Page 38 - 南京医科大学学报自然科学版
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第42卷第1期
               · 32  ·                           南 京    医 科 大 学 学         报                        2022年1月


              matic（v0.32）进行基因数据质量过滤，保留基因质                      有数据以均数±标准差（x ± s）表示。采用 Shapiro⁃
              量在 20 以上的碱基。基因差异表达的计量数据为                          Wilk法检验数据是否服从正态分布，对符合正态分
              基因表达水平分析中得到的 readcount 数据。采用                      布的计量资料，两组数据比较采用t检验，多组数据
              deseq进行分析，采用Quantile的Normalization方法，             比较采用单因素方差分析，P < 0.05 为差异有统计
              选取P < 0.05、差异倍数>2即|log2FC| > 1的基因作为               学意义。
              差异表达的基因列出。                                        2 结     果
              1.2.5  GO功能和KEGG信号通路富集度分析
                  通过 GO 分类号和 GO 数据库相关分析工具将                      2.1  大鼠骨密度变化
              分类与具体基因联系起来，对基因的功能进行描                                  所有12只大鼠均顺利完成手术并饲养3个月。
              述，通过分析明确差异基因主要参与的生物功能。                            骨质疏松模型组和对照组 SD 大鼠术前骨密度差异
              对 差 异 表 达 lncRNA 的 共 表 达 靶 基 因 mRNA 做             无统计学意义［（182.33±4.50）mg/cm vs.（184.17±
                                                                                                  2
              KEGG 信号通路富集分析，判定差异基因主要影响                          4.49）mg/cm ，P > 0.05］；骨质疏松模型组 SD 大鼠
                                                                           2
              的生物学功能或者信号通路。                                     3 个月后骨密度为较对照组大鼠显著降低［（157.33±
              1.3  统计学方法                                        6.28）mg/cm vs.（183.33±4.50）mg/cm ，P < 0.05］，同
                                                                                                 2
                                                                           2
                  采用SPSS22.0统计学软件包进行数据分析，所                      时较切除卵巢前显著降低（P < 0.05，图1）。


















                                            A               B                C               D
                       A：骨质疏松模型组大鼠骨骼影像；B：骨质疏松模型组大鼠大体影像；C：对照组大鼠骨骼影像；D：对照组大鼠大体影像。
                                                   图1   SD大鼠骨密度检测
                                              Figure 1  Bone mineral density of SD rats


              2.2  大鼠BMSC内lncRNA的差异表达                           机制来预测差异 lncRNA 的靶基因 4 532 个，上述
                  骨质疏松模型组和对照组 SD 大鼠 BMSC 内                      |log2FC|值均在 6 以上的 18 个 lncRNA 的预测下游
              检测出基因片段共计 32 759 个，差异有统计学意                        mRNA基因见表1。
              义（P < 0.05）的有 8 454 个，其中上调 3 593 个，下调                  对基因芯片技术检测到的差异基因、同时又
              4 861个。检测到的lncRNA基因片段共4 992个，按                    被预测为差异 lncRNA 可能调控靶标的编码基因，
              照|log2FC| > 1、P < 0.05 的评价标准，骨质疏松模型               取交集共计 273 个基因进行 GO 分析、KEGG 信号
              组和对照组大鼠 BMSC 内共 116 个 lncRNA 差异有                  通路富集度分析（图 3）。根据 GO 功能分析，生物
              统 计 学 意 义（P < 0.05），占 所 有 lncRNA 基 因 的            学过程（BP）中基因分布前 5 位的分别是发育过程
              2.3%，其中上调35个，下调81个。聚类热图和火山                        （GO：0032502）、细胞生长（GO：0001558），解剖结构
              图分析结果提示差异谱结果可靠（图2）。                               的发育（GO：0048856）、刺激反应（GO：0048583）和
              2.3  差异lncRNA高级分析结果                               细胞蛋白代谢过程（GO：0032268）。细胞成分（CC）
                  通过高级分析最终筛选出18个lncRNA差异具                       方面，显著差异lncRNA 主要存在于异染色质、与膜
              有统计学意义（P < 0.05），其|log2FC|值均在 6 以上，               相连的细胞器、核内腔、激活素A复合体内。
              其中上调的基因数为3个，占总数的16.7%，下调的                              差异 lncRNA 主要富集的 KEGG 信号通路，前
              基因个数为15个，占总数的83.3%。通过“cis”调控                      5 个信号通路分别是：蛋白的转运通路、味觉的传导
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