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第44卷第12期 曹 靖，肖志寒，王子辰，等. 超保守癌/睾丸⁃LINC01424表达影响食管鳞癌的进展［J］.
2024年12月 南京医科大学学报（自然科学版），2024，44（12）：1638-1648 ·1639 ·

随着全球老龄化和人口增长，以及吸烟、饮酒等 瘤的易感性及进展预后相关。本研究系统鉴定了
相关风险因素的流行，食管癌的发病率及病死率日 ESCC相关的超保守CT⁃lncRNA，揭示LINC01424在
益上升 ［1-2］ ，已成为全球第9位最常见的癌症，第6位 ESCC 进展中的作用，为研究ESCC 进展机制提供新
最常见的癌症死亡原因，每年有超过50万人因其死 思路，同时为ESCC诊疗提供新的潜在干预靶点。
［3］
亡 。食管癌主要分为两种组织学亚型：食管鳞状
1 资料和方法
细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma，ESCC）
［4］
和食管腺癌（esophageal adenocarcinoma，EAC） 。 1.1 资料
ESCC 可在食管的整个解剖区域发生，而 EAC 常发 超保守 CT 基因的筛选所用样本数据均来源于
生于食管远端 。由于 ESCC 早期通常没有明显的 GTEx（Genotype ⁃ Tissue Expression）和 TCGA（The
［5］
临床症状，病情隐匿，患者在出现进行性加重的吞 Cancer Genome Atlas）数据库。118 例 ESCC 样本均
咽困难而就诊时，多数已进入中晚期，疾病治疗难 为 2002 年 1 月—2003 年 12 月在南京医科大学第一
［6］
度显著增加 。目前针对 ESCC 的主要治疗方案是 附属医院接受治疗的患者。所有患者临床情况已
标准的术前新辅助化疗、根治性肿瘤切除手术和术 根据美国癌症分期联合委员会手册（第8版）重新进
后辅助化疗，由于患者就诊时分期偏晚，治疗后复 行分析。所有患者均患有原发性 ESCC（T1b~T4，
发和转移的风险仍然较高，预后并不理想，5年生存 N1~N3，M0），并且在手术前均未接受化疗或放射
［7-9］
率不到30% 。近年来，分子靶向治疗和免疫治疗 治疗。组织样本经过病理学诊断，将样品在液氮中
也被尝试应用于 ESCC 的辅助治疗，但其疗效仍难 快速冷冻并储存在-80 ℃冰箱中直至使用。ESCC
以使人满意。临床研究显示，分子靶向疗法联合同 患者术后通过门诊、电话等方式随访5年，第1年每
步化疗辅助治疗局部晚期 ESCC 的 3 年生存率仅为 3 个月随访1次，后4年每6个月随访1次，患者均从
［10］
33.5% ，而程序性死亡因子配体 1（programmed 手术日期随访至死亡或最后一次随访日期，总生存
cell death ligand 1，PD⁃L1）单抗辅助治疗局部晚期 期（overall survival，OS）定义为首次手术至死亡或最
ESCC的中位无进展生存期也仅为3.2个月 。 后一次随访的时间。随访内容包括患者生存、病死、
［11］
癌/睾丸（cancer/testis，CT）基因是一类独特的肿 复发及转移情况。本研究经南京医科大学第一附
瘤特异性基因，其特征是在正常组织中不表达或低 属医院医学伦理委员会批准（编号：2022⁃SR⁃055）。
表达，而在肿瘤组织中高表达，使其成为肿瘤免疫 1.2 方法
治疗的理想靶点 ［12］ 。研究证实，CT基因参与肿瘤的 1.2.1 ESCC特异性超保守CT⁃lncRNA的筛选
增殖、凋亡等过程，并影响侵袭、转移和预后，是肿 在既往研究 ［20］ 的基础上系统筛选睾丸优势表
瘤重要的驱动基因 ［13］ 。近年来，长链非编码 RNA 达的lncRNA，随后基于UCSC网站公布的32个物种
（long non⁃coding RNA，lncRNA）受到广大科研工作 间phastCons评分以及phyloP评分，评价睾丸优势表
者的关注，研究表明，lncRNA 作为一类长度>200 nt 达 lncRNA 的保守性。在 phyloP>0 且 phastCons>0.3
的非编码RNA，可通过转录沉默、转录激活、染色体 的标准下，筛选出超保守睾丸优势表达 lncRNA；进
修饰、核内运输等多种途径参与恶性肿瘤的进程 。 一步基于 Xena 数据库标准化处理的 TCGA 及 GTEx
［14］
研究表明，与编码基因相比，lncRNA 基因保守性普 表达数据，分析lncRNA 在ESCC 组织及正常食管黏
遍较差，而高度保守的 lncRNA 往往具有组织特异 膜中的差异表达情况，最终鉴定出 ESCC 相关超保
性，并且在肿瘤发生发展过程中起关键的调节作 守CT⁃lncRNA。
用 ［15-19］ 。因此，筛选高度保守的 CT⁃lncRNA 进行研 1.2.2 细胞实验
究可能更具功能学价值。 KYSE30、KYSE70、KYSE150、KYSE180、KYSE⁃
本研究系统筛选出了 19 个 ESCC 相关的超保 410、ECA109、TE⁃1和TE⁃10均为人源ESCC细胞系。
守 CT⁃lncRNA，生存分析结果显示，LINC01424 与 HEEC为正常食管黏膜上皮细胞。所有细胞系在添
ESCC 的预后显著相关。加州大学圣克鲁兹分校 加 10%胎牛血清（Gibco BRL 公司，美国）的 DMEM
（University of California Santa Cruz，UCSC）Xena 数据 或 RPMI⁃1640 中培养，并加入 1%的抗生素/抗真菌
库显示，LINC01424 位于染色体 21q22 区域，该区域 溶液，细胞均在37 ℃、5% CO2的培养箱中培养。
是肿瘤研究的热点区域，该区域内基因遗传变异、 1.2.2.1 核质分离
拷贝数变异等改变与包括ESCC在内的多种恶性肿 细胞核质分离操作步骤参考试剂盒（货号：