目的：了解2017—2018年南京地区发热伴呼吸道症候群（febrile respiratory syndrome，FRS）的病原谱构成及优势病原流行特点。方法：于南京市鼓楼医院和南京医科大学附属儿童医院收集FRS门诊患者咽拭子标本，采用实时荧光定量PCR方法对可疑标本进行11种常见呼吸道病原的核酸检测，分析南京地区FRS的病原构成、季节变化规律、易感人群。结果：共收检标本206例，阳性检出率为68.93%（142/206）。11种病原均有检出，病原谱前3位是肺炎链球菌（74/206）、流感嗜血杆菌（53/206）、人流感病毒（30/206）。不同的病原体表现出各自的季节性。混合感染66例，最常见为肺炎链球菌合并其他病原感染。儿童发病率高于成人，为易感人群。结论：南京市FRS病原谱构成复杂，肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、人流感病毒是优势病原；不同季节的呼吸道病原谱不一致。今后需对FRS进行持续的监测和进一步深入研究。