Page 77 - 南京医科大学学报自然科学版
P. 77

第43卷第7期             时  坚,刘雪昂,朱      岩,等. m1A相关基因构建的胰腺癌预后模型的综合分析[J].
                  2023年7月                     南京医科大学学报(自然科学版),2023,43(07):954-965                       ·963 ·


                A                         B                     C                       D
                                                    低风险组(n=30)
                            + 低风险组(n=32)            高风险组(n=30)              C7orf50                 CRLS1
                  1.00                      1.0                   1.0        低表达组(n=44)    1.0      低表达组(n=68)
                            +  高风险组(n=33)
                                                                             高表达组(n=133)            高表达组(n=109)
                                            0.8                   0.8                      0.8
                  0.75  +
                        +                   0.6                   0.6                      0.6
                 生存率  0.50  ++  ++  +  ++  生存率  0.4              生存率  0.4                 生存率  0.4
                  0.25     ++   +           0.2                   0.2                      0.2
                             +        ++ +     HR=12.92(5.01~33.29)  HR=0.46(0.30~0.70)      HR=1.95(1.20~3.18)
                      P=0.020
                    0                        0  P < 0.001          0  P < 0.001             0  P=0.007
                      0      1       2         0  250 500 750 1 000  0    25   50  75         0   25   50   75
                          生存时间(年)                 生存时间(d)                生存时间(月)                  生存时间(月)
                E                           F                            G
                              P < 0.001         20         P < 0.001      ( TPM+1 ) 8 7  P < 0.05  P < 0.05  存活组(n=16)
                                                                                                       死亡组(n=44)
                    20
                 CRLS1相对表达量  ( vs.GAPDH)  10  相对表达量  ( vs.GAPDH)  10      基因表达量log2 6 5 4






                     0                       C7orf50  0                    3
                          癌组织       癌旁组织              癌组织      癌旁组织               CRLS1        C70rf50

                   A:利用GSE62452数据集验证PC⁃m1AScore的效能;B:利用本中心数据集验证PC⁃m1AScore的效能;C:利用TCGA数据集验证C7orf50预
                测胰腺癌预后的效能;D:利用TCGA数据集验证CRLS1预测胰腺癌预后的效能;E、F:CRLS1和C7orf50在本中心60例患者癌组织与癌旁组织
                的表达差异情况;G:CRLS1与C7orf50在本中心患者以是否存活状态为分组下的差异表达情况。
                                     图6 使用GEO和本中心的数据集验证PC⁃m1AScore预后模型的效能
                        Figure 6 The efficacy of the PC⁃m1AScore prognostic model was validated using GEO and our data set

                疾病的发生。KEGG通路富集提示m1A相关基因主                          能。值得注意的是,本研究证明了 PC⁃m1AScore 与
                要富集在错配修复通路,是维持基因组稳定和避免                            TMB 联合分析具有比两者单独分析更强的区分胰
                突变的重要组成部分。                                        腺癌预后的效能。
                    考虑到如果将 71 个基因的表达量都纳入风险                            此外,本研究在用 PC⁃m1AScore 进行生物信息
                预测模型,基因数量过大会限制临床转化应用,本                            学层面的免疫相关分析时发现:中性粒细胞和CD4                       +
                研究尝试对基因集进行降维:通过对 71 个 m1A 相                       记忆静息T细胞浸润在PC⁃m1AScore高风险组患者
                关基因在胰腺癌与正常胰腺组织中的表达分析,                             胰腺癌组织中的比例更高,而滤泡辅助 T 细胞与活
                筛选出显著上调与下调的基因各 7 个,本研究结果                          化的NK细胞浸润在低风险组患者胰腺癌组织中的
                也显示所筛选的14个基因彼此间相关性极高,提示                           比例更高。第一,众所周知,中性粒细胞的主要效
                14 个基因很可能彼此协同配合发挥功能。在此基                           应机制是构成抵御外来入侵者的第一道防线:吞噬
                础上,通过单因素、LASSO、多因素Cox回归分析,找                       作用、脱粒和中性粒细胞胞外陷阱形成。值得注意
                到了 2 个 m1A 相关基因(CRLS1 与 C7orf50)有独立               的是,最新的文献综述表明,中性粒细胞被募集到
                预测胰腺癌预后的能力,并用两个基因的表达水平                            肿瘤微环境中并发挥炎症和肿瘤促进作用                    [13-15] 。作
                与其权重的乘积后求和建模,构建了新的胰腺癌预                            为肿瘤微环境的重要组成部分,中性粒细胞在胰腺
                后风险模型,命名为 PC⁃m1AScore。PCA 主成分分                    癌中发挥着多种作用,如促进血管生成、恶性进展、
                析显示,该风险模型可以精准区分患者人群为高、                            转移和免疫抑制。据此,结合本研究的结果,我们

                低风险两个亚群,明显优于全面审视所有71个m1A                          推测胰腺癌细胞招募更多的中性粒细胞,可能是
                相关基因。本研究通过包括log⁃rank检验、Cox回归                      PC⁃m1AScore 高风险组患者预后更差的原因之一。
                分析、ROC曲线、AUC面积、列线图等在内的多种统                         第二,本研究通过关键词 CD4 记忆静息 T 细胞
                                                                                               +
                计方法,使用TCGA、GTEx、GEO、本中心多种来源的                     (CD4 memory resting T cells)检索文献,迄今,国内
                                                                       +
                胰腺癌病例的基因表达数据和对应的临床数据,系                            外未见 CD4 记忆静息 T 细胞在胰腺癌中的功能研
                                                                             +
                统证明了 PC⁃m1AScore 模型预测胰腺癌预后的效                      究报道,其在肿瘤中的研究报道也很少,主要集中
   72   73   74   75   76   77   78   79   80   81   82