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第43卷第7期
               ·956 ·                            南 京    医 科 大 学 学         报                        2023年7月


              癌组织和配对的癌旁非肿瘤组织。本研究获得医                             物过程中都具有重要的生物学功能，如 DNA 复制、
              院伦理委员会的批准（伦理号 2020⁃SRFA⁃364），所                    RNA 转录、RNA 降解等。在细胞组分中，m1A相关
              用组织样本都有对应来源患者的书面知情同意                              基因主要富集在“COPⅡ囊泡包被”，COPⅡ囊泡包
              书。所用组织样本的患者术前均未接受化疗或放                             被是细胞内转运和分泌蛋白质的一种膜运输体系，
              疗，均在 2019—2022 年接受了胰十二指肠切除术，                      它由多种蛋白质复合物组成，其中包括COPⅡ囊泡
              经病理证实为胰腺癌。总生存期（overall survival，                  包被蛋白，它们的聚合可以促进细胞膜上的货物进
              OS）定义为手术至死亡或末次随访日期之间的时                            入囊泡内。COPⅡ囊泡包被在细胞内转运和分泌过
              间。对手术切除标本的取材是规范统一的，将取材                            程中扮演着重要角色，其调控异常可能导致一些疾
              组织一分为二，一半组织使用液氮速冻，另一半组                            病的发生 。
                                                                        ［6］
              织甲醛固定后制作石蜡块和 HE 切片，组织形态由                               KEGG 通路富集分析结果进一步提示，m1A 相
              两位病理医生确认。                                         关基因主要富集在“错配修复”通路（图1C），它是细
              1.3  统计学方法                                        胞DNA复制过程中的一个重要机制，负责纠正在复

                  所有统计分析均在 R4.3、SPSS 20.0和GraphPad              制过程中可能出现的 DNA 序列不一致的错误。
              Prism 5 中进行，所有统计检验均进行双尾检验。                        这种修复机制在维护基因组稳定性和避免突变方
              Student’s t检验、Wilcoxon rank⁃sum检验用于检测肿            面具有重要作用，对于细胞的生存和繁殖都至关
              瘤组织与正常胰腺组织基因表达差异，Fisher 精确                        重要 。
                                                                    ［7］
              检验用于确定不同模式之间变量的差异，Benjamini⁃                           考虑到如果将 71 个基因的表达量都纳入预测
              Hochberg（BH⁃FDR）用于调整多个变量多重比较的                     模型，基因数量过大会限制临床转化应用，本研究
              P值 。对于预后分析，采用log⁃rank 检验和Cox 回                    尝试对基因集进行降维：通过对71个m1A相关基因
                 ［5］
              归分析检验特殊变量的预后价值。P < 0.05为差异                        在胰腺癌与正常胰腺组织中的表达分析，筛选出显
              有统计学意义。                                           著上调与下调基因各 7 个（图 1D），并发现除 CD200
                                                                外，其余基因之间的相关性极高，Pearson 相关系数
              2 结    果
                                                                绝对值普遍超过0.7（图1E）。
              2.1  特征性的胰腺癌差异表达 m1A 相关基因的筛                       2.2  新的胰腺癌预后风险模型 PC⁃m1AScore 的构
              选与鉴定                                              建和验证
                  将 TCGA 数据库中 178 例胰腺癌患者表达情况                         通过单因素Cox回归分析筛选队列中胰腺癌患
              和GTEx数据库中169个正常胰腺样本的数据整合，                         者的生存数据和14个差异基因表达谱，其中8个基
              得到一个肿瘤与正常组织数据量基本接近的联合                             因与总生存期相关，之前已报道多数基因与肿瘤发
              表达数据库。通过分析发现其中参与 m1A 修饰的                          生发展密切相关（图 2A）。随后利用 LASSO 回归
              10 种修饰蛋白在肿瘤与正常组织中均存在明显表                           分析和多因素 Cox 分析，最终找到了 2 个 m1A 相关
              达差异，除 ALKBH3 与 YTHDC1 在胰腺癌中表达                     基因（CRLS1 与 C7orf50）有独立预测预后的能力
              明显降低外，其余均明显升高（图 1A）。71 个 m1A                      （P < 0.05，图 2B），用于构建预后风险模型。通过
                                    ［2］
              相关基因来自于 Gao 等 的研究，使用 STRING6、                     线性组合 Cox 回归系数乘以基因表达的方法，建
              BioGrid7、OmniPath8、InWeb_IM9 数据库进行蛋白              立新的胰腺癌预后模型并命名为 PC⁃m1AScore：风
              质⁃蛋白质相互作用（PPI）富集分析，PPI结果提示其                       险 评 分 =（1.798 5×CRLS1）+（-1.718 6×C7orf50）
              主要富集在 DNA 合成、RNA 修饰、囊泡货物装载及                       （图 2B~D）。C⁃指数用于评估预后模型的预测准
              嘧啶代谢领域（图1B）。                                      确性，其与患者预后的相关性优于其他临床参数
                  在 GO 富集分析中得到了同样的结果，生物过                        （图 2E）。在TCGA数据中，模型基因的表达在高风
              程中，m1A 相关基因主要富集在：①“货物装载到                          险组和低风险组中都显著不同（图 2F），在计算出
              COPⅡ包被覆盖的囊泡中”，此过程是细胞内物质转                          TCGA 数据库中每个患者的 PC⁃m1AScore 风险评分
              运和分泌的重要步骤之一；②“核酸磷酸二酯键水                            后，根据中位数将他们分为高风险组和低风险组
              解”，它是一种重要的生物化学反应，指的是通过水                           （图 2G）。Kaplan⁃Meier 分析表明，高风险组患者
              解反应将核酸分子中的磷酸二酯键断裂，从而释放                            的预后明显比低风险组患者的预后更差（P < 0.05，
              出相应的核苷酸单元或碎片。这种反应在许多生                             图 2H、I）。在 TCGA⁃GTEx 数据集中，1 年、3 年和
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