Page 48 - 南京医科大学学报自然科学版

第42卷第7期
·944 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2022年7月

比为 13.20%，无规卷曲占比为 59.28%；鼠 SALL1 COG5048这5种结构域（图3）。
蛋白的α螺旋占比为 22.98%，β转角占比为 3.85%， 2.2 CRISPR/Cas9敲除位点选择及打靶载体的构建
拓展链占比为 11.87%，无规卷曲占比为 61.30% 根据 NCBI 中所提供的猪 Sall1 基因序列，在
（图 1）。使用 PyMOL 软件进行 SALL1 蛋白三维结 其两端设计扩增 Sall1 基因的 PCR 引物（Sall1⁃F：
构分析发现：人与猪三级结构对比时均方根偏差 5′⁃AACCGCACCACTAAGAGCAAGGAT⁃3′；Sall1⁃R：
（root mean square deviation，RMSD）为 0.155，人与鼠 5′ ⁃ AAGGGTTGGCAGATGTTCGTAAAG ⁃ 3′），以 猪
三级结构对比时 RMSD 值为 12.827（图 2）。使用 PFF 基因组为模板，进行 PCR 扩增，将其产物经琼
CD⁃search 进行结构域对比发现：人、猪 SALL1 蛋白 脂糖凝胶电泳后得到 Sall1 基因的单一明亮电泳条
都具有SUF4⁃like、SUF4⁃like super family、zf⁃H2C2⁃2、 带（图 4），同时将其 PCR 扩增产物送至生物公司测
zf⁃C2H2 4种结构域，而鼠SALL1蛋白具有SUF4⁃like、 序，比对测序结果证明其序列与 NCBI 中提供的序
SUF4 ⁃ like super family、zf ⁃ H2C2 ⁃ 2、zf ⁃ C2H2、 列一致。

0 200 400 600 800 1 000
α⁃螺旋 23.79%
β⁃转角 4.53%
人
拓展链 13.44%
无规卷曲 58.23%

0 200 400 600 800 1 000
α⁃螺旋 23.23%
β⁃转角 4.30%
猪
拓展链 13.20%
无规卷曲 59.28%

0 200 400 600 800 1 000
α⁃螺旋 22.98%
β⁃转角 3.85%
小鼠
拓展链 11.87%
无规卷曲 61.30%

图1 人、猪、鼠SALL1蛋白的二级结构构成
Figure 1 Secondary structural composition of human，pig and mouse SALL1 protein

A B
RMSD：0.155 RMSD：12.827

人/猪 人/鼠
A：人与猪SALL1蛋白三级结构比较；B：人与鼠SALL1蛋白三级结构比较（绿色为人SALL1蛋白三维建模图，红色为猪SALL1蛋白三维建
模图，黄色为小鼠SALL1蛋白三维建模图）。
图2 人与猪、人与鼠SALL1蛋白三级结构比较
Figure 2 Tertiary structure prediction of human/pig and human/mouse SALL1 protein