Page 37 - 南京医科大学学报自然科学版

第42卷第12期 南京医科大学学报（自然科学版）
2022年12月 Journal of Nanjing Medical University（Natural Sciences） ·1673 ·

·肿瘤专题研究·

基于生物信息学方法分析影响胆管癌发生发展的差异基因

王玉明，邵 可，刘一纬，吴晓峰 *
南京医科大学第一附属医院肝胆中心，江苏 南京 210029

［摘 要］ 目的：通过生物信息学的方法挖掘基因综合表达数据库（GEO）中影响胆管癌（cholangiocarcinoma，CCA）发生发展
的核心基因，并分析其生物学功能，为CCA的诊断、治疗和评估预后提供理论依据。方法：分析来自GEO数据库中的3个微阵
列数据集（GSE32879、GSE45001和GSE76297）。使用GEO2R进行在线差异基因的分析，DAVID进行差异基因的GO 和KEGG
通路分析。使用STRING 和Cytoscape 进行蛋白互作网络分析（PPI）和枢纽基因（HUB）的筛选。结果：共筛选出151个上调基
因，通过PPI筛选出连接度最高的10个基因，分析发现APOA1、AGXT、F13B、FETUB、FERPINC1、SLC2A2这些枢纽基因过度表
达与胆管癌的不良预后相关。结论：通过生物信息学探索的枢纽基因可能在胆管癌的发生发展中起着重要作用，并为进一步
研究胆管癌的分子机制提供了一定的理论依据。
［关键词］ 胆管癌；生物信息学；GEO数据库；枢纽基因；预后
［中图分类号］ R735.8 ［文献标志码］ A ［文章编号］ 1007⁃4368（2022）12⁃1673⁃08
doi：10.7655/NYDXBNS20221205

Analysis of key genes in cholangiocarcinoma based on GEO database and bioinformatics
methods

WANG Yuming，SHAO Ke，LIU Yiwei，WU Xiaofeng *
Hepatobiliary Center，the First Affiliated Hospital of Nanjing Medical University，Nanjing 210029，China

［Abstract］ Objective：The study was to excavated the core genes in the GEO database that affect the development of
cholangiocarcinoma（CCA）by bioinformatics，and to analyze the biological function to provide theoretical basis for the diagnosis，
treatment and prognosis evaluation of CCA. Methods：We analyzed three microarray datasets（GSE32879，GSE45001 and GSE76297）
from the Gene Expression Omnibus（GEO）. Uning GEO2R for online differential gene analysis，DAVID for differential gene pathway
analysis from GO and KEGG，STRING and Cytoscape for Protein⁃Protein interaction network（PPI）analysis and screening of hub gene.
Results：A total of 151 up⁃regulated genes were screened，and the top 10 most connected genes were selected through PPI analysis，
which revealed that APOA1，AGXT，F13B，FETUB，FERPINC1，SLC2A2 were overexpressed and correlated with poor prognosis in
cholangiocarcinoma. Conclusion：The hub genes explored by bioinformatics may play an important role in the occurrence and
development of cholangiocarcinoma and provide a certain theoretical basis for further research on the molecular mechanisms of
cholangiocarcinoma.
［Key words］ cholangiocarcinoma；bioinformation；gene expression omnibus；hub gene；prognosis
［J Nanjing Med Univ，2022，42（12）：1673⁃1680］

胆管癌（cholangiocarcinoma，CCA）起源于肝内 多数 CCA 中，pCCA 占 60%~70%，dCCA 占 20%~
或肝外胆管上皮细胞，根据解剖位置分为肝内胆管 30%，iCCA 占 5%~10%。CCA 是第二常见的肝胆恶
癌（intrahepatic cholangiocarcinoma，iCCA）、肝门部 性肿瘤，占所有肝胆恶性肿瘤的 1%~15% 。尽管
［3］
胆管癌（perihilar cholangiocarcinoma，pCCA）和远端 CCA的平均发病率较低，但CCA的早期诊断和治疗
胆管癌（distal cholangiocarcinoma，dCCA） 。在大 难度较大，患者整体预后较差 。最近，iCCA 已成
［4］
［1-2］
［5］
［基金项目］ 国家自然科学基金（81472306） 为原发性肝肿瘤相关死亡的主要原因 。目前全身
∗ 药物治疗仅限于晚期或转移性CCA 患者，而手术治
通信作者（Corresponding author），E⁃mail：wuxf@njmu.edu.cn