Page 41 - 南京医科大学学报自然科学版

第41卷第8期 方 萌，池晴佳，赵 晗，等. SOX12与肝细胞癌患者不良预后和免疫浸润的相关性研究［J］.
2021年8月 南京医科大学学报（自然科学版），2021，41（08）：1141-1150，1165 ·1143 ·

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∑ A .A k，j + A i，j FOR CANCER GENOMICS
i，k
TOM = K = 1 Mutant genes TCGA⁃LIHC Immune
ij ) related genes
min(K，K + 1 - A
i j i，j
TOMij表示基因 i 和 j 的共享相邻基因的重叠。 297 Immune genes
ENCORI
基于 TOM 的不相似度法，进一步平均连锁层次聚 GEPIA 2 For RNA Interactomes
类，具有相似表达的被归类到相同的基因模块中。 P＜0.05 P＜0.05
8
GEPIA2 genes ENCORI
1.2.4 基于LASSO算法的风险预后模型
单变量Cox回归分析用于探索基因对总体生存 4 文献发表
的影响。如果基因 P < 0.05，则整合到 LASSO 算法 2 动物实验
中，生成严格等于 0 的回归系数，为了数据降维，去 1 无确切报道
除一些权值较低的变量，防止协变量共线性导致的 1 SOX12
过拟合。计算每个样品的风险评分（RS）： 图1 单基因SOX12的确定
N Figure 1 Determination of single gene SOX12
RS= ∑ (Exp × C i )
i
通过TCGA数据库基因数据（表1）分析，与相邻
i = 1
其中N 为基因的个数，Expi为基因表达谱，Ci为 正常组织相比，HCC组织中SOX12的表达显著上调
LASSO分析确定的回归系数。以Kaplan⁃Meier曲线 （图2A）。根据Kaplan⁃Meier 分析，高SOX12表达的
评估风险评分与总生存率之间的关系。计算受试 HCC 患者其总生存期较差（P=0.024，图 2B）。由
者工作特征（receiver operating characteristic，ROC） tROC 可知，SOX12的表达对患者预后具有较强的预
曲线的曲线下面积（area under curve，AUC）。 测能力，其1年、3年和5年的AUC分别为0.679、0.636
1.2.5 突变景观分析 和0.617（图2C）。根据疾病分期和肿瘤分级情况显
在R软件中使用maftools软件包，分析高低风险 示，SOX12 的表达在不同分期中具有明显差异（图
组和SOX12高低表达对基因突变频率的影响。 2D、E、F）。为了确保结果的可靠性，使用GEO数据库
1.3 统计学方法 （表2）中的GSE76427（n=116）进行了验证（图3）。
利用 R 软件（https：//www.r⁃project.org/）进行统
表1 TCGA数据库临床信息表
计学分析。使用“survival”软件包进行生存分析，评 Table 1
估免疫评分与总生存期之间的关系。取中值作为 The clinical data in the TCGA database（n）
项目 信息 样本数 肿瘤样本数 正常样本数
分界点。使用“pROC”软件包生成与时间相关 ROC 性别 女 119 107 12
（the time⁃dependent ROC，tROC）曲线。使用“forest⁃ 男 246 230 16
plot”包进行单变量和多变量 Cox 回归分析。使用 临床分期 Ⅰ+Ⅱ 269 250 19
“glmnet”软件包进行LASSO分析。在整个研究过程 Ⅲ+Ⅳ 096 087 09
中，两组独立样本间采用t 检验，P < 0.05 为差异具 肿瘤分级 G1+G2 226 211 15
G3+G4 139 126 13
有统计学意义。
T分期 T1+T2 263 253 10
2 结 果 T3+T4 102 084 18
N 分期 N0+N1 268 251 17
2.1 SOX12表达在HCC中的临床价值 NX 097 086 11
利用 TCGA⁃HCC 免疫相关基因和突变基因的 M分期 M0+M1 281 261 20
MX 084 076 08
交集产生了 297 个基因。GEPIA 2（http：//gepia.can⁃
样本总数 365 337 28
cer⁃pku.cn/）和 ENCORI（http：//starbase.sysu.edu.cn/
index.php）数据库分析了这些基因的生存和差异表 通过对TCGA和GEO数据进行单因素和多因素
达，筛选出生存和差异同时满足 P < 0.05 的 8 个基 Cox回归分析，结果显示，SOX12表达是一个独立的
因。其中 CCR7、VAV1、OX40、PSMD4 已经在文献 预后生物标志物（图 4A），这一显著性差异在 GEO
中进行了大量报道 ［17-21］ ，OXTR、PMCH 仅用于动物 数据中也得已验证（图4B）。以上结果表明，SOX12
实验研究 ［22-23］ ，而有关PNOC的信息量较少。因此， 表达水平可能影响HCC的发展，可作为HCC预后不
最终确定了满足条件的单基因SOX12（图1）。 良的独立生物标志物。