Page 90 - 南京医科大学学报自然科学版

第42卷第7期
·986 · 南 京 医 科 大 学 学 报 2022年7月

2.2 肾透明细胞癌中 m5C 甲基化相关基因之间的 细信息，对肾透明细胞癌进行了进一步的相关性分析
相互作用 （图 1D）。TET2 和 NSUN3 之间存在密切的相关性。
为了研究主要 m5C 甲基化相关基因之间的关 除NSUN4外，NOP2与其他11个m5C甲基化相关基
联，我们构建了PPI网络（图1C），以显示13个m5C甲 因相关。除 NSUN7、NSUN4、NSUN3 外，NUSN2 与
基化相关基因之间的相互作用。TRDMT1似乎是相 其他 m5C 甲基化相关基因呈正相关。DNMT3A、
互作用网络的中心基因，与其余大多数m5C甲基化 DNMT3B、NSUN4、NSUN6亦如此。最后，TRDMT1和
相关基因相关。由于PPI网络没有提供相关性的详 TET2与NSUN5负相关性最高，分别为-0.33和-0.31。

A B
Type 6 Type 80 P<0.001
N
NSUN7 *** 4 T
2
***
NSUN4
0 60
TRDMT1
-2
TET2 *
-4
NSUN3 *
-6 基因表达量 40
ALYREF ***
NSUN5 ** P<0.001 P<0.001 P<0.001
NSUN6 ***
20 P=0.03 P<0.001 P=0.003
DNMT3B ***
P<0.001 P<0.001
DNMT1 *** P=0.03 P<0.001
P=0.805
DNMT3A *** 0
NSUN2 ***
NSUN6 TET2 NSUN3 NSUN7 NSUN2 NOP2 NSUN5 NSUN4
***
NOP2 ALYREF DNMT3B TRDMT1 DNMT1 DNMT3A
C D
NSUN3 NSUN4 ALYREF NSUN5 DNMT1 NSUN2 NOP2 DNMT3B NSUN6 DNMT3A NSUN7 NSUN4 TRDMT1 TET2 NSUN3
1.0
ALYREF
NSUN5
0.8
NSUN5
NSUN7
NSUN6
DNMT1 0.6
NOP2 NSUN2
0.4
NOP2
ALYREF TRDMT1 0.2
DNMT3B
NSUN6 0
NSUN2 DNMT3A
DNMT3A
-0.2
NSUN7
TET2 -0.4
DNMT3B
NSUN4
-0.6
TRDMT1
DNMT1
TET2 -0.8
NSUN3
-1.0
A：热图显示每个临床样本中13种m5C甲基化相关基因的表达水平；N：正常组；T：肿瘤组；两组比较，P < 0.05，P < 0.01， P < 0.001；B：
*
***
**
小提琴图显示13种m5C甲基化相关基因在肿瘤组织和正常对照组之间存在显著差异；C：13个差异表达的m5C甲基化相关基因的PPI网络；
D：Pearson分析确定TCGA肾透明细胞癌中13个m5C甲基化相关基因之间的相关性。
图1 m5C甲基化相关基因在肾透明细胞癌中的表达和相互作用
Figure 1 Expression and interaction of m5C methylation⁃related genes in renal clear cell carcinoma
2.3 鉴定具有不同临床结果和特征的两组肾透明 NSUN2、NSUN3、NSUN4、NSUN5、NSUN6、NSUN7、
细胞癌样本 TRDMT1、DNMT1、DNMT3A、DNMT3B、TET2 和
使用 TCGA 数据库中 572 份肾透明细胞癌样本 ALYREF）进行进一步研究。基于13个基因表达的相
的转录组数据进行共识聚类分析。从上述差异表达 似性分析，结合共识聚类累积分布函数（CDF）和CDF
的 m5C 甲基化相关基因中，使用 13 个基因（NOP2、 曲线下区域的相对变化（图2A、B），当聚类稳定性数