Page 75 - 南京医科大学自然版

第45卷第4期 陈 讯，陈雯昕，张 文，等. 基于焦亡相关基因构建多囊卵巢综合征诊断模型［J］.
2025年4月 南京医科大学学报（自然科学版），2025，45（4）：509-522 ·511 ·

1.2.3 列线图的建立 1.2.5 免疫细胞相关表达分析
使用 R 包“rms”（version 6.3.0）构建列线图模 为检测不同组中免疫细胞的表达水平，使用专门
型。对模型中的每个预测因子赋予相应评分，将所 用于肿瘤免疫浸润分析的 CIBERSORT 软件包。采
有预测因子的评分相加，确定“总分”。采用校准曲 用箱形图显示不同组间免疫细胞群的变化。
线评价列线图的准确性和可靠性。通过决策曲线 1.2.6 临床试验验证
分析（decision curve analysis，DCA）评估列线图在临 通过收集 PCOS 患者组和正常对照组血浆（各
床决策中的潜在益处。此外利用临床影响曲线来衡 10 例），使用 Steadypure 血液血清血浆 Small RNA 提
量使用列线图做出决策的合理性和优势。 取试剂盒，提取血浆中总 RNA，将得到的总 RNA 通
1.2.4 一致性聚类分析 过逆转录反应并进行实时定量聚合酶链反应（real⁃
利用差异 PRG 的表达水平将样本分为不同的 time quantitative polymerase chain reaction，RT⁃qPCR）
亚型。使用 R 软件包“Consensus Cluster Plus”对实 测定特征基因的表达量。反应引物序列见表1。本
验组样本进行一致性聚类分析。通过评估K值的累 研究获得南京医科大学附属逸夫医院伦理委员会
积分布函数，确定合适的聚类 K 值，确保聚类分析 批准（伦理审查编号为 2024⁃SR⁃04），参与者均签署
结果最可靠。对分类组进行免疫细胞浸润分析。 知情同意书。
利用 GSVA评估不同代谢通路在未分类样本中的富 1.3 统计学方法
集情况，该分析用“GSEABase”和“GSVA”两个数据 所有统计分析均采用R软件v4.1.2和GraphPad
［16］
包构建函数和设置参数 。 Prism10 软件。使用 Wilcoxon 检验比较两组之间差
表1 引物序列
Table 1 Primer sequences
Gene Sequence（5′→3′）
β⁃actin（mouse） Forward：GGAAATCGTGCGACATTAAAG
Reverse：CGGCAGTGGCCATCTCTT
Homo⁃AIM2 Forward：TGGCAAAACGTCTTCAGGAGG
Reverse：AGCTTGACTTAGTGGCTTTGG
Homo⁃CHMP4B Forward：TGCAGAGGAGATTTCAACAGC
Reverse：TGTTTCGGGTCCACTGATTTC
Homo⁃NLRC4 Forward：TGCATCATTGAAGGGGAATCTG
Reverse：GATTGTGCCAGGTATATCCAGG
Homo⁃NLRP2 Forward：ACGGTGGTGCTGTATGGTC
Reverse：TCCTCTGCCCAGTCTAGCATT
Homo⁃PYCARD Forward：TGGATGCTCTGTACGGGAAG
Reverse：CCAGGCTGGTGTGAAACTGAA

异。P < 0.05为差异有统计学意义。 丰富（图 1B）。PPI 分析显示 44个焦亡基因存在相
互作用，Cytoscape分析显示8个核心基因：染色质修
2 结 果
饰 蛋 白（chromatin modifying protein，CHMP）2A、
2.1 在PCOS中细胞PRG的特征 CHMP2B、CHMP3、CHMP4A、CHMP4B、CHMP4C、
利用 GeneCard 网站收集 PRG 数据集。通过基 CHMP6 和 CHMP7（图 1C）。小提琴图显示 PCOS 患
因本体（gene ontology，GO）和系统分析基因功能、基 者组与对照组差异的 PRG，结果显示含 CARD 结构

因组信息数据库（Kyoto encyclopedia of genes and ge⁃ 域 的 凋 亡 相 关 斑 点 样 蛋 白（apoptosis associated
nomes，KEGG）富集分析探讨细胞PRG在PCOS中的 speck like protein containing a CARD，又称 PYD and
潜在作用 ［17］ 。GO 富集分析显示，PRG 在细胞焦亡、 CARD domain containing，PYCARD）、黑素瘤缺乏因
核膜重组、巨自噬相关生物学过程中富集（图 1A）。 子 2（absent in melanoma 2，AIM2）和核苷酸结合寡
在KEGG富集分析中，焦亡基因在细胞质DNA传感 聚化结构域蛋白 2（nucleotide⁃binding oligomeriza⁃
通路、NOD样受体信号通路和p53 信号通路中尤为 tion domain⁃containing protein 2，NOD2）在PCOS患者