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第43卷第12期 李靖燕,曹林霞,马萌萌,等. 支气管肺发育不良模型小鼠青春期肺部菌群特点[J].
2023年12月 南京医科大学学报(自然科学版),2023,43(12):1643-1649 ·1645 ·
A 空气组 高氧组 富度和均匀度,指数的高低还会受均匀度影响,即
样本中的物种分布越均匀,多样性越高。4 组肺部
Ⅰa
Ⅱa
菌群丰富度及 Shannon 指数差异无统计学意义(P=
雌性 0.713,图 3A)。这意味着 4 组之间的肺部菌群丰富
度没有统计学意义。
2.5 小鼠肺部菌群Beta多样性分析
PCoA 图显示,4组样本基本上分别聚集在不同
Ⅰb Ⅱb
的象限,样本群落组成有差异性(P<0.05,图3B)。
雄性 2.6 小鼠肺部菌群差异物种分析
2.6.1 小鼠肺部菌群群落特征
通过对比数据库对 OTU 进行物种分类,绘制物
种相对丰度柱状图。在门水平,肺部菌群的主要成
B 员为放线菌门(Actinobacteriota),变形菌门(Proteo⁃
10 ***
*** 雌性 bacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacte⁃
8 雄性
roidota);在属水平主要为红球菌属(Rhodococcus),
( 个 ) 6 不动杆菌属(Acinetobacter),气单胞菌属(Aeromon⁃
RAC值 4 as),假单胞菌属(Pseudomona),葡萄球菌属(Staphy⁃
lococcus)(图4)。
2 2.6.2 肺部菌群差异物种分析
在门水平,与空气组相比,高氧组变形菌门
0
空气 高氧 (Proteobacterial)丰度减少,差异有统计学意义(P <
A:小鼠肺组织病理(HE,×200);B:小鼠肺组织RAC值,两组比 0.05),其中以雄性组变化为主,高氧雄性组相比于
较, P < 0.001(n=8)。
***
空气雄性组变形菌门(Proteobacteria)减少,放线菌
图1 小鼠肺组织病理改变 门(Actinobacteriota)升高。在属水平,高氧组气单胞
Figure 1 The histopathological changes of lung tissues in
mice 菌属(Aeromonas)、不动杆菌属(Acinetbacter)丰度减
少。高氧雄性组气单胞菌属(Aeromonas)、不动杆菌
序。对下机fastq数据进行质控得到clean tags,抽平 属(Acinetbacter)减少,红球菌属(Rhodococcus)升高
处理后每个样本得到28 907条tags,Shannon⁃Wiener (图5)。
曲线显示测序数据量可以反映样本中绝大多数的 2.6.3 小鼠肺部菌群LEfSe分析
微生物信息(图 2A);使用 uparse 软件 unoise3 降噪 LEfSe 分析结果显示,气单胞菌种(Aeromonas)、
方法0.97相似度对celan tags进行Featurs聚类,32个 棒状杆菌属(Corynebacterium)、梭状芽孢杆菌属
样本共产生784个Featurs。基于OTU的Venn 图中, (Clostridium)丰度在空气组高;葡萄球菌种(Staphy⁃
4种不同颜色的圆对应4组小鼠肺部所含的菌群,重 lococcus)、耐盐咸海鲜球菌种/属(Jeotgalicoccus)丰
叠部分则为共同含有的菌群(图2B)。 度在高氧组升高(图6)。
2.3 小鼠肺部菌群组间差异分析
3 讨 论
4 组小鼠肺部菌群组间与组内差异性分析
Anosim 相似性分析结果显示,空气组和高氧组雌 肺部微量的微生物定植,在健康状况下可以调
性小鼠肺部菌群差异无统计学意义(r=-0.094,P= 节机体免疫系统,在部分呼吸系统疾病中,肺部微
0.722),空气组和高氧组雄性小鼠菌群差异有统计 生物群失调与疾病进展有关 [11] 。本组空气对照组
学意义(r=0.906,P=0.03)。说明BPD 模型小鼠青春 青春期小鼠肺部优势菌群在门水平是变形杆菌门
期肺部微生物存在性别差异,主要集中在雄性小鼠 (Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门
肺部菌群的改变(表1)。 (Actinobacteriota),这与文献报道一致 。但在属水
[9]
2.4 小鼠肺部菌群Alpha多样性分析 平,主要是红球菌属(Rhodococcus)、不动杆菌属
小鼠肺部菌群Shannon 指数综合体现物种的丰 (Acinetobacter)、气单胞菌属(Aeromonas),假单胞菌