Page 109 - 南京医科大学自然版

第44卷第7期 王清华，李 溯，杨 蕊，等. 基于基因测序技术分析乳腺癌中微生物菌群的研究进展［J］.
2024年7月 南京医科大学学报（自然科学版），2024，44（7）：992-1001 ·993 ·

具有重要的意义。 为可能 ［9-10］ 。本文总结了目前诸多乳腺癌相关的微
随着基因测序技术的革新 、微生物组研究方 生物组测序研究（表 1），但其在研究对象、样本类
［3］
［4］
法的进步 以及人类微生物组计划（human microbi⁃ 型、测序方法、扩增区段等方面存在差异，使得研究
ome project，HMP）的启动 ［5-6］ ，微生物组领域取得了 数据呈现不一致性 ［11-32］ 。因此，本文对乳腺癌微生
重大进展。最近，乳腺癌组织被证实存在多种微生 物组的研究进行了综述，系统性地分析乳腺癌组织
物菌群，且与非癌组织（包括正常乳腺组织、乳腺良 与非癌组织、乳腺癌不同分子分型、病理分级和分
性疾病组织和癌旁组织）在数量和多样性方面存在 期之间微生物的组成差异，并对微生物菌群在乳腺
显著差异（图1）。此外，不同分子分型、病理分级及 癌诊断及治疗中的作用进行了展望和讨论，为后续
分期的乳腺癌微生物菌群之间也存在差异，而临床 乳腺癌组织微生物组的测序提供参考，也为基于乳
乳腺癌治疗决策需要综合评估这 3 个方面的因素。 腺癌组织的微生物菌群开发新型诊断和治疗策略
研究表明，细菌可通过诱发 DNA 损伤或基因突变、 提供思路。
影响雌激素代谢、产生代谢物等多种机制在乳腺癌
1 乳腺癌与非癌组织微生物菌群的差异
的发生、发展中发挥着复杂的作用 ［7-8］ 。因此，探索
微生物菌群与乳腺癌之间复杂的作用关系在乳腺 研究表明，乳腺组织中微生物群在不同生理和
癌的诊断和治疗方面具有极大的研究潜力。 病理状态下存在显著差异。乳腺癌组织、正常乳腺
近十年来已有较多的研究者对乳腺癌微生物 组织、乳腺良性疾病组织和癌旁组织的微生物群在

组进行测序分析，最常见的下一代测序（next genera⁃ 数量和多样性上存在显著不同。与正常乳腺组织
tion sequencing，NGS）技术包括扩增子测序、鸟枪法 相比，乳腺癌组织中的细菌数量和多样性明显增
［6］
宏基因组测序和RNA 测序 ，能对乳腺癌微生物组 加，超过正常组织的水平多达 10 倍 ［21］ ，而癌旁组织
进行深度测序，提供更广泛的分类学覆盖率和更准 则介于两者之间 ［21，32］ 。由于乳腺癌组织与非癌组织
确的功能图谱 ，使深入探索乳腺癌的微生物组成 中的微生物菌群在门、科、属、种等水平的差异，因
［7］

Breast benign tissue
Breast cancer tissue

16S rRNAgene
Tumor⁃adjacent gDNA isolation
normal breast tissue extraction
and extraction
Sample collection
Phylum：Verrucomicrobi
Family：Methylobacteriaceae、Odoribacteraceae、 Phylum：Actinobacteria、Bdellovibrionota、Thermi
Porphyromonadaceae、Pseudomonadaceae、 Class：Oligoflexia、Gammaproteobacteria
Ruminococcaceae、Sphingomonadacese、 Family：Propionibacteriaceae、Pseudomonadaceae、
Verrucomicrobiacese Enterobacteriacea、Sphingomonadaceae、
Genus：Acinetobacter、Fusobacterium、 Caulobacteraceae
Methylobacterium、Rothia、 Genus：Propionibacterium、Pseudomonas
Salmonella、Ralstonia、Prevotella Breast cancer Tumor⁃adjacent Species：Sphingomonas yanoikuyae、 16 S library preparation
Species：Methylobacteriumradiotolerans、 tissues Breast normal issues Propionibacterium acnes and sequencing
Pseudomonas aeruginosa cancer
associated
tissue
ER ：Arcanobacterium、 dominant Different grades：
+
Bifidobacterium、Cardiobacterium、 flora and stages Grades Ⅰ：RF39、Bacteroidaceas
Citrobacter、Escherichia、 Different Breast Cancer Types Different gredas Grades Ⅲ：Aeromonadaceae、S24_7、
Pseudomonas aeruginosa Agrococcus
+
HER2 ：Streptococcus、Thermus Different stages：
TPBC：Bordetella、Campylobacter、Legionella、 Stage 1：Proteobacteria、Ruminococcaceae、
Pasteurella Hyphomicrobium
TNBC：Firmicutes、Sphingomonadaceae、 Stage 2：Euryarchaeota、Firmicutes、Spirochaetes、
Aerococcus、Arcobacter、Geobacillus、Orientia、 Sporosarcina Data analysis
Rothia Stage 3/4：Thermi、Gemmatimonadetes、Tenericutes、
Bosea
图1 乳腺组织微生物菌群16S rRNA测序流程以及乳腺癌相关乳腺组织的优势菌群
Figure 1 Breast tissue microbiota 16S rRNA sequencing process and dominant microbiota of breast cancer ⁃ associated
breast tissue