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第42卷第5期
               ·686 ·                            南 京    医 科 大 学 学         报                        2022年5月


              果进行过滤，该列表由 1 000 个正常样本的测序结                        研究中 MYB 断裂区域为外显子（exon）8/9/12/14，
              果汇总而成，最小平均测序深度为 700 x。举例来                         NFIB断裂区域为exon9/11。MYBL1基因是位于8号
              说，如果 1 个组织样本突变（突变丰度 2% reads 数 5                  染色体的MYB基因的一种，主要激活c⁃MYB转录因
              根）在内部随机测序错误数据库中的发生频率大于                            子，既往在乳腺ACC中研究发现MYBL1也可通过与
                                                                                             ［5］
              等于 20%，将被认为是 1 个随机错误被删除。拷贝                        其他基因融合出现MYBL1过表达 。
              数分析：通过对同批次上机对照样本进行主成分分                                 原发性肺MEC中检测到12例患者发生MAML2
              析，降低拷贝数结果的系统噪音，以同批次同 panel                        基因融合（50%），具体形式为 CRTC1⁃MAML2 融合
              对照样本为基线，分析组织样本的拷贝数变异，缺                            突变。MAML2基因重排最早见于涎腺黏液腺癌，常
              失的阈值为0.65，扩增的阈值为1.5。                              见11号染色体长臂和19号染色体短臂的基因转位t
                  RNA 生物信息学分析：测序下机数据为 bcl 格                     （11；19）（q21；p13） ，后在肺 MEC 中也发现了该基
                                                                                 ［6］
              式，使用bcf2fastq 软件将其转换为FASTQ 格式。通                   因重排。本研究还检测到 3 例 EWSR1（12.5%）和 1
              过 Trimmomatic 软件进行原始测序数据质控，去除                     例 ROS1（4.2%）融合患者，既往未在 MEC 中提及。
              低质量reads。融合变异分析：使用 Bowtie aligner 进               尤文肉瘤断裂点区域 1（Ewing sarcoma beakpoint re⁃
              行转录组和基因组比对，再使用 STAR（版本 2.5.2b）                    gion 1，EWSR1）因在尤文肉瘤中被发现而命名，位

              进一步分析未比对成功的 reads，最后采用 Fusion⁃                    于 22q12。ROS1 基因重排在本研究中融合形式为
              Catcher（version 0.99.4e）对上述参数进行融合变异               CD74：exon6~ROS1：exon33。

              分析。利用 DESeq2（version 1.16.1）和 edgeR（ver⁃               在肺 ACC 及 MEC 中分别检测到 2 例及 1 例
              sion 3.18.1）进行差异表达分析。差异表达分析中基                     EP300的错义突变。均检测到的突变基因还有AR⁃
              因的差异倍数（fold change）＞2，且P值＜0.05。对应                 ID1A，ACC 中 1 例患者检测到，MEC 中 3 例患者检
              的火山图和热图分析等均基于本地的R代码分析。                            测到。
                                                                     除 DNA 检测，研究进一步从 RNA 表达层面，通
              2  结 果
                                                                过对比肿瘤和癌旁样本分析了 ACC 和 MEC 的差异
                  研究共计纳入39例ACC及MEC患者，其中1例                       表达基因。使用 DESeq2 进行基因差异表达分析并
              患者因病理不清在后续基因检测过程中被剔除，38                           形成基因差异火山图（图1、2）。
              例患者中 ACC 患者 14 例，MEC 患者 24 例。DNA 层                     肺 ACC 差异表达结果显示表达上调的基因有
              面：对38例患者的肿瘤组织样本进行了416panel检                       GABRP、TFAP2C、COL17A1、SOX10、SERTAD4、
              测，DNA中位提取总量为1 645 ng（201~25 400 ng），              VTCN1、DSP、CRABP2、VTCN1、DSP、CRABP2、
              关键测序质控原始测序深度875x，去重后测序深度                          BCL11A、FAT2，表 达 下 调 的 基 因 有 SRGAP2B、
              531x，重复率 33.3%；RNA 层面：38 例患者中 1 例因                WFS1、RFTN1、LMOD1、SLC9A3R2、CAMK2N1、
              RNA提取量不足未纳入后续分析，37例患者的所有                          UNC138、ALDH381、KIAA1462、SLCO3A1。结合既
              肿瘤样本及15例患者的癌旁样本接受了RNAseq检                         往 ACC 的研究，SOX10 及 BCL11A 可能成为肺 ACC
              测，RNA 中位提取总量为 4 454 ng（276.1~27 064.0             的生物标志物。
              ng），关键测序质控原始中位 reads 数 34 Mb，高质量                       肺 MEC 差异表达结果显示表达上调的基因有
              reads（Q30）占比 94.4%，比对率 97.9%，DNA 中位污              TFAP2A、TRIM29、TNS4、EYA2、SERPINB5、FAM83F、
              染率为5%。                                            KRT6A、FAT2、PPAP2C、PITX1，表达下调的基因有
                  分别从DNA和RNA层面对ACC及MEC肿瘤组                       LIMCH1、EMP2、SPTBN1、HIGD1B、RAB11FIP1、
              织进行了突变层面和表达层面的分析，并综合了                             ACVRL1、SHROOM4、CAV1、PTPRB、LDB1。表达差
              DNA层面突变及RNA层面融合分析结果。                              别第一的转录因子活化蛋白2A（TFAP2A）表达上调
                  ACC中发现8例患者携带MYB融合突变（57.1%），                   时，通过 PDGFR、TGF⁃β和 VEGFR 等信号通路促进
              3例患者携带MYBL1融合突变（21.43%），融合伴侣                      肿瘤血管的生长、降低安罗替尼的抗血管活性，耐
                                                                             ［7］
              均为NFIB基因。人的MYB基因是定位于6q22⁃23的                      药发生率增加 。
              原癌基因，通过表达c⁃MYB转录因子促进MYB蛋白
                                                                3 讨 论
                                        ［3］
              合成来调节细胞的增殖与分化 ，既往研究发现MYB
                                                       ［4］
              变异除 6q22⁃23，还可发生于 6q24、12q 和 14q ，本                    肺涎腺肿瘤是肺部少见肿瘤，其中肺ACC主要
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