内,crRNA浓度越高,检测结果相对荧光值越高;该方法检测TP53 R248W变异体的灵敏度为1×104 拷贝/μL,最低可以检测出突变率为0.01%的变异体。结论:建立的CRISPR/Cas13a方法具有快速、简便、灵敏、 特异等优点,为组织和血浆中的TP53 R248W变异体的检测提供了新的技术手段。

    Abstract:

    Objective:To establish a CRISPR/Cas13a based method for detecting TP53 R248W mutant molecules. Methods:TP53 R248W mutant plasmid was constructed by Over⁃lap PCR using TP53 wild⁃type plasmid as template. The CRISPR/Cas13a method for the detection of TP53 R248W variant was initially established by optimizing the amplification product size,amplification technology, the length and concentration of crRNA. The sensitivity of CRISPR/Cas13a method was evaluated by TP53 R248W variants with different mutation rates and simulated plasma ctDNA. Results:The size of the amplified product detected by CRISPR/Cas13a was about 368 bp. The concentration of crRNA had influence upon the detection intensity of CRISPR/Cas13a. In the range of 0.05~0.25μmol/L, the higher the concentration of crRNA,the higher the detection intensity of CRISPR/Cas13a was detected. The sensitivity of CRISPR/ Cas13a in detecting TP53 R248W variants was 104 copies/μL,and the minimum mutation rate was 0.01% . Conclusion:The established CRISPR/Cas13a method has the advantages of rapid,simple,sensitive and specific,and provides a new technology for the detection of TP53 R248W variant in tissues and plasma.

    参考文献
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    引证文献
引用本文

邝振展,肖斌,孙朝晖,罗镕,何洁雯,李林海.基于CRISPR/Cas13a技术检测肿瘤驱动基因TP53R248W的研究[J].南京医科大学学报(自然科学版),2022,42(8):1119-1124

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  • 在线发布日期: 2022-08-07
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