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第42卷第7期 王 莉，袁 逸，唐 艺，等. 宫内发育迟缓小鼠妊娠期胰岛lncRNA和mRNA的表达谱分析［J］.
2022年7月 南京医科大学学报（自然科学版），2022，42（7）：921-931 ·927 ·
2.3.2 cis作用 biosynthesis of secondary metabolites（254个基因）、胞
cis作用指同一染色体上lncRNA的功能与其邻 吞（endocytosis）（229 个基因）、PI3K⁃Akt signaling
近的蛋白编码基因相关，位于这些基因上游或下游 pathway（219 个基因）（图 5B）。GO 功能注释分析
10 kb的lncRNA可能在转录或转录后水平对基因的 中按基因数目排序，BP 中前 5 位是 cellular process
表达进行调控。图5A列举了3个差异lncRNA与其 （6 308 个基因）、single⁃organism process（5 438 个基
靶mRNA的cis作用。cis调控主要依赖顺式作用元 因）、biological regulation（4 618 个基因）、metabolic
件进行，顺式作用元件是指存在于基因旁侧序列中 process（3 780个基因）、response to stimulus（2 718个
能影响基因表达的序列，包括启动子、增强子、调 基因）；CC 中前 5 位分别是 cell（6 745 个基因）、cell
控序列和可诱导元件等，它们参与核内基因表达 part（6 430 个 基 因）、organelle（5 119 个 基 因）、
的调控，顺式作用元件通常转录为非编码 RNA，如 membrane（3 610 个基因）、organelle part（3 459 个基
lncRNA。图 5A 中 lncRNA Ppp1ca、1010001N08Rik、 因）；MF 中前 5 位分别是 binding（6 813 个基因）、
AC154652.2 通过 cis 分别和 Rad9A、Gata6、Slc37a1 catalytic activity（3 102 个基因）、molecular function
有互作关系，而图4A是通过antisense作用有互作关 regulator（601 个基因）、transporter activity（555 个基
系，这是因为 lncRNA 和 mRNA 链较长，antisense 作 因）、nucleic acid binding transcription factor activity
用的位置和区域与 cis 作用的位置区域有所不同。 （515个基因）（图5C）。
差异 lncRNA cis 作用的靶 mRNA 的 KEGG、GO 富 2.3.3 trans作用
集分析如图 5 所示，KEGG 信号通路富集分析中按 trans 作用指 lncRNA 的功能与编码基因的位置
照基因数量排序，前 5 位分别是 metabolic pathways 没有关系，而与其共表达的蛋白编码基因相关，可
（847 个基因）、pathways in cancer（284 个基因）、 以通过样本间 lncRNA 与蛋白编码基因的表达量相
A B
Tbc1d10c AC154652.2 Top 10 of Pathway Enrichment
Ppp1ca Slc37a1 Metabolic pathways GeneNumber
Rad9a Pathways in cancer 200
Biosynthesis of secondary metabolites 400
600
Endocytosis
800
PI3K⁃Akt signaling pathway
Gata6 PValue
MAPK signaling pathway
0.4
HTLV⁃I infection 0.3
Ras signaling pathway 0.2
Proteoglycans in cancer 0.1
1010001N08Rik Protein processing in endoplasmic reticulum
0.18 0.20 0.22 0.24
Level2 GO terms of cis
C 6 815 RichFactor
5 452
Num of Genes 4 089
2 726
1 363
0 cell
nucleic acid binding
single⁃organism process
cellular process biological regulation response to stimulus cell part organelle membrane organelle part binding catalytic activity transporter activity
metabolic process
molecular function regulator
transcription factor activity
Biological Process Cellular Component Molecular Function
A：差异性lncRNA与其靶mRNA的cis作用，红色表示lncRNA，绿色表示mRNA；B：差异性lncRNA cis 作用的靶mRNA的KEGG信号通路
富集分析图，图中横轴表示富集指数，纵轴表示通路名称，富集指数越大表示富集程度越高，点的大小表示富集在此通路中差异表达的基因个
数，点的颜色代表不同的P值；C ：差异性lncRNA cis作用的靶mRNA的GO功能注释图，横轴表示GO富集条目，纵轴表示基因数目。
图5 差异性lncRNA与其靶mRNA的cis作用，差异性lncRNA cis作用的靶mRNA的KEGG和GO富集分析
Figure 5 The cis between differentially expressed lncRNA and its target mRNA，the KEGG and GO enrichment analysis of
differentially expressed lncRNA cis target mRNA
