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第41卷第2期 龚俊杰,刘秀秀,王 平,等. 代谢组学在胶质母细胞瘤相关研究中的应用[J].
2021年2月 南京医科大学学报(自然科学版),2021,41(02):296-305 ·297 ·
血管内皮细胞的功能异常会损害海马神经元的结 展出磁共振波谱成像(magnetic resonance spectro⁃
构导致动物认知功能障碍,星形胶质细胞的功能异 scopic imaging,MRSI)技术,该技术在代谢组学相关
常会加剧神经元的异常放电诱导癫痫发生等,据此 研究中被广泛应用,尤适合在体研究脑部疾病(如
我们有理由相信维持神经胶质细胞的稳态对于神 脑部肿瘤、阿尔茨海默症等)的代谢规律 [10-11] 。高分
经血管单元的结构和功能同样具有重要意义 [4-5] 。 辨魔角旋转核磁共振波谱(high resolution magic an⁃
换而言之,神经胶质细胞的异常增殖形成的神经胶 gle rotation⁃NMR,HRMAS⁃NMR)是 NMR 在代谢组
质瘤将严重影响脑功能甚至威胁人类的生命。基 学领域广泛应用的代表性技术,已成为一种以非破
于以上两点,本文重点探讨代谢组学在治疗较为困 坏方式直接分析生物样本的重要手段,尤适合分析
难且预后较差的胶质母细胞瘤中的应用。 半固体状的生物组织样本(如组织、细胞等),可以
有效避免分子运动受限以及磁化率不均匀引起的
1 代谢组学概述
谱线增宽,提高代谢物检测分辨率 [12] 。
代谢组学(metabonomics)的概念最早在1999年 质谱主要提供代谢物相对分子质量等信息,具
被提出,它是研究生物体在生理、病理状态时或外 有检测范围宽泛、灵敏度高、专属性强等优点。在
界理化因子刺激下内源性代谢物质的整体特征及 代谢组学的研究中,质谱通常与液相色谱、气相色
其变化规律的一门学科 。其核心任务是通过高通 谱联用,充分发挥色谱对复杂生物代谢物样本的前
[6]
量检测平台鉴定能够反映生物表型的生物标志物 期分离作用,有利于后续更有针对性的质谱检测。
和利用模式识别将生物标志物与生物学功能进行 相比于常规色谱,超高效液相(ultra performance liq⁃
关联。代谢组学从研究特点上分为靶向代谢组学 uid chromatography,UPLC)使用超高压输液泵和小
和非靶向代谢组学,在肿瘤生物标志物研究中使用 孔径固定相颗粒,提高用于检测的代谢组学样本成
较多的是非靶向代谢组学,其特点是无偏向的检测 分的分离度,从而达到更好的分辨率 [13] 。高效毛细
样本中所有能检测到的代谢物分子,对代谢物进行 管电泳(high performance capillary electrophoresis,
相对定量,通过生物信息学方法进行差异分析和通 HPCE)则适合高极性和带电代谢物的分离,并且能
路分析,寻找具有显著生物学意义的生物标志物。 与质谱实现联用 [14] 。另外,质谱串联(tandem mass
代谢组学的研究对象主要包括体液(如血液、尿液、 spectrometry)适合进行代谢通量分析,旨在揭示复
脑脊液等)、细胞、组织等生物系统中所有小分子量 杂生化网络中的代谢反应速率,是代谢组学研究领
(<1.0~1.5 kDa)内源性代谢物的完整集合,例如碳 域一种新的实验方法 [15] 。质谱成像(imaging mass
水化合物、脂质、氨基酸、小分子肽以及维生素等 。 spectrometry,IMS)被用于研究复杂生物样本中代谢
[7]
值得强调的是,科学的样本收集是确保待检样本的 物的空间分布,该技术已广泛应用于组织中脂质、
代谢特征能准确表征生物性状或表型的前提,因此 糖类等物质的成像,有助于更好地呈现细胞内重要
能否快速实现取材部位的代谢淬灭和能否做到精 物质的分布情况 [16-17] 。
准取材以及样本制备的方法学是否可靠是确保代 此外,代谢产物的鉴定和定量能够让我们了解
谢组学研究意义的关键所在,最终的目的是代谢组 生物体代谢情况,但不能反映它们之间相互流通和
学的结果能更符合肿瘤本身的代谢特征 [8-9] 。 转化等信息。稳定同位素(如 C)标记技术能够在
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核 磁 共 振 波 谱(nuclear magnetic resonance, 体内监测和追踪细胞内的代谢反应,有助于揭示某
NMR)和高效液相色谱/气相色谱⁃质谱联用(high 种代谢产物的来源或去向,使人们更好地了解病理
performance liquid chromatography/gas chromatogra⁃ 以及生理状态下的代谢规律的动态变化 [18] 。
phy⁃mass spectrometry/ mass spectrometry,HPLC/GC 代谢组学研究趋向于整合化、定量化、标准化
⁃MS/MS)是代谢组学常采用的两种检测技术。核磁 方向发展,特别是规范的代谢组学数据分析备受关
共振波谱技术包括氢谱(H⁃NMR)、碳谱( C⁃NMR) 注。代谢组学仪器平台能够对肿瘤样本内成百上
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以及二维谱(2D⁃NMR)等检测类型,主要提供代谢 千个代谢物进行高通量检测,产生庞大且多维度的
物的碳骨架和氢原子环境等化学结构相关信息,该 代谢谱数据,必须应用多元统计学等学科方法对数
技术具有样本制备量少、可重复性好、样本物态(液 据进行降维或聚类分析,以便能宏观上把握复杂的
体、固体、半固体)选择灵活等优势 。将核磁共振 数据,从而更有效地挖掘信息。代谢组学数据处理
[7]
的波谱学特征与核磁共振的影像学特征相结合发 的主要流程包括数据归一化、模型构建、模型评价、