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第41卷第8期 张瑞阳，许 靖，于鑫焱，等. 感染多耐药大肠杆菌新噬菌体vB_EcoM_RZ的性质鉴定及
2021年8月 基因组学研究［J］. 南京医科大学学报（自然科学版），2021，41（08）：1109-1114，1159 ·1113 ·

外还鉴定了一些假设的蛋白，这些假定蛋白可能是一
些未知的结构蛋白，深入研究并揭示这些蛋白的功 Marker vB_EcoM_RZ
kDa
能，可能对进一步了解该噬菌体的形态结构有帮助。 180 long tail fiber protein proximal subunit（ORF288）
140 long tail fiber distal subunit（ORF291）
2.5 噬菌体vB_EcoM_RZ比较基因组分析 DNA polymerase（ORF78）
100
为了确定噬菌体的确切分类学位置，根据 75 baseplate wedge subunit（ORF190）
60 tail sheath protein（ORF204）
BLAST 分析的结果，将 vB_EcoM_RZ 的基因组序列
major head protein（ORF212）
与从世界不同地区分离的9个噬菌体进行系统发育 45
分析，并使用 MEGA7 程序绘制系统发育树（图 5）。 35 neck protein（ORF198）
结果表明在这些噬菌体之间存在复杂的进化关
系。系统进化树分析表明，vB_EcoM_RZ 是一株新 25
型噬菌体，与噬菌体 T4、VR26、VR20、VR25、VR7、 tail tube protein（ORF206）
15
SP18、DK13、UPEC01 及 CJ20 有亲缘关系。比较基
10
因组分析的结果扩展了对vB_EcoM_RZ及其噬菌体 putative internal head protein（ORF174）
亲戚之间进化和关系的理解。 图4 噬菌体vB_EcoM_RZ的基因排布
vB_EcoM_RZ 编码的大多数蛋白质和其他相关 Figure 4 Gene arrangement of phage vB_ EcoM_RZ
噬菌体编码的相应蛋白同源性较高，但是有少数蛋
白和其他噬菌体的相应蛋白明显不同（空白区域） 有 94.14%的相似性。分析 vB_EcoM_RZ 与 T4 噬菌
（图 6）。同时，噬菌体 vB_EcoM_RZ 和 T4 噬菌体存 体的溶菌酶、穿孔素和长尾纤维蛋白氨基酸序列，
在一定的发育关系，基因组序列比较分析发现两者 发现分别有 69.14%、53.24%和 34.07%的相似性。

Enterobacteria phage vB EcoM VR26
90
89 Enterobacteria phage vB EcoM VR25
41
Escherichia phage vB EcoMRZ
Escherichia phage DK⁃13
41
Enterobacteria phage vB EcoM VR7
Enterobacteria phage vB EcoM VR26
95
100 Shigellaphage SP18

Escherichia phage T4
40 Escherichia phage UPEC01
95 Escherichia phage CJ20

2
图5 噬菌体vB_EcoM_RZ的系统发育树
Figure 5 Phylogenetic tree of phage vB_ EcoM_ RZ
而噬菌体尾蛋白被认为参与宿主的识别功能，并赋 的重排交换和丢失获取都可能影响噬菌体基因组
予噬菌体宿主范围特异性。 的组织，并影响 vB_EcoM_RZ 结构组装和蛋白活性
vB_EcoM_RZ 和 9 个相近噬菌体的蛋白质序列 表达。
多重比对显示，大多数区域在蛋白质水平上高度同
3 讨 论
源 ，但 它 还 可 以 观 察 到 一 些 空 白 区 域（图 6）。
vB_EcoM_RZ 作为一种有尾噬菌体，可在不同选择 本 研 究 分 离 并 鉴 定 了 一 株 新 的 噬 菌 体
压力下发生基因重排，与宿主共同进化并更具有 vB_EcoM_RZ。因为该噬菌体基因组存在裂解基
多样性。此外，有尾噬菌体是双链 DNA 病毒中数 因，如溶菌酶、穿孔素等，而没有编码整合酶、阻遏
量种类最多的一组，容易发生基因丢失、获取和交 蛋白等溶源相关基因，因此认为 vB_EcoM_RZ 是毒
换，并且不共享通用基因，其进化非常复杂。基因 性噬菌体。vB_EcoM_RZ的基因组序列分析发现其