Page 88 - 南京医科大学学报自然科学版
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第42卷第7期
               ·984 ·                            南 京    医 科 大 学 学         报                        2022年7月


              related genes constructed by this research can predict the prognosis of patients with RCCC.
             ［Key words］ renal clear cell carcinoma；m5C⁃RNA methylation；survival prognostic model；TCGA
                                                                            ［J Nanjing Med Univ，2022，42（07）：983⁃993］







                  肾细胞癌是世界上第三常见的泌尿系恶性肿                           GO 和 KEGG 分析对高低风险组中的差异基因进行
              瘤，主要包括肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、嫌色                           了分析，进一步揭示这些差异基因的生物学功能和
              细胞癌、集合管癌和未分类肾细胞癌。其中肾透明                            潜在的信号通路。
              细胞癌约占 80%~90% 。尽管目前开发了许多靶
                                  ［1］
                                                                1 资料和方法
              向药物和免疫抑制药物，但肾根治性切除术仍然是
                             ［2］
              金标准治疗方法 。此外，肾透明细胞癌的特点是                            1.1  资料
              复发率和转移率高 ，这对患者的健康和生活质量                                 从 TCGA 数据库中下载了 572 个肾透明细胞癌
                               ［3］
              造成严重影响。因此，寻找肾透明细胞癌中的相关                            样本和 72 个正常样本的转录组数据用于进一步分
              基因以构建预测模型至关重要，同时这些基因也可                            析，临床数据也从 TCGA 数据库下载（https：//www.
                                                                             ［9］
              以作为未来分子靶向治疗的潜在靶点。                                 cbioportal.org/） 。在 cBioportal 数据库中研究了选
                  最新研究表明，RNA修饰是一种新兴的基因调                         定的 4 种基因与拷贝数变异之间的关系（https：//
                                                                                  ［10］
              控机制，其主要包括 m6A、m5C 和 m1A，m6A 和 m5C                 www.cbioportal.org/） 。在 GEPIA2 数据库找到这
              修饰技术是160多种化学修饰中最主要和最具代表                           4 种基因的不同器官表达特征             ［11］ 。肾透明细胞癌和
              性的两种 RNA 转录后修饰类型              ［4- 5］ 。其中，m5C⁃     癌旁正常组织样本来自2008年4月—2019年4月南
              RNA甲基化修饰主要依赖于甲基转移酶、去甲基化                           京医科大学第一附属医院接受根治性肾切除术的
              酶和结合蛋白，m5C⁃RNA甲基化修饰发挥多种生物                         患者，本研究经过了南京医科大学第一附属医院伦
              学功能。如调节 mRNA 的转运，增加 RNA 的稳定                       理委员会授权（伦理批准号：2021⁃SR⁃430）。所有患
              性，调节蛋白质翻译，维持 RNA 正常结构等，近年                         者都签署了协议，允许他们的组织样本和相应临床
              来许多研究表明，m5C⁃RNA 甲基化修饰参与调节                         信息用于进一步的研究。
              多种肿瘤的发生发展、侵袭和转移。如在肺癌中，                            1.2  方法
              m5C 甲基化相关基因 NSUN3、NSUN4 在肿瘤组织                     1.2.1  m5C⁃RNA甲基化相关基因分析
              中的表达高于正常肺组织，且与临床病理特征及生                                 从已发表的文献中找到 13 个 m5C 甲基化相关
              存率有关，此外，还与 6 种主要免疫细胞的浸润有                          基因，其中包括 11 个甲基转移酶（NOP2、NSUN2、
                                               ［6］
              关，从而调节肺癌的肿瘤免疫微环境 。在膀胱尿                            NSUN3、NSUN4、NSUN5、NSUN6、NSUN7、DNMT1、
              路上皮癌中，m5C 甲基化转移酶 NSUN2 表达较正                       DNMT3A、DNMT3B、TRDMT1）、1 个 去 甲 基 化 酶
              常组织高，从而通过增强癌基因肝癌衍生生长因子                            （TET2）和 1 个结合蛋白（ALYREF）。然后系统地
             （HDGF）mRNA 的稳定性来促进疾病的发生发展。                         提取并分析了 13 种调节基因的表达谱，以及临床
              而对头颈鳞状细胞癌的研究显示，m5C RNA甲基化                         病理参数。
              修饰不仅有助于促进疾病的进展，NSUN5、DNMT1和                       1.2.2  m5C甲基化相关基因差异表达的数据处理
              DNMT3A 的表达模式还有助于预测疾病的预后。                               提取 572 例肿瘤组织和 72 例正常肾组织中
              因此，寻找m5C甲基化相关基因对肿瘤患者的早期                           m5C 甲基化相关基因的表达矩阵和临床资料。使
              诊断和预后评估具有重要意义                                     用 limma 软件包的 R 版本（4.1.0）确定肿瘤和对照

                  本研究基于肿瘤基因图谱（the Cancer Genome                 组之间差异表达的m5C甲基化相关基因。以P < 0.05
              Atlas，TCGA）数据库下载的肾透明细胞癌患者的数                       和|log2FC|>1 作为所有检验的显著性阈值。此外，

              据，通过生物信息学和统计学分析，构建了由 m5C                          用热图和小提琴图展示肿瘤组和对照组表达的
              甲基化相关基因组成的生存预后模型，分析了与肾                            差异。
              透明细胞癌生存有关的独立预后影响因素，同时用                            1.2.3  m5C甲基化相关基因的共识聚类分析
              此模型将肾透明细胞癌患者分为高低分险组，通过                                 用 R（4.1.0）的“ConsensusClusterPlus”软件包对
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