Page 45 - 南京医科大学学报自然科学版
P. 45

第41卷第8期         方  萌,池晴佳,赵 晗,等. SOX12与肝细胞癌患者不良预后和免疫浸润的相关性研究[J].
                  2021年8月                  南京医科大学学报(自然科学版),2021,41(08):1141-1150,1165                   ·1147 ·


                A                     B                                       C
                     TCGA   IRG              Scale independence  Mean Connectivity          Cluster Dendrogram
                                                                                  1.0
                                           1.0
                                                                                  0.9
                                         Scale Free Topology  Model Fit.signed R 2  0.4  Mean Connectivity 200  Helght  0.6
                  18 419  1 333  460       0.8               150                  0.8
                                                                                  0.7
                                           0.6
                                                             100
                                                                                  0.5
                  Univariate Cox(P<0.05)   0.2                50                  0.4
                                           0.0                                  Module
                                                               0
                                                                                 colors
                                              0 5 10152025 30   0 5 10152025 30
                                            Soft Threshold(power)  Soft Threshold(power)
                D                      E                              F
                                            Eigengene adjacency heatmap                Module⁃trait relationships
                                                                                                0.13
                                                                                                  -0.14
                                                                                             -0.12
                                                                                        -0.14
                                                                                                    -0.042
                                                                                          -0.15
                                         0.9                              MEyellow     (0.007)(0.004) (0.02) (0.01) (0.009) (0.4)  1.0
                                                                                                0.24
                                                                                           0.17
                                                                                             0.36
                                                                                                  0.33
                                                                                        0.26
                                                                                                     0.3
                                         0.6  MEyellow                     MEblue      (4e⁃07)(0.001)(2e⁃12)(5e⁃06)(7e⁃11)(6e⁃09)  0.5
                                                MEblue  MEturquolse  MEbrown  MEbrown  (6e⁃14)(0.07)(5e⁃15)(1e⁃05)(1e⁃22)(6e⁃29)  0
                                                                                                     0.78
                                                                                                  0.89
                                                                                        0.55
                                                                                             0.83
                                         0.3                MEgreen  MEred  MEturquolse  (1e⁃29)(2e⁃15)(5e⁃41)(9e⁃16)(1e⁃124)(7e⁃75)
                                                                                                0.4
                                                                                           0.4
                                                                                             0.39
                                                                                                  0.48
                                                                                                     0.54
                                                                                        0.38
                                                                                          0.095
                                                                                                0.22
                                                                                          0.091
                                                                                               0.048
                                                                                                  0.19
                                                                          MEgreen
                                                                                        0.077
                                                                                             0.21
                                                                                                    0.019
                                                                                        (0.1) (0.08)(7e⁃05) (0.4) (2e⁃04) (0.7)
                                                                                                             -0.5
                                                                   1.0                  0.21  0.28  0.45  0.32  0.46  0.37
                                                                            MEred      (5e⁃05)(6e⁃08)(6e⁃20)(2e⁃10)(9e⁃21)(2e⁃13)
                                                                   0.8
                                                                                        0.26  0.13  0.23  0.004  0.35  0.26
                                                                           MEgrey      (5e⁃07)(0.02)(1e⁃05) (0.5) (2e⁃12)(5e⁃07)  -1.0
                                                                   0.6
                                                                   0.4                CXCR5  IL21 CD44 FOXP3 COR5 CD69
                                                                   0.2
                                                                   0
                   A:韦恩图进行基因的筛选;B:软阈值功率的无标度拟合指数,WGCNA的软阈值功率基于无标度拟合指数R 确定;C:基于不同度量的差
                                                                                             2
                异表达基因聚类的树状图,图中的每个分支代表一个基因,下面的每个颜色代表一个共表达模块;D:基因共表达相似度矩阵绘制热图;E:模
                块间的相关性图;F:显示基因模块和免疫标记物之间相关性的热图。
                                                        图7 WGCNA分析
                                                     Figure 7 WGCNA analysis
               (图 8C)。由 Kaplan⁃Meier 分析显示出高风险组比                   越来越多的证据表明,SOX12 基因的突变、缺失或
                低风险组的总生存率较差(图8D)。tROC曲线分析                         过表达与多种类型恶性肿瘤的形成和发展密切相
                表明,风险预后模型具有显著的预后预测效果,其1                           关 [25-26] 。研究人员发现SOX12表达有助于维持HCC
                年、3 年和 5 年的 AUC 分别为 0.823、0.811 和 0.824           的肿瘤细胞特性        [27] ,并通过激活 HCC 中上皮⁃间质
               (图8E)。                                             转化过程而引起肿瘤的转移                [28] 。但 SOX12 作为
                2.5  高低表达和风险组之间不同的突变频率                            HCC中一个重要的生物标志物,其与HCC患者的生
                    利用TCGA数据确定SOX12基因表达和IRG的                      存预后关系尚不清楚。相比先前的研究,本文通过
                高低风险是否与基因的突变频率相关。结果显示,                            差异表达分析、ROC 曲线分析和生存分析,首次揭
                高 SOX12 表达组中 TP53 基因突变比例(40%)明显                   示了 SOX12 在 HCC 中的诊断和预后价值。与相邻
                高于低 SOX12 表达组(25%)(图 9A、B)。这一结果                   的非肿瘤组织相比,HCC组织中的SOX12表达显著
                和 IRG 高低风险组结果类似(图 9C、D)。上述数据                      上调,并且其高表达与患者的不良生存密切相关,
                表明高低 SOX12 表达和基因签名的高低风险分组                         可能成为影响HCC预后的关键标志物。
                影响基因突变的频率,说明SOX12可能是HCC的标                             通过 TCGA 数据库基因数据分析,与相邻的正
                志基因。                                              常组织相比,HCC 组织中 SOX12 的表达显著上调。
                                                                  根据 Kaplan⁃Meier 分析,高 SOX12 表达的 HCC 患者
                3  讨 论
                                                                  其总生存期较差(P=0.024)。由 tROC 可知,SOX12
                    转录因子 SOX 基因家族是一类新发现的编码                        的表达对患者的预后具有较强的预测能力,其1、3、
                转录因子的超基因家族,先前研究发现SOX12在胚                          5 年的 AUC 分别为 0.679、0.636 和 0.617。根据疾病
                                                          [24]
                胎发育和细胞特征维持中起着至关重要的作用 。                            分期和肿瘤分级情况显示,SOX12 的表达在不同分
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