目的：探讨基于DNA片段选择性磁珠纯化法（片段选择富集法）富集胎儿游离DNA结合高通量测序技术在无创产前筛查中的应用价值。方法：选取2019年8月—2021年8月在南京医科大学第一附属医院行胎儿染色体非整倍体无创产前筛查的孕妇共20 868例进行回顾性分析，比较传统DNA提取纯化法（传统纯化法）和片段选择富集法在胎儿游离DNA提取纯化质量、无创产前筛查初次检测失败率及胎儿染色体异常筛查准确性方面的差异。结果：共有5 914例孕妇采用传统纯化法结合高通量测序检测，其中33例（0.56%）判定为胎儿游离DNA浓度过低需重新抽血复检；而14 954例孕妇采用片段选择富集法结合高通量测序进行检测，2 例（0.01%）判定为胎儿游离 DNA 浓度过低需抽血复检，两组存在显著性差异（0.56% vs. 0.01%，P ＜ 0.001）。与传统纯化法（23/5 914，0.39%）相比，片段选择富集法结合高通量测序检出目标染色体异常率（21 三体+18 三体+13 三体）（47/14 954，0.31%）无明显差异（P ＞ 0.05），其中胎儿 21 三体（54.55% vs. 66.67%）、18 三体（83.33% vs. 60.00%）和13三体（50.00% vs. 25.00%）阳性预测值均无显著性差异（P ＞ 0.05）。经介入性产前诊断及产后随访复核，传统纯化法组和片段选择富集法组各有1例假阴性，两组间染色体异常漏诊率无显著性差异（0.02% vs. 0.01%，P ＞ 0.05）。结论：基于 DNA片段选择性磁珠纯化富集法，可以富集母体外周血浆中胎儿游离DNA的含量，减少因胎儿游离DNA浓度过低所致重复抽血的风险，同时不影响目标染色体疾病的阳性预测值。