Page 72 - 南京医科大学学报自然科学版
P. 72
第41卷第6期
·850 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2021年6月
A 热处死组 B 非热处死组
M （—） D1 D2 D3 D4 M （—） L1 L2 L3 L4
300 bp→ 300 bp→
M：200 bp DNA ladder Marker；（—）为空白对照；A：热处死组中D1~D4的PMA终浓度依次为0、5、10、20 μmol/L；B：非处死组L1~L4的PMA
终浓度依次为5、10、20、30 μmol/L。
图1 PMA⁃PCR扩增结果
Figure 1 Results of PMA⁃PCR amplification
稀释曲线表明在 5 000 条序列前，OTU 数量随 versity index）不断增大；当测序值达到 5 000 以上
序列数增加大幅增加；在 5 000~15 000 条序列时， 后，各组曲线均进入了平台期（图2B）。
OTU数量的增加趋于平缓；25 000条序列后，各组的 33 组的平均测序覆盖深度（Coverage 指数）均
OTU 数量进入平台期，OTU 量基本达到饱和（图 大于99.67%，表明测序数据量合理，且间接反映了物
2A）。香农⁃威纳（Shannon⁃Wiener）曲线则显示随着 种的丰富度，即样本的当前测序深度足够反映该群落
测序量的增加，香农⁃威纳指数（Shannon⁃Wiener di⁃ 样本所包含的微生物多样性，可以进入下一步分析。
A B
600
5
500
4
400
（ 个 ） 3
OTU数 300 香农⁃威纳指数
200 2
1
100
0 0
0 5 000 10 000 15 000 20 000 25 000 30 000 0 5 000 10 000 15 000 20 000 25 000 30 000
取样深度（条） 取样深度（条）
A：33个样本的稀释曲线；B：33个样本的香农⁃威纳曲线。以3%的基因距离为阈值。
图2 样本测序结果及多样性指数
Figure 2 Sample sequencing results and diversity index
