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第41卷第7期 赵 雪，周巧利，顾 威. 1例黏多糖Ⅵ型患者ARSB基因复合杂合突变位点分析［J］.
2021年7月 南京医科大学学报（自然科学版），2021，41（07）：1104-1108 ·1105 ·

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腺样体肥大腭扁桃体增大。眼科视力检查因患者 est/）对所有的SNV和INDEL进行注释 。筛选出正
无法配合失败，眼压正常。听力测试中声阻抗右耳 常人数据库中频率小于0.05的突变位点，正常人数
0.67 mL，左耳0.92 mL；耳声发射中双侧瞬态声诱发 据库包括千人基因组计划和EXAC等。错义突变使
耳声发射均未引出。韦氏智力测定：语言配合困难， 用 SIFT、PolyPhen⁃2、Mutation Taster 和 GERP++等软
图片词汇测试配合尚可，得分17，IQ 64，轻度弱智。 件进行致病性预测和保守性预测。结合疾病遗传
结合患者病史特征，临床诊断考虑黏多糖贮积 模式和患者临床表征进行综合分析，筛选出可疑候
症可能。建议完善基因检测。获得患者家长知情 选变异 。
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同意后，抽取患者及其父母、弟弟、妹妹的静脉血各 使用预测软件进行致病性分析，根据美国医学
2 mL（EDTA抗凝）。根据南京医科大学附属儿童医 遗传学与基因组学会（ACMG）发布的变异解读指南
院相关流程规定，标本统一送至北京迈基诺公司完 发现 3 个可能致病基因位点：INPPL1、LRP5、ARSB
成基因检测。 （表 1）。INPPL1 为常染色体隐性遗传，其家系中未
基因检测：二代测序可以同时兼顾敏感性和准 发现同一基因突变，且患者临床特征与该基因突变
确性，被广泛应用于各个学科和领域，是目前常用 表型不相符，故不考虑其致病可能。LRP5为常染色
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的基因检测方法 。研究使用标准文库构建试剂盒 体显性遗传，与其相关的Van Buchem 病2型是一种
（北京迈基诺自主研发）进行基因组文库构建。采 硬化性骨发育不良疾病，临床特征与患者部分重
用目标序列捕获探针（GenCap）对812个已知的遗传 合，但家系验证中无同一突变。该患者 ARSB 基因

性骨骼疾病相关候选基因外显子区域及其边缘50 bp 突变表型与患者临床特征相符合，且家系验证发现
进行捕获，富集目标区域 DNA 片段。借助 Illumina 相关位点，证实为常染色体隐性遗传，考虑为该患
HiSeq X Ten 测序仪对目标区域进行高通量测序。 者致病基因。利用Primer 3.0 在线软件（http：//prim⁃
GenCap 相较于全基因组测序，产生的数据量更少， er3.ut.ee/）设计 ARSB 基因 PCR 引物（表 2）。PCR 扩
避免大量冗余数据的产生，便于分析，降低成本。 增产物使用3130XL 测序仪进行毛细管电泳测序并
将原始测序数据去除污染和接头序列，然后利用 在 ABI 3130 Genetic Analyzer 上进行分析。再对家
BWA 软件（http：//bio⁃bwa.sourceforge.net/）将过滤后 系成员进行共分离验证。使用贝克曼自动化工作站
的序列比对 NCBI 数据库人类基因组参考序列 预设程序，配制 PCR 扩增反应体系，充分混匀、离心
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（hg19） 。利用GATK软件（https：//software.broadin⁃ 后置于已经设置好的 PCR 仪中：95 ℃预变性10 min，
stitute.org/gatk/）分析得出单核苷酸变异（single nu⁃ 35 个循环（94 ℃ 30 s，58~64 ℃ 30 s，72 ℃ 45 s），
cleotide variation，SNV）和插入缺失突变（inserts and 72 ℃延伸 5 min，4 ℃保存，每步对应不同的退火温
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deletions，INDEL）的相关信息 。通过 ANNOVAR 度（表2）。由于大片段缺插入缺失序列结果读取可
软 件（http：//annovar.openbio ⁃ informatics.org/en/lat⁃ 能存在一定的局限性，实际操作中可采用一代 PCR

表1 可疑致病基因
基因 染色体 外显子 核苷酸变化 氨基酸变化 致病性预测（ACMG）
*
ARSB chr5⁃78181570 exon5 c.979C>T p.R327X 致病
ARSB chr5⁃78251291 exon4 c.724_725insCCCTTCAGGTCC p.H242delinsPLQVH 疑似致病
INPPL1 chr11⁃71945570 exon21 c.2327⁃1G>C splicing 致病
LRP5 chr11⁃68192694 exon15 c.3361A>G p.N1121D 疑似致病
基因 SIFT预测 ** PolyPhen⁃2预测 ** Mutation Taster预测 ** GERP++预测 *** InterVar ** SPIDEX **** Clinvar **
ARSB 未知 未知 自主致病 保守 疑似致病 -64.258 致病
ARSB 未知 未知 未知 未知 意义不明 未知 未知
INPPL1 潜在不致病 潜在不致病 自主致病 保守 良性变异 -01.374 意义不明
LRP5 未知 未知 自主致病 保守 意义不明 0-3.637 未知
*：美国医学遗传学与基因组学学会（The American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG）制定过序列变异解读指南，将致病性
分析结果分为pathogenic/致病性变异、likely pathogenic/疑似致病性变异、uncertain/临床意义未明变异、likely⁃benign/疑似良性变异、benign/良性
变异。**：均为生物信息学蛋白功能预测软件，可使用预测网站预测致病性，预测值越大表示致病可能性越大；***：GERP++可表示在各物种
间预测保守性的值，>2表示比较保守。****：SPIDEX数据库，该模型通过对DNA序列以及突变信息的分析，对该变异对RNA剪切的影响进行
打分，得分范围-100~100，得分绝对值越接近100，突变对RNA剪切的影响越大。