Page 28 - 南京医科大学学报自然科学版

第42卷第7期
·924 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2022年7月

10 018个。使用edgeR 软件对组间mRNA 的表达量
2 结 果
进行差异分析，发现在 NP 和 IP 中有差异表达的
2.1 lncRNA的组间差异 mRNA 50 个，其中 22 个上调，28 个下调。图 2 示差
在 NP、IP 中共鉴定出个 30 426 个 lncRNA 转录 异表达的mRNA的火山图和热图。表2列举了10个
本，其中已知的转录本 13 404（44%），新的转录本 高差异表达的mRNA。
943 个。使用 edgeR 软件对组间 lncRNA 的表达量 2.2.2 差异mRNA的GO/KEGG通路富集分析
进行差异分析，发现在 NP 和 IP 中有差异表达的 图3显示了差异mRNA 的KEGG 通路富集分析

lncRNA 1 007个，其中483个上调，524个下调。图1 和GO功能注释分析。KEGG信号通路富集分析中，
示差异表达 lncRNA 的火山图和热图。表 1 列举了 按基因数量从多到少排序，前 5 位分别是代谢通路
10个高差异表达的lncRNA。 （metabolic pathways）（4个基因）、PI3K⁃Akt信号通路
2.2 mRNA分析 （PI3K⁃Akt signaling pathway）（3 个基因）、内质网
2.2.1 mRNA的组间差异 中的蛋白质加工（protein processing in endoplasmic
在 NP、IP 中共鉴定出 66 652 个 mRNA 转录本， reticulum）（3 个基因）、集落黏附（focal adhesiom）
其中已知的转录本43 034个（64.57%），新的转录本 （3个基因）、AMPK信号通路（AMPK signaling pathway）

A B Group
2 NP
表达下调 1 IP
表达上调 0
表达无差异 -1
-2
30
25
20
-lgFDR 15

10

5
0
-4 -2 0 2 4
log2FC
NP1 NP2 NP3 IP1 IP2 IP3

A：差异表达lncRNA的火山图；B：差异表达lncRNA的热图，横坐标表示样本，纵坐标表示差异表达的lncRNA。
图1 正常孕鼠和IUGR孕鼠差异表达的lncRNA
Figure 1 Differentially expressed lncRNAs between normal pregnant and IUGR pregnant mice

表1 差异表达的lncRNA
Table1 Differentially expressed lncRNAs
编号 lncRNA名称 log2FC P值 上调或下调
ENSMUST00000238357 Rian⁃233 -1.106 < 0.001 上调
ENSMUST00000140173 Pax6⁃213 -2.070 0.001 上调
ENSMUST00000213451 Soga3⁃203 -3.629 0.003 上调
ENSMUST00000139673 Slc9a8⁃208 -6.781 < 0.001 上调
ENSMUST00000236107 FTX⁃207 -7.492 0.002 上调
ENSMUST00000132434 Rrbp1⁃203 -1.003 0.002 下调
ENSMUST00000160052 Gm10177⁃201 -1.009 < 0.001 下调
ENSMUST00000154896 Atp6v0a1⁃209 -1.011 < 0.001 下调
ENSMUST00000135424 Hnrnpdl⁃203 -1.013 < 0.001 下调
ENSMUST00000174287 Neat1⁃202 -1.025 < 0.001 下调