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第42卷第10期 马牧溪,张发财,王明生,等. 基于TCGA数据库的肾透明细胞癌miRNA预后模型的构建及
2022年10月 蛋白互作网络分析[J]. 南京医科大学学报(自然科学版),2022,42(10):1376-1386 ·1383 ·
2.4.4 蛋白互作网络的构建 络的构建,得PPI网络,进一步从该网络中筛选核心
为了探寻网络内的 mRNA 之间是否具有相互 网络,通过邻接节点数目筛选出 EYA4、NTRK2、
作用的关系,通过在线软件(string PPI)对 52 个蛋 SIX4、DACH1关键基因(图9A、B)。
白,按中等可信度(互作分数0.400)进行蛋白互作网
A WNT9B CLDN16 B
CLDN8 FGF1
WNT9B
FCGR1A ALX1
FCGR1B
SIX4 TFAP2B
SIX4
CADM2 NTRK2
ST6GAL1 DACH1
GALNT3
DACH1 EYA4
FGF1
TCF21
EYA4
GRM1
TCF21
GRM1 NTRK2
TFAP1B PLP1
ALX1
PLP1
CADM2
A:蛋白互作网络;B:PPI核心网络。
图9 PPI网络和核心网络
Figure 9 PPI network and core network
在验证模型的准确性方面,绘制多年份 ROC 曲线,
3 讨 论
虽然在Test组中3年ROC曲线的AUC值稍低,但在
ccRCC 是最常见肾实质恶性肿瘤,由于人类寿 1、5 年以及其他年份的 AUC 值均具有可信度,并且
命延长及医学技术的发展,肾癌的发病率较以往增 在 Train 组和所有样品的预测能力方面都具有一定
高 [21] 。患者早期常无明显不适或者症状多变,常 的准确性,同样绘制生存状态图显示从左到右随着
以无症状肾癌发病,早期诊断困难,发现时往往处 患者风险的增大,患者的生存时间逐步下降,死亡
于晚期,已经失去手术机会,因为对放化疗不敏 人数逐渐增多,患者的生存率逐步下降,上述结果
感,后期常因药物抵抗及缺乏预测指标,所以预后 表明该模型预测患者的生存具有一定的准确性。
较差 [22-23] 。因此需要探索寻找高特异性和敏感性的 通过单、多因素独立预后分析显示,miRNA 预后模
预后标志物,早期对这类患者行个体化治疗,以提 型所计算的风险评分可以独立于其他临床因素,作
高生存率。 为ccRCC患者的独立预后因子,通过对miRNA相关
本文通过生物信息学方法共筛选出3 613个差异 文献的查阅发现,miR⁃21⁃5p 通过抑制神经黏附分
表达的mRNA(2 603个表达上调的mRNA,1 010个表 子 L1,而促进结肠癌细胞的增殖和侵袭 [24] 。在前
达下调的 mRNA)和 49 个差异表达的 miRNA(28 个 列腺癌中,柯井卫等 [25] 研究发现,miR⁃21⁃5p下调靶
表达上调的 miRNA,21 个表达下调的 miRNA),然 基因同源血小板富亮氨酸复重蛋白磷酸酶2可以增
后将差异表达的 miRNA 进行单、多因素 Cox 回归 强癌细胞的侵蚀能力;miR⁃1251⁃5p 在体外和体外
分析,筛选出 3 个与 ccRCC 预后更密切的 miRNA: 均可以促进肝细胞癌的生长和转移 [26] ;在ccRCC 的
miR⁃21⁃5p、miR⁃885⁃5p、miR⁃1251⁃5p,将样品随机 靶向治疗研究中发现,舒尼替尼治疗后miR⁃885⁃5p
按照1∶1比例分为Train组和Test组,根据Train组样 明显降低,并且与 ccRCC 的进展有着密切的关系,
品的多因素回归分析结果构建预后模型,分别对高 miR⁃885⁃5p 可能会成为潜在的生物学标志物 [27] 。
低表达组和高低风险组进行生存分析,结果显示 进一步构建miRNA的调控网络,并对其靶基因进行
miR⁃21⁃5p 低表达有利于患者生存、miR⁃1251⁃5p 和 GO 功能注释和 KEGG 富集分析,结果表明,这些靶
miR⁃885⁃5p 高表达有利于患者生存;在 Train 组、 基因在生物过程主要富集在肾单位上皮和肾单位
Test组和所有样品中低风险组患者的生存时间明显 的发育、肾小管和肾脏上皮的发育等;在细胞组分
优于高风险组,两组间差异有统计学意义(P < 0.001)。 主要富集在突触后密度、不对称突触、突触后专业