Page 43 - 南京医科大学学报自然科学版

第41卷第2期 南京医科大学学报（自然科学版）
2021年2月 Journal of Nanjing Medical University（Natural Sciences） ·193 ·

·基础研究·

高通量测序技术检测非小细胞肺癌相关驱动基因的突变

严晓娣 ，史国振 ，毛旭华 3*
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1
1 南通大学附属医院肿瘤放疗科，江苏 南通 226001；江苏大学附属宜兴医院心胸外科，检验科，江苏 无锡 214200
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［摘 要］ 目的：探讨高通量测序技术在非小细胞肺癌驱动基因检测中的应用。方法：应用 Ion Torrent 高通量测序平台，检测
150 例非小细胞肺癌（non⁃small⁃cell lung cancer，NSCLC）患者 EGFR、KRAS、BRAF、NRAS、Her⁃2 和 PIK3CA 基因突变，并利用
Sanger 测序法和微滴式数字 PCR（droplet digital PCR，ddPCR）法检测 150 例 NSCLC 患者 EGFR 基因突变，对结果进行对比分
析。结果：EGFR、KRAS、BRAF、NRAS、Her⁃2和PIK3CA基因突变检出率分别为51.33%（77/150）、7.33%（11/150）、1.33%（2/150）、
1.33%（2/150）、2.00%（3/150）和4.67%（7/150）。57例标本未检出任何基因突变，84例标本检出单个驱动基因发生突变。9例
标本检出2个及以上驱动基因发生突变。Sanger测序法检测EGFR基因突变，突变检出率为38.67%（58/150），与高通量测序法
比较，差异有统计学意义（χ =4.862，P=0.027），高通量测序法的灵敏度为 98.28%，特异度为 78.26%。ddPCR 法突变检出率为
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50.00%（75/150），与高通量测序法比较，差异无统计学意义（χ =0.053，P=0.818），阳性一致率为82.67%，阴性一致率为80.00%，
2
总一致率为81.33%。结论：高通量测序法更适合应用于NSCLC诊疗，Sanger测序法和ddPCR法可作为有益的补充。
［关键词］ 非小细胞肺癌；驱动基因突变；高通量测序；Sanger测序；微滴式数字PCR
［中图分类号］ R734.2 ［文献标志码］ A ［文章编号］ 1007⁃4368（2021）02⁃193⁃05
doi：10.7655/NYDXBNS20210207

High⁃throughput sequencing of driver gene mutations in non⁃small cell lung cancer

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1
YAN Xiaodi ，SHI Guozhen ，MAO Xuhua 3*
1 Department of Tumor Radiotherapy，Affiliated Hospital of Nantong University，Nantong 226001；Department of
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Cardiothoracic Surger，Department of Laboratory，Affiliated Yixing People’s Hosptial of Jiangsu University，Wuxi
3
214200，China

［Abstract］ Objective： This study aims to investigate the value of detecting driver gene mutations in non⁃small cell lung cancer
（NSCLC）patients using next⁃generation sequencing（NGS）technology. Methods：Somatic mutations in 150 NSCLC patients including
EGFR，KRAS，BRAF，NRAS，Her⁃2 and PIK3CA were detected by Ion torrent personal genome machine（PGM）. Sanger sequencing
and ddPCR was used to test and verify the results of EGFR gene mutations. Results：According to NGS results，mutations were
detected in EGFR（51.33%，77/150），KRAS（7.33%，11/150），BRAF（1.33%，2/150），NRAS（1.33%，2/150），Her⁃2（2%，3/150）and
PIK3CA（4.67%，7/150）. There were 57 samples without any somatic mutations in all genes，84 samples had one or more mutations in
single gene，while 9 samples harboured mutations in two or more genes. The overall detection rate of EGFR mutation by NGS and
Sanger sequencing was 51.33%（77/150）and 38.67%（58/150）. The difference between the two methods was statistically significant
（χ =4.862，P=0.027）. Compared to Sanger sequencing，the sensitivity and specificity of NGS assays was 98.28% and 78.26% ，
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respectively. The overall detection rate of EGFR mutation by NGS and ddPCR was 51.33%（77/150）and 50%（75/150）. There was no
significant difference between the two methods（χ =0.053，P=0.818）. Compared to ddPCR，the positive concordance rate was 82.67%，
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the negative consistency rate was 80% ，and the total concordance rate was 81.33% . Conclusion：Next ⁃ generation sequencing
technology is more suitable for the diagnosis and treatment of NSCLC. Sanger sequencing and ddPCR can be useful supplements.
［Key words］ non⁃small cell lung cancer；driver gene mutation；high⁃throughput sequencing；Sanger sequencing；droplet digital PCR
［J Nanjing Med Univ，2021，41（02）：193⁃197］

［基金项目］ 江苏大学临床医学科技发展基金（JLY2018 0004）
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通信作者（Corresponding author），E⁃mail：jsyxmao@163.com