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第41卷第12期         徐文秀,蒋梦萍,王丹丹,等. 应用生物信息学分析正常女性不同乳腺密度差异表达基因[J].
                 2021年12月                  南京医科大学学报(自然科学版),2021,41(12):1747-1752,1773                   ·1751 ·


                            A                                   B
                                          WSB1                                 HIST1H2BM
                                                 MYLIP
                                   CUL3
                                                                       CBX2                  AGO4
                                                       ASB4
                              SMURF2
                                           CCNF
                                                                   REST          JUN
                                                       TRIM4
                               HERC6
                                                                                             TNRC6C
                                                                    HIST1H2BB
                                                  ANAPC5
                                    FBXO17
                                            UBE3D                                 EED
                                            图5 PPI网络的排名前2的模块1(A)和模块2(B)
                                                Figure 5 Top 2 modules of PPI network

                                     Radiality                    JUN 属于激活蛋白⁃1(AP⁃1)转录因子家族,参与许
                                                                  多细胞活动,例如增殖、凋亡、存活、肿瘤发生和组织
                                        1
                        Stress                                    形态发生 。在多种肿瘤的发生和发展中起着至关
                                                                          [27]
                                    1
                                         1         MNC
                             4                                    重要的作用,包括恶性黑色素瘤、鼻咽癌等                 [28-29] 。SRC
                                   1     1                        原癌基因是1种蛋白质酪氨酸激酶,在细胞生长、分
                                 1                2
                                      5       2                   裂、迁移和存活信号通路中起关键作用 。RAC1是
                                                                                                    [30]
                                       5                          小鸟苷三磷酸酶(GTPase)Rho家族的成员,属于Ras
                                                                        [31]
                                                                  超家族 。RAC1定位于染色体7p22,并包含7个外
                              1
                                                                                [32]
                                          3                       显子,全长29 kb ,对许多细胞活动至关重要,例如
                         Closeness                                吞噬作用、黏附和运动、细胞增殖、轴突和树突生长以
                                           Degree
                                                                            [33]
                   通过cytoHubba 5种分类方法中前15个基因的重叠,确定了5个             及血管生成 。CDC42也是1个与多种人类癌症相
                Hub基因。                                            关的小鸟苷三磷酸酶,与上皮间质转化、细胞周期
                            图6 5种分类方法的韦恩图                         进程、迁移/侵袭、肿瘤生长、血管生成和致癌转化有
                  Figure 6 Venn diagrams for 5 classifi caticn methods  关 [34] 。此外,在数据库中分析了这 5 个 Hub 基因与


                                     EGFR                       CDC42                       RAC1
                          1.0                         1.0                         1.0
                          0.8                         0.8                         0.8
                         生存率  0.6                    生存率  0.6                   生存率  0.6  ≤ median
                                                                                  0.4
                          0.4
                                                      0.4
                               ≤ median
                               >median                     ≤ median                   >median
                                                           >median
                          0.2                         0.2                         0.2
                              HR:0.89;95% CI:0.82⁃0.97   HR:0.87;95% CI:0.79⁃0.95    HR:1.06;95% CI:0.97⁃1.16
                              P⁃value=0.009 0            P⁃value=0.002 4             P⁃value=0.169 0
                          0.0                         0.0                         0.0
                             0  2  4  6  8 10 12 14     0  2  4  6  8 10 12 14      0  2  4  6  8 10 12 14
                                    时间(年)                      时间(年)                       时间(年)
                                                   JUN                         SRC
                                        1.0                         1.0
                                        0.8                         0.8
                                       生存率  0.6                    生存率  0.6
                                        0.4
                                                                    0.4
                                             ≤ median
                                                                         >median
                                             >median                     ≤ median
                                        0.2                         0.2
                                            HR:0.89;95% CI:0.81⁃0.97   HR:1.16;95% CI:1.07⁃1.27
                                            P⁃value=0.006 4            P⁃value=0.000 7
                                        0.0                         0.0
                                           0  2  4  6  8 10 12 14      0  2  4  6  8 10 12 14
                                                  时间(年)                      时间(年)
                                                图7   Hub基因的Kaplan⁃Meier生存曲线
                                                 Figure 7 Survival curves of Hub gene
   40   41   42   43   44   45   46   47   48   49   50