Page 38 - 南京医科大学学报自然科学版
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第43卷第5期
·620 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2023年5月
A B
hsa_circ_0001479 18 s rRNA
2 000 bp
1 000 bp
750 bp
500 bp
151 bp 250 bp
71 bp 100 bp
hsa_circ_0001479
18 s rRNA
C
测序结果:
反向互补序列:
5′⁃ATCTTCGAAAACATACA︳GA︳GCAGCCCGACGGCCATGGAGGCTGAAGAGACGATGGAATGCCTTCAGGAGTT⁃3′
成环点
A:荧光定量PCR熔解曲线;B:荧光定量PCR产物琼脂糖凝胶电泳图;C:hsa_circ_0001479 PCR产物测序图,测序结果的反向互补序列与
Circbase数据库提供的hsa_circ_0001479分子序列一致。
图1 RT⁃qPCR检测hsa_circ_0001479和18 s rRNA的正确度评价
Figure 1 Accuracy evaluation for detection of hsa_circ_0001479 and 18 s rRNA via RT⁃qPCR
40 30
Y=-2.831X+23.65 Y=-2.918X+6.958
2
2
35 r =0.999 4 r =0.999 2
20
CT值 30 CT值
10
25
20 0
-5 -4 -3 -2 -1 0 -8 -6 -4 -2 0
稀释系数(log) 稀释系数(log)
图2 RT⁃qPCR检测hsa_circ_0001479(A)和18 s rRNA(B)的线性范围评价
Figure 2 Linear range evaluation for detection of hsa_circ_0001479(A)and 18 s rRNA(B)via RT⁃qPCR
A B C
4 11 1.5 Rnase R-
ZNF131 Rnase R+ P<0.001
MRE(microRNA 相对表达量 1.0
response elemeot) 4 11
RBP(RNA binding Spliced site 0.5
pcotein)
ORF(open rending
frenc)
0
hsa_circ_0001479 ZNF131
D
cDNA gDNA cDNA gDNA Rnase R- Rnase R+
250 bp 250 bp
100 bp 100 bp
:Divergent primer :Convergent primer
hsa_circ_0001479 ZFN131
A:CSCD 数据库下载的 hsa_circ_0001479 结构图;B:hsa_circ_0001479 环化位点及其所对应的测序结果;C:Rnase R 实验验证 hsa_circ_
0001479稳定性;D:琼脂糖凝胶电泳显示hsa_circ_0001479仅可在cDNA中被扩增。
图3 Hsa_circ_0001479的成环性和稳定性验证
Figure 3 Ring structure and stability of hsa_circ_0001479