Page 26 - 南京医科大学学报自然科学版

第42卷第8期
·1068 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2022年8月

7.0%、6.9%、6.7%、5.3%、5.0%。 icd、mdh、purA、recA 等 7 个基因的序列，与大肠杆菌
2.3 MLST分型 MLST 分 型 数 据 比 对 ，显 示 J2_5 菌 株 ST 型 为
使用 MLST Finder 2.0 多位点序列分型网上工 ST2491，与大肠杆菌 MG1655 菌株 ST 分型（ST10）不
具，提取了 J2_5 全基因组序列中 adk、fumC、gyrB、 同。7 个管家基因序列中 6 个基因序列没有明显变

Functional Category Distribution
Feature Counts
［A］RNA processing and modification（2）
［B］Chromatin structure and dynamics（0）
［J］Translation，ribosomal structure and biogenesis（181）
［K］Transcription（193）
［L］Replication，recombination and repair（245）
［D］Cell cycle control，cell division，chromosome partitioning（35）
［M］Cell wall/membrane/envelope biogenesis（258）
［N］Cell motility（71）
［O］Posttranslational modification，protein turnover，chaperones（141）
［T］Slgnal transductlon mechanlsms（139）
［U］Intracellular trafficking，secretion，and vesicular transport（70）
［V］Defense mechanisms（47）
［W］Extracellular structures（1）
［Y］Nuclear structure（0）
［Z］Cytoskeleton（0）
［C］Energy production and conversion（30）
［E］Amino acid transport and metabolism（355）
［F］Nucleotide transport and metabolism（93）
［G］Carbohydrate transport and metabolism（328）
［H］Coenzyme transport and metabolism（131）
［I］Lipid transport and metabolism（94）
［P］Inorganic ion transport and metabolism（254）
［Q］Secondary metabolites biosynthesis，transport and catabolism（55）
［R］General function prediction only（287）
［S］Function unknown（382）
图1 基于COG数据库的E. coli J2_5基因注释类别分布
Figure 1 E. coli J2_5 gene annotation category distribution based on COG database

化，但是发现 mdh 基因发生了突变，基因座位号最 表2 MLST分析结果
接近mdh_7，与大肠杆菌BL21（DE3）最相似（表2）。 Table 2 MLST analysis results
2.4 系统发育分析 基因 比对长度 相似性（%） 缺失 基因座位号
adk 536 100.00 0 adk_10
为研究J2_5的详细进化史，根据BLAST 分析的
fumC 469 100.00 0 fumC_11
结果，将J2_5基因组中的管家基因与从不同地区分
gyrB 460 100.00 0 gyrB_4
离的16 株大肠杆菌的7个管家基因按照adk、fumC、
icd 518 100.00 0 icd_8
gyrB、icd、mdh、purA、recA的顺序串联后使用MEGA7 mdh 452 099.78 0 mdh_7
程序绘制系统发育树（图 2）。基于系统发育树结 purA 478 100.00 0 purA_8
果发现，J2_5 与大肠杆菌 MG1655、大肠杆菌 BL21 recA 510 100.00 0 recA_2
（DE3）亲缘关系较近。以上表明J2_5是一株新的变 ST结果：ST2491

22 Escherichia coli O157：H7 strain 4276
18
Escherichia coli O157：H7 strain 8368
100
Escherichia coli O157：H7 strain 1130
48 Escherichia coli O157：H7 str. Sakai
Escherichia coli strain ECONIH1
Escherichia coli 042
67
Escherichia coli strain 94⁃3024
80
99 Escherichia coli strain RM9387
Escherichia coli strain ST2747
Escherichia coli BL21（DE3）
49
Escherichia coli J2_5
98
Escherichia coli str. K⁃12 substr. MG1655
100
Escherichia coli K⁃12 strain K⁃12 C3026
99
32 Escherichia coli K⁃12 strain K⁃12 DHB4
Escherichia coli ATCC 25922
100 Escherichia coli O25b：H4⁃ST131 strain EC958
图2 E. coli J2_5基于MLST分型的系统发育树
Figure 2 E. coli J2_5 phylogenetic tree based on MLST typing