Page 102 - 南京医科大学自然版

第44卷第4期
·540 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2024年4月

DNA oligos
PLA probe
st
1 antibody nd Connector DNA strand
Protein A+B 2 antibody
complex Ligase

Fluorescent Concatemeric DNA molecule Circular DNA
Fluorescent probes
foci in cell

图5 邻近连接测定原理
Figure 5 Principle of proximity ligation assay

优势。HRP、APEX与BioID产生的活性自由基或高 供体和受体荧光团，诱饵蛋白和猎物蛋白因相互作
能分子会导致相对较大的标记半径，导致不可避免 用而靠近，供体和受体的荧光团也在空间上相互
［53］
的假阳性结果 。近年来，PDB⁃MS还在不断优化和 靠近，当两者的距离在 1~10 nm 时则诱导 FRET 信
［54］
更新，例如 Kim 等 改进 BioID 方法，以 BioID2 为中 号 ［56］ 。FRET 是两个分子或原子相互作用的物理过
心，能够选择性更强地靶向融合蛋白，对生物素的需 程。供体必须处于激发态，并通过分子间长距离偶
求降低，并表现出对邻近蛋白的标记增强，提高了筛 极⁃偶极耦合将能量转移到附近的受体 ［57］ 。FRET可
选 PPI 的效率。Larochelle 等 ［55］ 通过 TurboID 介导的 在活细胞中以单细胞分辨率检测到直接PPI ［58］ 。李
邻近依赖性生物素化，鉴定酵母中的PPI网络。 慧等 ［59］ 通过 FRET 技术观测血小板衍生生长因子
基于生物化学与分子生物学的研究方法种类 对气道平滑肌细胞中RhoA活性的下调作用，Kondo
较多，适用范围和限制也不同，故对这些方法做了 等 ［60］ 利用FRET技术评价尼洛替尼治疗的药物敏感
总结（表1）。 性验，马廷政等 ［61］ 利用 FRET 技术检测膜受体与胞
外配体的相互作用。
2 基于生物物理学的研究方法
2.2 表面等离子共振分析（surface plasmon resonance，
2.1 荧 光 共 振 能 量 转 移（fluorescence resonance SPR）
energy transfer，FRET） SPR是基于物质间相互作用所致的芯片表面质
FRET 原理是将诱饵蛋白和猎物蛋白分别缀合 量变化而产生的一种光学现象，能够简单、快速、准

Biotin⁃arylazide
HRP Bait HRP Bait

Biotin⁃labeled LC⁃MS/MS
peptide enrichment analysis
APEX Bait OH APEX Bait
H2O2
m/z

ATP+ ATP-
BiolD Bait BiolD Bait

图6 基于邻近依赖性生物素化测定与质谱联用检测原理
Figure 6 Principle of proximity⁃dependent biotinylation coupled to mass spectrometry