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第41卷第12期
·1762 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2021年12月
1.1.4 性能验证 DYF387S1、DYS518、DYS449、DYS576),其中 3 个
①准确性:取男性标准品DNA 2800(Promega公 基因座(DYS449、DYS518、DYS576)为 RM Y⁃STR,
司,美国)、DNA 9948(Promega公司,美国)及10份无 2个基因座(DYS385、DYS389Ⅰ/Ⅱ)为MC Y⁃STR,1个
亲缘关系的男性样本 DNA,对 74 个 Y⁃SNP 位点进 基因座(DYF387S1)既是 RM Y⁃STR 也是 MC Y⁃
行Sanger直接测序(生工生物工程股份有限公司), STR。
用于验证体系分型结果的准确性。②灵敏度:利用 1.3 统计学方法
Y⁃SNP 体系分别检测模板量为 10.00、6.00、2.00、 根据 Y⁃SNP 分型结果判别样本 Y⁃SNP 单倍群
1.60、1.20、0.80、0.40、0.20、0.16、0.12、0.08、0.06、 类型,统计家系内Y⁃SNP单倍群分布情况。以家系
0.018 ng 的男性标准品 DNA 2800 重复检测 3 次, 内成员中共享人数最多的单倍型为参考,统计家系
测试体系的灵敏度。③重复性:以检测最优量对男 内 Y⁃STR 单倍型分布情况及不同单倍型之间的容
性标准品DNA 2800重复检测3次,比较3次检测结 差和累计突变步长。基于 23 个单拷贝 Y⁃STR 基因
果的分型与出峰位置的一致性。④检材适应性:检 座分型,根据 Median⁃Joining 方法,使用 Network
测男性FTA血卡、口腔拭子、指甲、毛发(带毛囊)等 v10.0和Network Publisher软件分别对4个家系中Y⁃
常见检材各 8 份,分别取 10 ng 进行检测,统计不同 STR单倍型变异情况进行网络图可视化分析。
类型检材的出峰率。⑤抗女性成分干扰:取男性标
2 结 果
准品 DNA 2800 和女性标准品 DNA 9947 按 1∶1、
1∶10、1∶100 的比例进行混合,确保每管内男性 2.1 体系构建
DNA 2800 的浓度均为 0.5 ng/μL,分别取 2 μL 进行 男性标准品 DNA 2800 用本研究构建的 Y⁃SNP
检测并与仅存在男性成分时的检测结果进行比 体系检测的分型图谱如图 2 所示。其中核心体系
对。⑥种属特异性:取恒河猴、黑猩猩、鸡、牛、蛇、 SNP 位点延伸片段长度在 37~116 bp 之间(图 2A),
鼠、鱼、猪等非人源样本各 10 ng 进行检测,统计各 O 体系 SNP 位点延伸片段长度在 31~115 bp 之间
种属的出峰数目。 (图 2B)。在 DNA 模板量为 10 ng 时(浓度 5 ng/μL,
1.2 方法 体积 2 μL),各位点均有分型峰,且峰高均超过 200
1.2.1 样本及DNA提取与定量 RFU。
本研究收集来自 4 个社会学家系(分别命名为 2.2 体系性能验证
P1~P4 家系)共 20 份男性血卡样本,其中 P1 家系 ①准确性:12份DNA样本的分型结果与Sanger
3 例,P2 家系 6 例,P3 家系 6 例,P4 家系 5 例。采用 直接测序结果的基因分型完全一致,构建的复合体
QIAamp DNA Blood Mini M48 试剂盒(QIAGEN 公 系对 74 个 Y⁃SNP 位点的基因分型结果准确性可达
®
司,德国)提取DNA,使用NanoDrop 2000c分光光度 100%,DNA2800核心体系检测结果可扫OSID 码查
计(Thermo Fisher Scientific 公司,美国)进行定量, 看附图1,O体系检测结果可扫OSID 码查看附图2,
用去离子灭菌水稀释至5 ng/μL待检。本实验室样 余11份DNA结果可扫OSID码查看附表2。②灵敏
本均来源于国家科技资源共享服务平台计划项目 度:对不同模板量的样本进行Y⁃SNP体系检测,以等
(编号:YCZYPT[2017]01⁃3),所有样本对象均签署 位基因峰高低于100 RFU视为位点丢失为标准。结
知情同意书,本研究已通过公安部物证鉴定中心伦 果显示,在 DNA 检测量最低为 0.14 ng(核心体系
理委员会的伦理审查(批准号:2017LLSC⁃005)。 0.06 ng,O 体系 0.08 ng)时,74 个 Y⁃SNP 位点均可正
1.2.2 分型检测 确判型,检测结果可扫 OSID 码查看附图3。③重复
所有样本采用本研究构建的体系按照 1.1.2 方 性:74个Y⁃SNP位点在3次重复实验中的分型结果一
法进行 Y⁃SNP 分型检测;采用 DNA Typer TM Y29 试 致,相同位点之间的出峰位置差距平均为 0.087 bp
剂盒(公安部物证鉴定中心,北京)进行 Y⁃STR 检 (核心体系 0.025 bp,O 体系 0.061 bp),均≤1 bp(可
测 ,包 括 26 个 Y ⁃ STR 基 因 座(DYS19、DYS385、 扫OSID码查看附表3)。说明Y⁃SNP体系重复检测
DYS389Ⅰ/Ⅱ、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、 相同的DNA样本时,均能获得相同的分型结果。④
DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、DYS456、 检材适应性:利用 Y⁃SNP 体系检测的 FTA 血卡、口
DYS458、DYS635、GATA ⁃ H4、DYS444、DYS447、 腔拭子、指甲、毛发(带毛囊)DNA样本,均能获得完
DYS460、DYS481、DYS508、DYS533、DYS643、 整分型,且同一样本不同类型检材分型结果一致,