Page 32 - 南京医科大学学报自然科学版

第42卷第7期
·928 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2022年7月

关性分析或共表达分析方法来预测其靶 mRNA， 释分析中按基因数目排序，BP 中前 5 位是 cellular
lncRNA 在其转录或转录后水平对基因的表达进行 process（4 692 个 基 因）、single⁃organism process
调控。图 6A 列举了 3 个差异 lncRNA 与其靶 mRNA （4 239 个 基 因）、biological regulation（3 550 个 基
的 trans 作用，两者可以位于不同的染色体上，内源 因）、metabolic process（2 473 个基因）、response to
［8］
性竞争RNA（ceRNA）就属于此类 ，lncRNA Ppp1ca stimulus（2 138 个基因）；CC 中前 5 位分别是 cell
可以竞争性地结合miR⁃125b从而阻止其诱导的tau （4 487 个基因）、cell part（4 437 个基因）、organelle
［9］
磷酸化 。差异 lncRNA trans 作用的靶 mRNA 的 （3 100个基因）、membrane（3 071个基因）、细胞膜部
KEGG、GO富集分析如图6所示，KEGG 信号通路富 分（membrane part）（2 641 个基因）；MF 中前 5 位分
集分析中按基因数量排序，前 5 位分别是 metabolic 别是binding（5 144个基因）、catalytic activity（2 200个
pathways（675 个基因）、pathways in cancer（241 个基 基因）、分子传感器活性（molecular transducer activity）
因）、biosynthesis of secondary metabolites（183 个基 （578个基因）、transporter activity（543个基因）、信号

因）、MAPK signaling pathway（180个基因）、PI3K⁃Akt 转导活性（signal transducer activity）（540 个基因）
signaling pathway（179 个基因）（图 6B）。GO 功能注 （图6C）。

A B
lrf2 Hnrnpk Erich1 Top 10 of Pathway Enrichment
Metabolic pathways GeneNumber
200
Pathways in cancer
300
Biosynthesis of secondary metabolites
400
AC154652.2
MAPK signaling pathway 500
1010001N08Rik Ppp1ca
PI3K⁃Akt signaling pathway 600
Neuroactive ligand⁃receptor interaction PValue
0.8
HTLV⁃I infection
Fam219b Ras signaling pathway 0.6
0.4
Sowaha Cbfa2t2 Cytokine⁃cytokine receptor interaction
0.2
Rap1 signaling pathway
C 0.14 0.16 0.18
Level2 GO terms of trans RichFactor
5 145
4 116
Num of Genes 3 087
2 058
1 029
0 cell
cellular process biological regulation metabolic process cell part organelle membrane membrane part binding catalytic activity transporter activity
single⁃organism process
response to stimulus
signal transducer activity
molecular transducer activity

Biological Process Cellular Component Molecular Function

A：差异性lncRNA与其靶mRNA的trans作用，红色表示lncRNA，绿色表示mRNA；B：差异性lncRNA trans作用的靶mRNA的KEGG信号通
路富集分析图，图中横轴表示富集指数，纵轴表示通路名称，富集指数越大表示富集程度越高，点的大小表示富集在此通路中差异表达的基因
个数，点的颜色代表不同的P值；C：差异性lncRNA trans作用的靶mRNA的GO功能注释图，横轴表示GO富集条目，纵轴表示基因数目。
图6 差异性lncRNA与其靶mRNA的trans作用，差异性lncRNA trans作用的靶mRNA的KEGG和GO富集分析
Figure 6 The trans between differentially expressed lncRNA and its target mRNA，the KEGG and GO enrichment analysis
of differentially expressed lncRNA trans target mRNA

2.4 差异表达lncRNA FTX和Neat1的进一步分析 FTX 的表达量分别较未孕时下降（P < 0.001），而
选取在NP和IP中高差异表达且可能与孕期胰 Neat1 的 表 达 量 分 别 较 未 孕 时 升 高（P < 0.01，
岛发育、细胞增殖相关的lncRNA FTX 和Neat1进一 图 7）。FTX、Neat1在怀孕后的正常小鼠和IUGR 小
步分析，qRT⁃PCR 示正常小鼠、IUGR 小鼠怀孕后 鼠之间表达水平有显著差异（P < 0.05，图7）。