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第41卷第6期 袁 逸，戴程婷，李一卉，等. 大宫内发育迟缓新生小鼠胰腺发育转录组分析［J］.
2021年6月 南京医科大学学报（自然科学版），2021，41（06）：785-795 ·787 ·
组样本 LncRNA、mRNA 的表达差异。使用 RNA 将cDNA进行实时荧光定量PCR进行差异LncRNA的
plex、LncRNA 与 mRNA 的表达量相关性 Pearson 相 验证。反应体系为模板cDNA 2 μL，TB GreenPremix
关系数分析等方法预测 LncRNA 靶基因及其功能， Ex Taq 10 μL，荧 光 定 量 PCR 参 比 染 料（ROX）
对 LncRNA 靶基因、mRNA 进行基因本体论（gene 0.4 μL，正义引物（F Primer）0.4 μL，反义引物（R
ontology，GO）与京都基因与基因组百科全书数据库 primer）0.4 μL，灭菌 ddH2O 6.8 μL。反应条件：预变
（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEEG）信 性 95 ℃ 30 s；95 ℃ 5 s ，60 ℃ 30 s40个循环。根据熔
号通路聚类分析。GO 富集结果包括：生物学途径 解曲线判断引物的特异性及扩增效率，采用2 -ΔΔct 法对
（biological process，BP）、细胞组件（cellular compo⁃ 基因相对表达量进行分析。引物序列如表1所示。
nent，CC）、分子功能（molecular function，MF）。 1.2.5 MIN6细胞培养
1.2.4 qRT⁃PCR反应 MIN6 细胞培养基的主要成分为高糖 DMEM 培
采用SYBR Premix Ex Taq （TakaRa公司，日本） 养基、15%胎牛血清（FBS），双抗（100 U/mL 青霉素
TM
表1 PCR引物序列
Table 1 PCR primer sequences
基因 上游引物（5′→3′） 下游引物（5′→3′）
β⁃Actin TGAGCTGCGTTTTACACCCT TTTGGGGGATGTTTGCTCCA
Snhg12 ACGGTCCCATCAAGACTGACTGAG GGAAGTCCTCGATCACCAGA
Rian CTAGAGAAGGAGGGACGATACA GTCCCGTGTCCACAATAGAAA
和 100 μg/mL 链霉素）、2.5 mmol/L β⁃巯基乙醇。细 Trans 调控。Antisense 是指一部分反义 LncRNA 与
胞置于 5%CO2 、37 ℃的恒温培养箱中培养，每天更 正义链的 mRNA 结合而调控基因沉默、转录及
换新鲜培养基，细胞融合度达80%传代。 mRNA 稳定性。Cis 是指同一染色体上临近 mRNA
1.2.6 不同糖浓度刺激 的转录激活与表达调控，一般选取 LncRNA 上下游
选择无糖培养基，利用葡萄糖粉配置 11.1、 10 kb范围内的基因作为此LncRNA的Cis调控靶基
16.7、25.0、33.3 mmol/L 不同糖浓度的培养基；将 因。Trans 是指 LncRNA 的功能与其共表达的蛋白
MIN6 细胞接种于 6 孔培养板中，待细胞贴壁后，加 编码基因相关，通过样本间 LncRNA 与蛋白编码基
入无糖低血清（0.25%）培养基培养6~8 h后，分别加 因的表达量相关分析或共表达分析方法来预测其
入不同糖浓度培养基2 mL，做好标记，放入培养箱， 靶基因。
24 h收取细胞并提取RNA。 Antisense：差 异 LncRNA Antisense 靶 基 因
1.3 统计学方法 KEEG、GO富集分析如图2所示，按照KEEG 信号通
使用SPSS21.0软件分析实验结果，基因表达量 路富集分析中基因数量，前 5 位分别是“metabolic
均以均值±标准差（x ± s）表示，两组间采用独立样本 pathway”（512 个基因）、“pathway in cancer”（206 个
t 检验，多组间比较采用单因素方差分析。P＜0.05 基 因）、“MAPK signaling pathway”（167 个 基 因）、
为差异有统计学意义。 “PI3K⁃Akt signaling pathway”（158个基因）、“Ras sig⁃
naling pathway”（140个基因）（图2A）。按照GO分析
2 结 果
基因表达数目可知，BP 中前 5 位的是“cellular pro⁃
2.1 LncRNA的相关分析 cess”“single⁃organism process”“biological regulation”
2.1.1 LncRNA总数与差异情况 “metabolicprocess”“response to stimulus”，CC 前 5 位
在正常、IUGR 新生鼠中共鉴定出 30 426 个 是“cell”“cell part”“organelle”“membrane”“member
LncRNA。两组中表达差异的 LncRNA 有 294 个，其 part”，MF 前 5 位 是“binding”“catalytic activity”
中上调 83 个，下调 211 个。差异表达 LncRNA 的火 “transporter activity”“molecular function regulator”
山图和热图见图 1。表 2 显示了部分高差异表达的 “nucleic and binding transcription factor activity”（图
LncRNA。 2B）。
2.1.2 差异 LncRNA 靶基因 KEEG 信号通路与 GO Cis：差异LncRNA Cis 调控靶基因GO、KEEG富
功能富集分析 集分析如图3所示。按照KEEG信号通路富集分析
LncRNA 与 mRNA 的调控包括 Antisense、Cis、 中基因数量，前 5 位分别是“metabolic pathway”（839
