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胃癌是一种常见的消化道恶性肿瘤,是全球第四大癌症死亡原因,仅次于肺癌、结直肠癌和肝癌[1]。尽管近年来胃癌发病率有所下降,但由于缺乏有效的早期诊断指标,胃癌患者的治疗效果不佳,预后差,死亡率较高[2-3]。目前,手术治疗是胃癌唯一的根治性治疗方法,放化疗或其他治疗方法常作为辅助治疗手段与手术结合使用[4-5]。因此,对胃癌发生发展的分子机制进行更广泛和深入的研究对寻找新的诊断指标和治疗靶点,改善胃癌患者预后,提高存活率有重要意义。环状RNA(circular RNA, circRNA)是一类具有闭合环状结构且多不具有蛋白编码能力的RNA[6]。由于具有稳定的环状结构,不易降解,且表达具有组织和疾病特异性,CircRNA 有望成为新型肿瘤标志物和治疗靶点的潜力[7]。为探寻新的胃癌差异circRNA,本文结合文献circRNA 芯片结果[8] 并经实时荧光定量PCR(RT⁃qPCR)初步验证发现hsa_circ_0001479可能在胃癌组织中高表达,因此选择该分子进行更深入的研究。本研究首次验证了 hsa_circ_0001479 在胃癌组织中表达增高并探究了其对胃癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响,从而初步阐明其在胃癌发生发展中的作用。
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1 材料和方法
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1.1 材料
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收集2017年6月—2020年7月在南通大学附属医院手术的胃癌及配对远端癌旁组织76例(男57例,女 19 例),年龄 37~82 岁。组织标本一经取出立即置于-80℃冰箱保存。所有标本均在放化疗前采集,并经病理确诊。本研究经南通大学附属医院伦理委员会批准。4 株胃癌细胞株(MGC⁃803、SGC⁃ 7901、MKN⁃45 和 BGC⁃823)及1株正常胃黏膜上皮细胞株(GES⁃1)均购自中国科学院上海生命科学研究细胞资源库。
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本研究使用的试剂为TRIzol(Invitrogen公司,美国);逆转录试剂盒(Thermo 公司,美国);DEPC 水、 18s rRNA 引物和 ZNF131 引物(上海生工生物工程股份有限公司);hsa_circ_0001479 引物(广州锐博生物科技有限公司);SYBR GreenⅠmix(北京百泰克生物技术有限公司);核糖核酸酶 R(Rnase R) (Epicentre 公司,美国);RPMI 1640 培养基和Matri⁃ gel 胶(Corning 公司,美国);Lonsera 特级胎牛血清 (上海双洳生物科技有限公司);siNC、hsa_circ_ 0001479 siRNA和GP⁃transfect⁃Mate 转染试剂(上海吉玛制药技术有限公司);空载体、hsa_circ_0001479 pcDNA(广州吉赛生物科技有限公司);CCK⁃8试剂盒(Dojindo 公司,日本);Transwell 小室(BD 公司,美国);细胞周期检测试剂盒(北京索莱宝科技有限公司)。
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1.2 方法
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1.2.1 RT⁃qPCR
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根据说明书使用TRIzol试剂从胃癌及癌旁组织或细胞中提取总 RNA。用分光光度计测定每个 RNA 样本的浓度。参照说明书用逆转录试剂盒将总 RNA 反转录成互补 DNA(cDNA),反应条件为 25℃ 5 min,42℃ 1 h,70℃ 5 min,4℃保存。在 Light Cycler 480 PCR 仪(Roche 公司,美国)上使用 SYBR Green Ⅰ mix 通过 RT⁃qPCR 检测 circRNA 的表达量,反应条件为 95℃ 10 min,95℃ 15 s,60℃ 30 s,72℃ 30 s,共 45 个循环。以 18s rRNA 作为内参,hsa_circ_0001479 的引物序列为 F:5′⁃ATCTTC⁃ GAAAACATACAGAGCAGC ⁃ 3′和 R:5′ ⁃ AACTCCT⁃ GAAGGCATTCCATC⁃3′;18s rRNA的引物序列为F: 5′⁃GTAACCCGTTGAACCCCATT⁃3′和 R:5′⁃CCATC⁃ CAATCGGTAGTAGCG ⁃3′;ZNF131 的引物为 F:5′ ⁃ ACACGTGTGCAAACTGAACC ⁃ 3′ 和 R:5′ ⁃ CCTG⁃ GAGCAGATCTGGATGG⁃3′。用2-ΔΔCt法对目的分子和内参分子进行相对定量分析。
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1.2.2 RT⁃qPCR方法学性能评价实验
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精密度评价:依据EP15⁃A2文件制定的定量检测方法精密度性能评价标准,选用6 μg组织RNA和 3 μg细胞RNA逆转录得到的高低2个浓度的cDNA 作为实验样本,每天检测1个批次,2份样本,每份样本重复测定4次,连续检测5 d。
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正确度评价:收集目的分子的 RT⁃qPCR 产物 50 μL 并送测序公司进行测序,得到的测序结果与 Circbase 数据库提供的分子序列进行比对,观察碱基顺序是否一致,扩增片段中是否包含环化位点;将目的分子与内参分子的RT⁃qPCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,观察产物片段大小与预期是否一致。
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线性范围评价:将细胞RNA逆转录得到的cDNA 以 10 倍倍比稀释,设立 5~7 个浓度梯度,通过 RT⁃ qPCR检测线性范围,用GraphPad Prism 7 软件进行线性回归分析并作图。
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1.2.3 转染与细胞增殖、迁移和侵袭能力检测
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转染:将MKN⁃45、BGC⁃823和SGC⁃7901细胞株分别培养于6孔板中,分为对照组和干扰或过表达组,使用 GP ⁃ transfect ⁃ Mate 转染试剂将 siNC 和hsa_circ_0001479 siRNA 转染至 MKN⁃45、BGC⁃823 细胞株,空载体和 hsa_circ_0001479 pcDNA 转染至 SGC⁃7901细胞株。转染48 h后通过RT⁃qPCR测定转染后表达。
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细胞增殖能力检测:①CCK⁃8实验:取转染48 h 后的细胞接种于 96 孔板中,每组设立 4 个复孔,按说明书操作后,用酶标仪上测定450 nm处各孔的吸光度值,连续检测5 d并绘制折线图;②克隆形成实验:取转染 48 h 后的细胞以每孔 1 000 个细胞接种于 6 孔板中,培养 2 周后出现肉眼可见的细胞克隆斑,用甲醛固定 30 min,结晶紫染色 15 min,PBS 洗涤、晾干后拍照并计数。
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细胞周期检测:取转染 48 h 后的细胞,按试剂盒说明书操作后通过流式细胞仪检测。
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细胞迁移和侵袭能力检测:①细胞划痕实验:细胞转染48 h后,在各孔中央用100 μL枪头十字划线,用PBS洗涤后加入培养基,放入培养箱,分别在培养的第0 h、12 h及24 h在显微镜下拍照。②Tran⁃ swell实验:取转染48 h后的细胞,以50 000个/室接种于Transwell小室的上室中(侵袭实验需预先铺一层 Matrigel 胶),在下室(24 孔扳)中加入 600 μL 含 20%胎牛血清的完培,培养 48 h 后取出,经 PBS 洗涤,甲醛固定30 min,结晶紫染色15 min,PBS洗涤、晾干后在显微镜下拍照并计数。
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1.3 统计学方法
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用GraphPad Prism 7和SPSS 20.0软件分析实验数据并绘制统计图。采用t检验分析两组数据的组间差异性;采用卡方检验分析 hsa_circ_0001479 表达水平与临床病理参数的关系;采用单因素方差分析(one⁃way ANOVA)分析多组数据的组间差异性; P <0.05为差异有统计学意义。
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2 结果
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2.1 RT⁃qPCR检测hsa_circ_0001479的方法学性能评价
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精密度评价:连续5 d通过RT⁃qPCR检测2份不同浓度的cDNA标本,结果发现RT⁃qPCR检测目的分子hsa_circ_0001479和内参分子18s rRNA均有良好的批内和批间精密度(表1)。
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正确度评价:采用 RT⁃qPCR 检测胃癌组织中 hsa_circ_0001479的表达,发现目的分子和内参分子熔解曲线呈单峰,说明扩增产物的特异性良好(图1A)。将扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,结果发现目的分子和内参分子的条带单一,片段大小与预期相符(图1B)。收集扩增产物进行桑格测序,测序结果见图1C,将其与Circbase数据库中hsa_circ_0001479的序列进行比对,比对结果100%一致。
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线性范围评价:通过RT⁃qPCR 检测5~7个浓度梯度的样本中 hsa_circ_0001479 和 18 s rRNA 的 CT 值,统计分析结果显示,hsa_circ_0001479线性方程为 Y=-2.831X+23.65,r 2 =0.999 4;18 s rRNA 的线性方程为Y=-2.918X+6.958,r 2 =0.999 2,该定量检测方法线性良好(图2)。
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CV:变异系数。
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2.2 Hsa_circ_0001479成环性和稳定性验证
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Hsa_circ_0001479 的分子结构示意图来源于 CSCD数据库(图3A)。其环化位点的位置见测序结果图上的箭头标示(图3B)。通过RT⁃qPCR检测发现,RNase R 处理后 hsa_circ_0001479 的来源基因 ZNF131 的 mRNA 表达水平显著下降,而 hsa_circ_0001479的表达水平仅略有下降(图3C),说明hsa_ circ_0001479具有较好的稳定性。此外,以cDNA和 gDNA 为模板扩增 hsa_circ_0001479 和 ZNF131,琼脂糖凝胶电泳结果显示,ZNF131 可以在 cDNA 和 gDNA 中被扩增,而 hsa_circ_0001479 只能在 cDNA 中被扩增(图3D)。以上实验证明了 hsa_circ_0001479为结构稳定的闭合环状RNA。
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2.3 Hsa_circ_0001479在胃癌组织中的表达及其与临床病理参数的关系
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RT ⁃qPCR 结果显示,hsa_circ_0001479 在胃癌组织中的表达水平显著高于癌旁组织(P <0.000 1,图4)。结合患者的病理资料,分析 hsa_circ_ 0001479表达水平与各临床病理参数之间的关系,χ2 检验分析结果显示,hsa_circ_0001479 表达水平与肿瘤大小(P=0.039)、浸润深度(P=0.044)、淋巴结转移(P=0.011)、TNM 分期(P=0.021)和 CA19 ⁃ 9(P= 0.042)有关(表2);以上结果提示胃癌组织中高表达hsa_circ_0001479可能参与胃癌的恶性进展。
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图1 RT⁃qPCR检测hsa_circ_0001479和18 s rRNA的正确度评价
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Figure1 Accuracy evaluation for detection of hsa_circ_0001479 and 18 s rRNA via RT⁃qPCR
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图2 RT⁃qPCR检测hsa_circ_0001479(A)和18 s rRNA(B)的线性范围评价
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Figure2 Linear range evaluation for detection of hsa_circ_0001479(A)and 18 s rRNA(B)via RT⁃qPCR
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图3 Hsa_circ_0001479的成环性和稳定性验证
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Figure3 Ring structure and stability of hsa_circ_0001479
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图4 hsa_circ_0001479在胃癌及癌旁组织的表达水平
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Figure4 Level of hsa_circ_0001479 in 76 GC and paired paracancerous tissues
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2.4 Hsa_circ_0001479在胃癌细胞株中的表达、定位及转染效率检测
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RT⁃qPCR 结果显示,与 GES⁃1 相比,hsa_circ_0001479在4株胃癌细胞株中的表达增高,其中,在 MKN ⁃ 45、BGC ⁃ 823 细胞株中表达增高较为显著 (P <0.05)。选用 MKN⁃45 细胞株进行核浆分离操作,通过 RT⁃qPCR 检测发现 hsa_circ_0001479 主要定位于细胞质中(图5)。选取表达较高的MKN⁃45、 BGC⁃823进行干扰实验,表达较低且细胞大小适中的SGC⁃7901进行过表达实验。
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图5 胃癌细胞株hsa_circ_0001479表达水平(A)及核浆分布情况(B)
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Figure5 Level of hsa_circ_0001479 in GC cell lines(A) and distribution of hsa_circ_0001479 in GC cells(B)
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在转染干扰片段 si1 和 si2 后检测 hsa_circ_ 0001479表达水平发现,si2片段干扰效率达60%以上,而si1片段几乎无干扰效果,选si2片段进行后续实验(图6A,B)。转染pcDNA hsa_circ_0001479后,胃癌细胞株中 hsa_circ_0001479 表达量显著增高 (图6C)。
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2.5 Hsa_circ_0001479 对胃癌细胞生物学行为的影响
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CCK ⁃8 实验结果显示,与对照组相比,转染 hsa_circ_0001479干扰片段的胃癌细胞增殖能力减弱(图7A,B),转染hsa_circ_0001479过表达载体的胃癌细胞增殖能力显著增加(图7C);克隆形成实验结果显示,与对照组相比,转染hsa_circ_0001479干扰片段的胃癌细胞克隆斑数量明显减少(BGC⁃823:P=0.017,MKN ⁃45:P=0.027,图8A),转染 hsa_circ_ 0001479过表达载体的胃癌细胞克隆斑数量明显增加(P=0.038,图8B),以上实验结果表明 hsa_circ_ 0001479可促进胃癌细胞增殖。
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图6 RT⁃qPCR检测转染后hsa_circ_0001479的表达水平
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Figure6 Expression of hsa_circ_0001479 in GC cells after transfection
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流式细胞仪检测细胞周期结果显示,与对照组相比,转染hsa_circ_0001479干扰片段的胃癌细胞S 期所占比例下降,细胞周期阻滞于G1期(图9A),转染 hsa_circ_0001479 过表达载体的胃癌细胞 S 期所占比例上升(图9B),说明 hsa_circ_0001479 具有加速细胞DNA的复制,促进胃癌细胞由G1期向S期转变,从而增强细胞增殖能力的作用。
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划痕实验结果显示,与对照组相比,转染 hsa_circ_0001479干扰片段的胃癌细胞横向迁移距离减少(图10A),转染hsa_circ_0001479过表达载体的胃癌细胞横向迁移距离增加(图10B),Transwell 实验结果显示,与对照组相比,转染 hsa_circ_ 0001479干扰片段的胃癌细胞迁移和侵袭能力下降 (图11A、12A),转染 hsa_circ_0001479 过表达载体的胃癌细胞迁移和侵袭能力增强(图11B、图12B),以上实验结果表明hsa_circ_0001479可促进胃癌细胞的迁移和侵袭。
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图7 CCK⁃8法检测hsa_circ_0001479对胃癌细胞增殖能力的影响
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Figure7 Detection of the effect of hsa_circ_0001479 on the proliferation of GC cells via CCK⁃8 assay
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图8 克隆形成实验检测hsa_circ_0001479的对胃癌细胞增殖能力的影响
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Figure8 The evaluation of the function of hsa_circ_0001479 on proliferation of GC cells via colony formation assay
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图9 流式细胞仪检测hsa_circ_0001479对胃癌细胞周期分布的影响
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Figure9 The dection of the function of hsa_circ_0001479 on cell cycle distribution via flow cytometry analysis
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图10 划痕法检测hsa_circ_0001479对胃癌细胞迁移能力的影响(×100)
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Figure10 The evalution of the function of hsa_circ_0001479 on migration ability of GC cells via wound healing assay (×100)
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图11 Transwell法检测hsa_circ_0001479对胃癌细胞迁移能力的影响(×100)
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Figure11 The evalution of the function of hsa_circ_0001479 on migration ability of GC cells via Transwell assay(×100)
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图12 Transwell法检测hsa_circ_0001479对胃癌细胞侵袭能力的影响(×100)
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Figure12 The evalution of the function of hsa_circ_0001479 on invasion ability of GC cells via Transwell assay(×100)
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综上,hsa_circ_0001479 具有促进胃癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的功能。
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3 讨论
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胃癌是最常见的恶性肿瘤之一,也是死亡率较高的癌症之一[1]。研究发现,细胞内遗传物质的改变通过细胞周期、DNA 修复、细胞与基质、凋亡、免疫等多个途径促进了肿瘤的发生发展[9]。CircRNA 是一种特殊的非编码RNA,由mRNA前体反向剪接而成,曾被认为是由错误剪接形成的副产物,而近年的研究陆续发现它们在疾病的病理过程起到了非常重要的作用[10,11]。在胃癌中,一些表达异常的 circRNA 已被证明对胃癌细胞的增殖、侵袭、迁移、周期及凋亡等生物学行为具有一定影响。例如,在最新的一项研究中,circVAPA在胃癌组织中表达上调,在胃癌细胞株中敲减circVAPA 使细胞增殖、侵袭和迁移能力减弱并促进细胞的凋亡[12]。在另一项研究中,hsa_circ_0009172 在胃癌组织和细胞系中表达下调,在细胞实验中,过表达 hsa_circ_ 0009172可抑制胃癌细胞的增殖、侵袭、迁移能力以及上皮⁃间质转化过程[13]。
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虽然目前研究者们对circRNA的研究已取得了一定进展,但对于circRNA 在胃癌中的研究仍处于初步阶段,大量表达异常和功能未知的胃癌相关 circRNA有待发现。本研究结合文献芯片结果选定了 hsa_circ_0001479 作为目的分子,对 RT⁃qPCR 检测 hsa_circ_0001479 进行了精密度、正确度以及线性范围评价,并通过 Rnase R 实验验证了其成环性和稳定性后,通过RT⁃qPCR检测了76对胃癌及癌旁组织中 hsa_circ_0001479 的表达水平,结果显示, hsa_circ_0001479在胃癌组织中显著高表达且表达水平与肿瘤大小、浸润深度、淋巴结转移、TNM分期及 CA19⁃9 水平有关。为了进一步探究 hsa_circ_ 0001479 对胃癌细胞生物学功能的影响,通过 RT ⁃ qPCR 测定了 hsa_circ_0001479 在胃癌细胞株 MKN⁃45、BGC⁃823、SGC⁃7901、MGC⁃803和胃粘膜上皮细胞株GES⁃1的表达,发现其在4株胃癌细胞株中表达量均高于GES⁃1,并选择表达丰度较高MKN⁃45、 BGC⁃823进行干扰试验,丰度较低的SGC⁃7901进行过表达试验。通过一系列细胞功能实验发现,敲减 hsa_circ_0001479后,细胞增殖能力降低、细胞周期阻滞于 G1 期,细胞迁移和侵袭能力降低。过表达 hsa_circ_0001479 则呈现出相反的结果,提示 hsa_circ_0001479 可促进胃癌细胞的增殖、迁移和侵袭。此外,本研究还通过RT⁃qPCR分别检测了细胞核和细胞浆中 hsa_circ_0001479 的表达,发现该分子主要分布于胞浆中。总结以往文献发现, circRNA 的作用机制和其细胞亚定位有一定关系,如定位于胞质的 circRNA 多含有 miRNA 反应元件 (MRE),可能通过与 mRNA 竞争性结合 miRNA,抑制 miRNA 表达从而调节细胞功能[14]。因此,在后续研究中,将进一步研究 hsa_circ_0001479 促进胃癌恶性进展的分子机制。
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综上所述,胃癌组织和细胞中高表达的 hsa_circ_0001479 具有促进胃癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力的功能。
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摘要
目的:探讨hsa_circ_0001479在胃癌(gastric cancer,GC)组织中的表达情况及其对胃癌细胞生物学行为的影响。方法:建立实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测hsa_circ_0001479表达量的方法并进行方法学性能评价;通过RT-qPCR检测76对胃癌组织和配对癌旁组织中 hsa_circ_0001479 的表达水平并分析其表达量与临床病理参数的关系;构建针对 hsa_ circ_ 0001479的小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)和过表达载体,转染至胃癌细胞株,通过CCK-8实验、克隆形成实验检测细胞增殖能力,流式细胞术检测细胞周期分布,划痕实验检测细胞横向迁移能力,Transwell实验检测细胞侵袭和迁移能力。结果:RT-qPCR检测hsa_circ_0001479表达量的方法具有良好的精密度、正确度和线性;hsa_circ_0001479在胃癌组织中表达增高且表达水平与肿瘤大小、浸润深度、淋巴结转移、TNM分期和CA19-9水平有关;细胞功能实验显示,在胃癌细胞株中干扰 hsa_circ_0001479的表达可抑制胃癌细胞的增殖、侵袭和迁移,过表达hsa_circ_0001479则呈现相反的结果。结论:胃癌组织中高表达的hsa_circ_0001479具有促进胃癌细胞增殖、侵袭和迁移的功能。
Abstract
Objective:The current study aims to explore the expression of hsa_circ_0001479 in gastric cancer(GC)tissues and its effect on biological behavior of GC cells. Methods:The method for detecting the expression of hsa_circ_0001479 with real - time fluorescence quantitative polymerase chain reaction(RT-qPCR)was established and evaluated. Expression level of hsa_circ_0001479 in 76 pairs of GC and para - cancerous tissues was measured by RT - qPCR and relationship between the expression level and clinicopathological factors was analyzed. Small interfering RNA(siRNA)and overexpression vector of hsa_circ_0001479 were constructed and transfected into GC cell lines. Cell proliferation was detected by CCK - 8 assay and clone formation assay. Cell cycle distribution was detected by flow cytometry. Cell migration was detected by wound healing assay and Transwell assay. Cell invasion was detected by transwell assay. Results:Using RT - qPCR to detect the expression of hsa_circ_0001479 possessed good precision, accuracy and linear range. Hsa_circ_0001479 was upregulated in GC tissues and the expression level was related to tumor size,depth of invasion,lymph node metastasis,TNM stage and CA19-9. Silencing of hsa_circ_0001479 inhibited the proliferation,invasion and migration of GC cells while overexpression of hsa_circ_0001479 showed the opposite results. Conclusion:The carrent study found that hsa_circ_0001479 was upregulated in GC tissues and could promote GC cell proliferation,invasion and migration.
关键词
胃癌 ; 环状RNA ; hsa_circ_0001479 ; 分子功能
Keywords
gastric cancer ; circular RNA ; hsa_circ_0001479 ; molecular function