目的：了解南通市2011—2016年流感样病例报告情况和病原学分型特征，为流感防治提供科学依据。方法：采用描述性流行病学方法对3家国家级流感哨点医院2011—2016年流感样病例报告信息进行统计分析，对3 d内未服用抗病毒药的流感样病例的病原检测结果进行分类统计。 结果：6年共监测流感样病例69 783例，占门急诊总数的2.64%，年度流感样病例（influenza like illness，ILI）门急诊总数比例（ILI%）有显著上升趋势（χ2=3 025.21，P＜0.05）。流感样病例0~＜5岁组发病率最高（2.53%），5~＜15岁组次之，且两个年龄组报告发病率有逐年升高趋势（χ2=4 344.22，P＜0.05）。6年来ILI%最高峰出现在2012年第30周，周ILI%达到7.64%，最低是2015年第52周，周ILI%为1.04%。本市流感发病高峰存在冬春季和夏季两个高峰，以甲型流感为主，优势亚型主要为H3亚型和B型。结论：南通市应重点针对H3亚型和B型流感病毒，同时多关注新甲型H1N1的流行动态，推荐每年9~10月加强＜15岁年龄组人群的流感疫苗接种。