《南京医科大学学报（自然科学版）》是南京医科大学官方期刊，创刊于1956年，月刊，ISSN1007-4368，CN32-1442/R，《中文核心期刊要目总览》收录期刊，连续进入《中文核心期刊要目总览》第3、4、5、6、7、8、9、10版（2000年至今），中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），同时被美国《化学文摘》（CAS）、波兰《哥白尼索引》（IC）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JSTChina）、EBSCO等著名检索工具收录。屡获中国高校期刊科技期刊研究会优秀期刊、优秀团队奖。