Page 30 - 南京医科大学学报自然科学版

第42卷第7期
·926 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2022年7月

（cellular component，CC）中 前 5 位 是 细 胞（cell） 报道。差异 lncRNA antisense 作用的靶 mRNA 的
（22 个基因）、细胞部分（cell part）（22个基因）、细胞 KEGG、GO富集分析如图4所示，KEGG 信号通路分
器（organelle）（21 个基因）、细胞器部分（organelle 析中按富集基因数量排序，前 5 位分别是 metabolic
part）（13 个基因）、细胞膜（membrane）（12 个基因）； pathways（511个基因）、癌症通路（pathway in cancer）
分子功能（molecular function，MF）中前 4 位是绑定 （204 个 基 因）、MAPK 信 号 通 路（MAPK signaling
（binding）（18 个基因）、催化活性（catalytic activity） pathway）（167 个基因）、次生代谢物的生物合成
（9 个基因）、转运活性（transporter activity）（4 个基 （biosynthesis of secondary metabolites）（158个基因）、
因）、化学排斥物活性（chemorepellent activity）（1 个 PI3K⁃Akt signaling pathway（157 个基因）（图 4B）。
基因）（图3B）。 GO 功能注释分析中按基因数目排序，BP 中前 5 位
2.3 lncRNA与mRNA的关联分析 是 cellular process（4 050 个基因）、single⁃organism
lncRNA 参与调控许多转录后进程。对 mRNA process（3 712个基因）、biological regulation（3 208个
的调控方式包括：反义（antisense）作用、顺式（cis）作 基因）、metabolic process（2 184 个基因）、response
用、反式（trans）作用。 to stimulus（1 904 个基因）；CC 中前 5 位分别是 cell
2.3.1 antisense作用 （4 249 个基因）、cell part（4 224 个基因）、organelle
antisense 作用指一部分反义 lncRNA 与正义的 （3 310 个基因）、membrane（2 520 个基因）、organelle
mRNA 结合而调控基因沉默、转录及 mRNA 的稳定 part（2 128 个基因）；MF 中前 5 位分别是 binding
性。图4A列举了3个差异lncRNA 与其靶mRNA的 （4 499 个基因）、catalytic activity（1 943 个基因）、
antisense 作用，antisense 作用具有高度的保守性和 transporter activity（460 个 基 因）、分 子 功 能 调 节
稳定性 ，其中lncRNA Ppp1ca被报道通过MAPK通 （molecular function regulator）（437 个基因）、核酸结
［6］
路参与肿瘤的发生 ，其与 Rad9A 的互作关系未被 合转录因子活性（nucleic acid binding transcription
［7］
研究，lncRNA 1010001N08Rik、AC154652.2 未曾有 factor activity）（377个基因）（图4C）。

A B
Top 10 of Pathway Enrichment
Metabolic pathways
GeneNumber
Slc37a1 1010001N08Rik Rad9a Pathways in cancer 200
Gata6 MAPK signaling pathway 300
400
Biosynthesis of secondary metabolites
500
PI3K⁃Akt signaling pathway
PValue
AC154652.2 Ras signaling pathway
Ppp1ca
Calcium signaling pathway 0.06
Proteoglycans in cancer 0.04
Level2 GO terms of antisense Transcriptional misregulation in cancers 0.02
C 4 500 Dopaminergic synapse 0.11 0.13 0.15 0.17
3 600
Num of Genes 2 700 RichFactor
1 800
900
0 cell
metabolic process
single⁃organism process
cellular process biological regulation response to stimulus cell part organelle membrane organelle part binding catalytic activity molecular function regulator
transporter activity
nucleic acid binding
transcription factor activity

Biological Process Cellular Component Molecular Function
A：差异lncRNA与其靶mRNA的 antisense作用，红色表示lncRNA，绿色表示mRNA；B：差异lncRNA antisense 作用的靶mRNA的KEGG信
号通路富集分析图，图中横轴表示富集指数，纵轴表示通路名称，富集指数越大表示富集程度越高，点的大小表示富集在此通路中差异表达的
基因个数，点的颜色代表不同的P值；C：差异lncRNA antisense作用的靶mRNA的 GO功能注释图，横轴表示GO富集条目，纵轴表示基因数目。
图4 差异lncRNA与其靶mRNA的antisense作用及靶mRNA的KEGG和GO富集分析
Figure 4 The antisense between differentially expressed lncRNA and its target mRNA，the KEGG and GO enrichment
analysis of the target mRNA