Page 95 - 南京医科大学学报自然科学版

第42卷第7期 陈晓超，卜恒涛，梁 超，等. m5C甲基化相关基因预测肾透明细胞癌的预后［J］.
2022年7月 南京医科大学学报（自然科学版），2022，42（7）：983-993 ·991 ·

A B
Complement and coagulaton
Count
cascades 3
4
5
6 Count
7
Fat digestion and absorption 8 4
qvalue
qvalue
Proteoglycans in cancer
0.01 0.099
Cholesterol metabolism 0.02
0.03
0.04
Folate biosynthesis
0.04 0.06 0.08 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 0.20
GeneRatio GeneRatio
C D
humoral immune response response to steroid hormone
negative regulation of hydrolase activity regulation of cell⁃substrate adhesion
defense response to bacterium positive regulation of cell⁃substrate adhesion
acute inflammatory response regulation of cell⁃matrix adhesion
negative regulation of endopeptidase activity positive regulation of focal adhesion assembly
negative regulation of peptidase activity negative regulation of endothelial cell apoptotic process
regulation of humoral immune response negative regulation of epithelial cell apoptotic process
regulation of complement activation positive regulation of cell⁃matrix adhesion
acute⁃phase response regulation of endothelial cell apoptotic process
blood coagulation，intrinsic pathway collagen⁃containing extracellular matrix
blood microparticle tertiary granule memgrane
Count Count
collagen⁃containing extracellular matrix 3 specific granule membrane 1
high⁃density lipoprotein particle 6 9 basement membrane 2 3
positive regulation of
plasma lipoprotein particle 12 15 cell⁃substrate junction organization 4 5
lipoprotein particle 18 6
specific granule
protein⁃lipid complex qvalue qvalue
platelet dense granule lumen
specific granule lumen 0.005 anchored component of exernal side 0.1
of plasma membrane
chylomicron 0.010 exocyst 0.2
0.3
very⁃low⁃density lipoprotein particle platelet dense granule
triglyceride⁃rich plasma lipoprotein particle intrinsic component of external
side of plasma membrane
enzyme inhibitor activity carbohydrate binding
transmembrane receptor
endopeptidase inhibitor activity protein tyrosine kinase activity
peptidase inhibitor activity transmembrane receptor protein kinase activity
endopeptidase regulator activity protein tyrosine kinase activity
peptidase regulator activity G protein⁃coupled peptide receptor activity
serine⁃type⁃endopeptidase inhibitor activity peptide regulator activity
heparin binding heparin binding
monocarboxylic acid binding laminin binding
fatty acid binding peptide hormone binding
lipase inhibitor activity protein kinase A binding
0.03 0.06 0.09 0.12 0.05 0.10
GeneRatio GeneRatio
A、B：KEGG分析结果，气泡图显示了高低风险组中排名靠前的信号通路；C、D：GO分析结果，气泡图显示了高低风险组中排名靠前的信号通路。
图6 GO和KEGG富集分析结果
Figure 6 GO and KEGG enrichment analysis results
化相关基因可能与肾透明细胞癌的预后相关。通 最后，GO和KEGG富集分析验证这些m5c甲基化相
过 Lasso⁃Cox 回归分析建立了由 NSUN5、NSUN6、 关基因的主要生物学功能。总体而言，本研究结果
DNMT3B和TET2 4个基因组成的生存预后模型，根 表明 m5C 甲基化相关基因对肾透明细胞癌具有相
据每个肾透明细胞癌患者风险值将样本分为高风 对稳定的预测能力。
险组和低风险组，观察发现，高风险组患者生存率 目前，NSUN5、NSUN6、DNMT3B和TET2在肿瘤
显著低于低风险组。这一结果提示，这 4 个基因可 中的作用已被广泛研究。根据报道，NSUN5可以通
以作为肾透明细胞癌的预测因子。接着先制作热 过修饰真核rRNA来维持小鼠的蛋白质合成和正常
图评估了4个m5C甲基化相关基因的临床参数，然 的生长 ［13］ 。此外，NSUN5在结直肠癌肿瘤组织和细
后通过单变量和多变量 Cox 回归分析确立了分级 胞中表达上调，并通过促进细胞增殖，在体外触发
和分期是肾透明细胞癌的独立预后因素。此外， 细胞周期停滞进而促进肿瘤的生长 ［14］ ；NSUN6可以
GEPIA2 数据库分析发现这 4 种基因在肿瘤组中的 通过调节 CDK10 参与有丝分裂纺锤体的组装进而
表达均上调，而在cBioportal 数据库中发现这4种基 影响胰腺癌细胞的增殖 ［15］ ，此外，NSUN6 可以通过
因的表达量与拷贝数变异之间有关，这一结果显 NELFB 和 RPS6KB2 相互作用来介导胶质母细胞瘤
示，TET2、NSUN5、DNMT3B可能是由于其拷贝数的 对替莫唑胺的反应 ［16］ ；另外有研究显示，DNMT3B能
变异而对肾透明细胞癌的发生和进展产生影响。 够与前列腺癌细胞中的转录抑制因子结合控制