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第41卷第8期 方 萌,池晴佳,赵 晗,等. SOX12与肝细胞癌患者不良预后和免疫浸润的相关性研究[J].
2021年8月 南京医科大学学报(自然科学版),2021,41(08):1141-1150,1165 ·1147 ·
A B C
TCGA IRG Scale independence Mean Connectivity Cluster Dendrogram
1.0
1.0
0.9
Scale Free Topology Model Fit.signed R 2 0.4 Mean Connectivity 200 Helght 0.6
18 419 1 333 460 0.8 150 0.8
0.7
0.6
100
0.5
Univariate Cox(P<0.05) 0.2 50 0.4
0.0 Module
0
colors
0 5 10152025 30 0 5 10152025 30
Soft Threshold(power) Soft Threshold(power)
D E F
Eigengene adjacency heatmap Module⁃trait relationships
0.13
-0.14
-0.12
-0.14
-0.042
-0.15
0.9 MEyellow (0.007)(0.004) (0.02) (0.01) (0.009) (0.4) 1.0
0.24
0.17
0.36
0.33
0.26
0.3
0.6 MEyellow MEblue (4e⁃07)(0.001)(2e⁃12)(5e⁃06)(7e⁃11)(6e⁃09) 0.5
MEblue MEturquolse MEbrown MEbrown (6e⁃14)(0.07)(5e⁃15)(1e⁃05)(1e⁃22)(6e⁃29) 0
0.78
0.89
0.55
0.83
0.3 MEgreen MEred MEturquolse (1e⁃29)(2e⁃15)(5e⁃41)(9e⁃16)(1e⁃124)(7e⁃75)
0.4
0.4
0.39
0.48
0.54
0.38
0.095
0.22
0.091
0.048
0.19
MEgreen
0.077
0.21
0.019
(0.1) (0.08)(7e⁃05) (0.4) (2e⁃04) (0.7)
-0.5
1.0 0.21 0.28 0.45 0.32 0.46 0.37
MEred (5e⁃05)(6e⁃08)(6e⁃20)(2e⁃10)(9e⁃21)(2e⁃13)
0.8
0.26 0.13 0.23 0.004 0.35 0.26
MEgrey (5e⁃07)(0.02)(1e⁃05) (0.5) (2e⁃12)(5e⁃07) -1.0
0.6
0.4 CXCR5 IL21 CD44 FOXP3 COR5 CD69
0.2
0
A:韦恩图进行基因的筛选;B:软阈值功率的无标度拟合指数,WGCNA的软阈值功率基于无标度拟合指数R 确定;C:基于不同度量的差
2
异表达基因聚类的树状图,图中的每个分支代表一个基因,下面的每个颜色代表一个共表达模块;D:基因共表达相似度矩阵绘制热图;E:模
块间的相关性图;F:显示基因模块和免疫标记物之间相关性的热图。
图7 WGCNA分析
Figure 7 WGCNA analysis
(图 8C)。由 Kaplan⁃Meier 分析显示出高风险组比 越来越多的证据表明,SOX12 基因的突变、缺失或
低风险组的总生存率较差(图8D)。tROC曲线分析 过表达与多种类型恶性肿瘤的形成和发展密切相
表明,风险预后模型具有显著的预后预测效果,其1 关 [25-26] 。研究人员发现SOX12表达有助于维持HCC
年、3 年和 5 年的 AUC 分别为 0.823、0.811 和 0.824 的肿瘤细胞特性 [27] ,并通过激活 HCC 中上皮⁃间质
(图8E)。 转化过程而引起肿瘤的转移 [28] 。但 SOX12 作为
2.5 高低表达和风险组之间不同的突变频率 HCC中一个重要的生物标志物,其与HCC患者的生
利用TCGA数据确定SOX12基因表达和IRG的 存预后关系尚不清楚。相比先前的研究,本文通过
高低风险是否与基因的突变频率相关。结果显示, 差异表达分析、ROC 曲线分析和生存分析,首次揭
高 SOX12 表达组中 TP53 基因突变比例(40%)明显 示了 SOX12 在 HCC 中的诊断和预后价值。与相邻
高于低 SOX12 表达组(25%)(图 9A、B)。这一结果 的非肿瘤组织相比,HCC组织中的SOX12表达显著
和 IRG 高低风险组结果类似(图 9C、D)。上述数据 上调,并且其高表达与患者的不良生存密切相关,
表明高低 SOX12 表达和基因签名的高低风险分组 可能成为影响HCC预后的关键标志物。
影响基因突变的频率,说明SOX12可能是HCC的标 通过 TCGA 数据库基因数据分析,与相邻的正
志基因。 常组织相比,HCC 组织中 SOX12 的表达显著上调。
根据 Kaplan⁃Meier 分析,高 SOX12 表达的 HCC 患者
3 讨 论
其总生存期较差(P=0.024)。由 tROC 可知,SOX12
转录因子 SOX 基因家族是一类新发现的编码 的表达对患者的预后具有较强的预测能力,其1、3、
转录因子的超基因家族,先前研究发现SOX12在胚 5 年的 AUC 分别为 0.679、0.636 和 0.617。根据疾病
[24]
胎发育和细胞特征维持中起着至关重要的作用 。 分期和肿瘤分级情况显示,SOX12 的表达在不同分