Page 40 - 南京医科大学学报自然科学版

第43卷第4期
·478 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2023年4月

表1 RT⁃qPCR引物信息 据质量较高、结果可靠，可用于后续分析（表2）。
Table 1 Information of primers for RT⁃qPCR 2.2 差异表达基因分析
基因名称 引物序列（5′→3′） 碱基数 肾脏转录组分析结果显示，在韦恩图（图1）中，
β⁃actin F：CATCCGTAAAGACCTCTATGCCAAC 25
有12 326个基因在HKT和PKC中共表达，两组特有
R：ATGGAGCCACCGATCCACA 19
表达基因明显分离，其中 HKT 组有 1 096 个特有表
PRTN3 F：CAGCAGAAGTTCACCATCAGTCAGG 25
达基因。HKT 和 PKC 对比共鉴定出 3 007 个 DEG，
R：CTGGAGGAGAAGCACGTCATTGAG 24
包 括 1 349 个 上 调 基 因 和 1 658 个 下 调 基 因
FCGR4 F：CACCGTGGCATCAAATCACATTCTG 25
（|log2FC|>0和P < 0.05）。从火山图（图2）可见，暴露
R：GTCCTGAGGTTCCTTGCTCCATTG 24
APOE F：GAGGAACAGACCCAGCAAATA 21 于高原低氧环境中的小鼠肾脏中下调基因多于上
R：CGATGCATGTCTTCCACTATTG 22 调基因。基于火山图中DEG，在PKC组与HKT组之
PRLR F：CCTGAAATCCACAAATGTCGTT 22 间呈现这些基因的热图（图 3），并显示样本和基因
R：CATATGGAAGTGTACTGCTTGC 22 的分层聚类，与 PKC 组相比，HKT 组 DEG 的表达模
HPGDS F：AGAGCGGATGTTCAATGAATTG 22
式差异较大。
R：GATATCCCAGTAGAAGTCTGCC 22
2.3 差异表达基因的KEGG富集分析与GO注释分析
BAAT F：GGTGTAGAGTTTCTCCTGAGAC 22
为了探索先前所得 DEG 在高原低氧胁迫下的
R：CAATCTCTGCTCCAATGCATAC 23
生物学功能、适应性通路以及机体响应低氧应急的
APOA4 F：GGGTGAAGGAAGAGATCAAGAA 22
分子机制，我们进行了KEGG通路（图4）和GO注释
R：GTGTGTTGATCTGATCTTGCAG 22
RXRB F：TGACCTACTCGTGTCGTGATAA 22 富集（图 5）分析。KEGG 结果显示，DEG 共富集到
R：CTGATAGCGACAGTACTGACAG 22 322 个信号通路，差异基因显著富集在过氧化物酶
CYCS F：CCAAATCTCCACGGTCTGTTCGG 23 体、氧化磷酸化、产热、碳代谢以及三羧酸循环等多
R：CCAGGTGATGCCTTTGTTCTTGTTG 25
条通路中，提示高原低压低氧胁迫条件下，机体的
HSPB1 F：CTCACAGTGAAGACCAAGGAAG 22
能量代谢发生了重要变化。
R：GAGAGATGTAGCCATGTTCGTC 22
用基因本体分析来注释受低压低氧影响的
COX5A F：TGATGCTCGCTGGGTGACATATTTC 25
DEG，在BP方面，富集磷酸核糖代谢过程、嘌呤核苷
R：ACCGTCTACATGCTCGCAATGC 22
酸代谢过程、前体代谢物的能量产生过程；在CC方
COX5B F：CTGGGCTGGAGAGGGAGATCATG 23
R：TGCTGATGGACGGGACTAGATTAGG 25 面，线粒体内膜、细胞器内膜和线粒体蛋白复合物
COX7A F：CCGTGTGGCAGAGAAGCAGAAG 22 活性较强；在 MF 方面，核糖体的结构成分和辅酶
R：GCCCAGCCCAAGCAGTATAAGC 22 结合等显著富集。GO 注释分析结果表明，低压
ACOX2 F：CAATGACTTCCATCAAGTGGTG 22
低氧环境下机体的能量及代谢在一定程度上发生
R：GTCTATGTTTTCGAAGCCCATC 22
了改变。GO 注释分析验证了 KEGG 通路分析的
MT⁃ATP8 F：CTCATCACAAACATTCCCACTG 22
结果。
R：TGGGGTAATGAATGAGGCAAAT 22

表2 过滤后的数据统计
Table 2 Statistics of filtered data
样本 原始读数 过滤读数 过滤碱基数 错误率（%） Q20（%） Q30（%） GC（%）

P_K1 45 535 920 43 775 810 6.57G 0.02 98.33 95.09 48.60
P_K2 44 139 150 43 071 646 6.46G 0.02 98.21 94.47 48.71
P_K3 45 730 632 44 406 156 6.66G 0.02 98.32 94.94 48.35
P_K4 45 882 796 44 208 044 6.63G 0.02 98.25 94.80 48.60
P_K5 43 798 942 42 719 804 6.41G 0.02 98.14 94.52 48.47
H_K1 46 244 654 44 711 452 6.71G 0.02 98.35 95.00 46.97
H_K2 46 442 944 45 012 502 6.75G 0.02 98.34 94.99 48.19
H_K3 44 712 114 43 407 818 6.51G 0.02 98.30 94.81 47.99
H_K4 46 629 204 44 948 988 6.74G 0.02 98.43 95.22 47.30
H_K5 44 913 840 42 662 742 6.40G 0.02 98.24 94.76 47.82