Page 77 - 南京医科大学学报自然科学版
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第43卷第7期 时 坚,刘雪昂,朱 岩,等. m1A相关基因构建的胰腺癌预后模型的综合分析[J].
2023年7月 南京医科大学学报(自然科学版),2023,43(07):954-965 ·963 ·
A B C D
低风险组(n=30)
+ 低风险组(n=32) 高风险组(n=30) C7orf50 CRLS1
1.00 1.0 1.0 低表达组(n=44) 1.0 低表达组(n=68)
+ 高风险组(n=33)
高表达组(n=133) 高表达组(n=109)
0.8 0.8 0.8
0.75 +
+ 0.6 0.6 0.6
生存率 0.50 ++ ++ + ++ 生存率 0.4 生存率 0.4 生存率 0.4
0.25 ++ + 0.2 0.2 0.2
+ ++ + HR=12.92(5.01~33.29) HR=0.46(0.30~0.70) HR=1.95(1.20~3.18)
P=0.020
0 0 P < 0.001 0 P < 0.001 0 P=0.007
0 1 2 0 250 500 750 1 000 0 25 50 75 0 25 50 75
生存时间(年) 生存时间(d) 生存时间(月) 生存时间(月)
E F G
P < 0.001 20 P < 0.001 ( TPM+1 ) 8 7 P < 0.05 P < 0.05 存活组(n=16)
死亡组(n=44)
20
CRLS1相对表达量 ( vs.GAPDH) 10 相对表达量 ( vs.GAPDH) 10 基因表达量log2 6 5 4
0 C7orf50 0 3
癌组织 癌旁组织 癌组织 癌旁组织 CRLS1 C70rf50
A:利用GSE62452数据集验证PC⁃m1AScore的效能;B:利用本中心数据集验证PC⁃m1AScore的效能;C:利用TCGA数据集验证C7orf50预
测胰腺癌预后的效能;D:利用TCGA数据集验证CRLS1预测胰腺癌预后的效能;E、F:CRLS1和C7orf50在本中心60例患者癌组织与癌旁组织
的表达差异情况;G:CRLS1与C7orf50在本中心患者以是否存活状态为分组下的差异表达情况。
图6 使用GEO和本中心的数据集验证PC⁃m1AScore预后模型的效能
Figure 6 The efficacy of the PC⁃m1AScore prognostic model was validated using GEO and our data set
疾病的发生。KEGG通路富集提示m1A相关基因主 能。值得注意的是,本研究证明了 PC⁃m1AScore 与
要富集在错配修复通路,是维持基因组稳定和避免 TMB 联合分析具有比两者单独分析更强的区分胰
突变的重要组成部分。 腺癌预后的效能。
考虑到如果将 71 个基因的表达量都纳入风险 此外,本研究在用 PC⁃m1AScore 进行生物信息
预测模型,基因数量过大会限制临床转化应用,本 学层面的免疫相关分析时发现:中性粒细胞和CD4 +
研究尝试对基因集进行降维:通过对 71 个 m1A 相 记忆静息T细胞浸润在PC⁃m1AScore高风险组患者
关基因在胰腺癌与正常胰腺组织中的表达分析, 胰腺癌组织中的比例更高,而滤泡辅助 T 细胞与活
筛选出显著上调与下调的基因各 7 个,本研究结果 化的NK细胞浸润在低风险组患者胰腺癌组织中的
也显示所筛选的14个基因彼此间相关性极高,提示 比例更高。第一,众所周知,中性粒细胞的主要效
14 个基因很可能彼此协同配合发挥功能。在此基 应机制是构成抵御外来入侵者的第一道防线:吞噬
础上,通过单因素、LASSO、多因素Cox回归分析,找 作用、脱粒和中性粒细胞胞外陷阱形成。值得注意
到了 2 个 m1A 相关基因(CRLS1 与 C7orf50)有独立 的是,最新的文献综述表明,中性粒细胞被募集到
预测胰腺癌预后的能力,并用两个基因的表达水平 肿瘤微环境中并发挥炎症和肿瘤促进作用 [13-15] 。作
与其权重的乘积后求和建模,构建了新的胰腺癌预 为肿瘤微环境的重要组成部分,中性粒细胞在胰腺
后风险模型,命名为 PC⁃m1AScore。PCA 主成分分 癌中发挥着多种作用,如促进血管生成、恶性进展、
析显示,该风险模型可以精准区分患者人群为高、 转移和免疫抑制。据此,结合本研究的结果,我们
低风险两个亚群,明显优于全面审视所有71个m1A 推测胰腺癌细胞招募更多的中性粒细胞,可能是
相关基因。本研究通过包括log⁃rank检验、Cox回归 PC⁃m1AScore 高风险组患者预后更差的原因之一。
分析、ROC曲线、AUC面积、列线图等在内的多种统 第二,本研究通过关键词 CD4 记忆静息 T 细胞
+
计方法,使用TCGA、GTEx、GEO、本中心多种来源的 (CD4 memory resting T cells)检索文献,迄今,国内
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胰腺癌病例的基因表达数据和对应的临床数据,系 外未见 CD4 记忆静息 T 细胞在胰腺癌中的功能研
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统证明了 PC⁃m1AScore 模型预测胰腺癌预后的效 究报道,其在肿瘤中的研究报道也很少,主要集中