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第42卷第10期 马牧溪，张发财，王明生，等. 基于TCGA数据库的肾透明细胞癌miRNA预后模型的构建及
2022年10月 蛋白互作网络分析［J］. 南京医科大学学报（自然科学版），2022，42（10）：1376-1386 ·1383 ·

2.4.4 蛋白互作网络的构建 络的构建，得PPI网络，进一步从该网络中筛选核心
为了探寻网络内的 mRNA 之间是否具有相互 网络，通过邻接节点数目筛选出 EYA4、NTRK2、
作用的关系，通过在线软件（string PPI）对 52 个蛋 SIX4、DACH1关键基因（图9A、B）。
白，按中等可信度（互作分数0.400）进行蛋白互作网

A WNT9B CLDN16 B
CLDN8 FGF1
WNT9B
FCGR1A ALX1
FCGR1B
SIX4 TFAP2B
SIX4
CADM2 NTRK2
ST6GAL1 DACH1
GALNT3
DACH1 EYA4
FGF1
TCF21
EYA4
GRM1
TCF21
GRM1 NTRK2
TFAP1B PLP1
ALX1
PLP1
CADM2
A：蛋白互作网络；B：PPI核心网络。
图9 PPI网络和核心网络
Figure 9 PPI network and core network

在验证模型的准确性方面，绘制多年份 ROC 曲线，
3 讨 论
虽然在Test组中3年ROC曲线的AUC值稍低，但在
ccRCC 是最常见肾实质恶性肿瘤，由于人类寿 1、5 年以及其他年份的 AUC 值均具有可信度，并且
命延长及医学技术的发展，肾癌的发病率较以往增 在 Train 组和所有样品的预测能力方面都具有一定
高 ［21］ 。患者早期常无明显不适或者症状多变，常 的准确性，同样绘制生存状态图显示从左到右随着
以无症状肾癌发病，早期诊断困难，发现时往往处 患者风险的增大，患者的生存时间逐步下降，死亡
于晚期，已经失去手术机会，因为对放化疗不敏 人数逐渐增多，患者的生存率逐步下降，上述结果
感，后期常因药物抵抗及缺乏预测指标，所以预后 表明该模型预测患者的生存具有一定的准确性。
较差 ［22-23］ 。因此需要探索寻找高特异性和敏感性的 通过单、多因素独立预后分析显示，miRNA 预后模
预后标志物，早期对这类患者行个体化治疗，以提 型所计算的风险评分可以独立于其他临床因素，作
高生存率。 为ccRCC患者的独立预后因子，通过对miRNA相关
本文通过生物信息学方法共筛选出3 613个差异 文献的查阅发现，miR⁃21⁃5p 通过抑制神经黏附分
表达的mRNA（2 603个表达上调的mRNA，1 010个表 子 L1，而促进结肠癌细胞的增殖和侵袭 ［24］ 。在前
达下调的 mRNA）和 49 个差异表达的 miRNA（28 个 列腺癌中，柯井卫等 ［25］ 研究发现，miR⁃21⁃5p下调靶
表达上调的 miRNA，21 个表达下调的 miRNA），然 基因同源血小板富亮氨酸复重蛋白磷酸酶2可以增
后将差异表达的 miRNA 进行单、多因素 Cox 回归 强癌细胞的侵蚀能力；miR⁃1251⁃5p 在体外和体外
分析，筛选出 3 个与 ccRCC 预后更密切的 miRNA： 均可以促进肝细胞癌的生长和转移 ［26］ ；在ccRCC 的
miR⁃21⁃5p、miR⁃885⁃5p、miR⁃1251⁃5p，将样品随机 靶向治疗研究中发现，舒尼替尼治疗后miR⁃885⁃5p
按照1∶1比例分为Train组和Test组，根据Train组样 明显降低，并且与 ccRCC 的进展有着密切的关系，
品的多因素回归分析结果构建预后模型，分别对高 miR⁃885⁃5p 可能会成为潜在的生物学标志物 ［27］ 。
低表达组和高低风险组进行生存分析，结果显示 进一步构建miRNA的调控网络，并对其靶基因进行
miR⁃21⁃5p 低表达有利于患者生存、miR⁃1251⁃5p 和 GO 功能注释和 KEGG 富集分析，结果表明，这些靶
miR⁃885⁃5p 高表达有利于患者生存；在 Train 组、 基因在生物过程主要富集在肾单位上皮和肾单位
Test组和所有样品中低风险组患者的生存时间明显 的发育、肾小管和肾脏上皮的发育等；在细胞组分
优于高风险组，两组间差异有统计学意义（P < 0.001）。 主要富集在突触后密度、不对称突触、突触后专业