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第42卷第7期 陈晓超,卜恒涛,梁 超,等. m5C甲基化相关基因预测肾透明细胞癌的预后[J].
2022年7月 南京医科大学学报(自然科学版),2022,42(7):983-993 ·987 ·
据集中k在2~10之间变化时,k=2被认为是合适的聚 透明细胞癌的临床病理特征,应用热图来显示分期
类数(图2C)。然后,根据生存参数将肾透明细胞癌 的显著差异(P < 0.05)。而其他特征,如TNM分类、
样本分为两个亚群,可见亚群1中肾透明细胞癌患者 性别、年龄和临床分级等无显著差异(图2E)。从而,
的总生存期(overall survival,OS)较亚群 2 缩短(P < 我们可以得出结论,13个m5C甲基化相关基因的表
0.001,图2D)。此外,为了更好地预测这两个亚群肾 达特征与肾透明细胞癌患者的分期有关。
A B
1.0 1.2
0.8 1.0
0.6 0.8
CDF 2 CDF曲线下面积的相对变化 0.6
0.4 3
4
5 0.4
6
0.2 7
8
9 0.2
0
0
0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 2 3 4 5 6 7 8 9
一致性系数 k
C E
cluster cluster
2 N 10 cluster1
M cluster2
T
3 **
stage 5 N
grade N0
4 gender N1
age 0 N2
fustat
5
M
k
NSUN4 -5 M0
6 M1
NSUN3 T
7 -10
T1
T2
8 TET2
T3
9 TRDMT1 Stage
StageⅠ
StageⅡ
样本 NSUN7 StageⅢ
StageⅣ
D
NSUN2
grade
G1
1.0 cluster 1
DNMT1 G2
cluster 2 G3
G4
0.8
ALYREF
gender
female
NOP2
0.6
生存率 NSUN5 age male
0.4
≤65 y
>65 y
DNMT3B
0.2 fustat
P < 0.001 aive
NSUN6 death
0
0 2 4 6 8 10 DNMT3A
时间(年)
A、B:共识聚类累积分布函数(CDF)和CDF曲线下区域的相对变化,从k=2到k=9;C:肾透明细胞癌的样本追踪图:D:通过Kaplan⁃Meier 方
法对两个亚群进行生存分析;E:根据临床病理参数分组的患者中13个m5C甲基化相关基因的表达热图;两组比较,P < 0.01。
**
图2 共识聚类分析显示肾透明细胞癌两个亚群的预后差异
Figure 2 Consensus clustering analysis revealed prognostic differences between two subgroups of clear cell renal cell carcinoma