Page 27 - 南京医科大学学报自然科学版

第43卷第1期 骆长亮，张秋红，孙林春. Caspase⁃3抑制剂所致氧化应激状态下肾小管上皮细胞差异表达
2023年1月 基因的筛选及功能验证［J］. 南京医科大学学报（自然科学版），2023，43（01）：017-026 · 21 ·

A B 10.0
Sample
Sample
1
对照组1
对照组2
7.5
对照组3
0
caspase⁃3抑制剂组1
caspase⁃3抑制剂组2
threshold
caspase⁃3抑制剂组3
-1 5.0 FALSE
lgP
TRUE
2.5

0
-4 0 4
log2FC
A：聚类热图，红色代表高表达，蓝色代表低表达；B：火山图，横坐标为log2FC，纵坐标为lgP值。
图2 差异基因的聚类热图和火山图
Figure 2 Clustering heatmap and volcano map of DEG

表2 排名前10的GO通路名称
Table 2 The top 10 GO entries
组别 名称 P值 基因名称

BP GO∶0032989（细胞成分的形态发生） 0.014 FIS1、ATOH1、CCK、EZR、SSBP1、CTNNB1
GO∶0048562（胚胎器官形态发生） 0.030 STRA6、MTHFD1L、SOX18、KCNQ4、HOXA2
GO∶0030522（细胞内受体介导的通路） 0.030 DNAJA1、CALR、CTNNB1
GO∶0070584（线粒体形态发生） 0.034 FIS1、SSBP1

CC GO∶0005815（微管组织中心） 0.012 KIF2B、EZR、FAM110C、DCTN3、CTNNB1
GO∶0044420（细胞外基质成分） 0.012 COL7A1、COL11A2、SPARC、TNXB
GO∶0005581（胶原蛋白三聚体） 0.019 COL13A1、COL7A1、COL11A2、TNXB
GO∶0030529（核糖核蛋白复合物） 0.033 RPSA、SND1、SNRNP200、SNRPB、RPL5、CALR
MF GO∶0005198（结构分子活性） 0.001 RPSA、TUBB2A、ARPC2、MAP4、RPL5、DCTN3、PLEC
GO∶0015171（氨基酸跨膜转运蛋白活性） 0.026 SLC7A11、SLC7A5、SLC7A1、SLC7A9

2.3 差异基因的GO通路和KEGG通路富集分析 （cell constitutes，CC），以及结构分子活性、氨基酸
GO 注释表明，DEG 的功能主要集中在细胞成 跨膜转运蛋白活性等分子功能（molecule function，
分的形态发生、胚胎器官形态发生、细胞内受体介 MF）（表2）。KEGG通路富集分析显著性排名前5的

导的通路、线粒体形态发生等生物学过程（biological 条目包括 RAC1 信号通路、RNA 代谢通路、RhoA 信
process，BP），微管组织中心、细胞外基质成分、胶 号通路、糖尿病途径和细胞蛋白的凋亡裂解通路
原蛋白三聚体、核糖核蛋白复合物等细胞组分 （表3）。

表3 排名前5的KEGG通路名称
Table 3 The top 5 KEGG pathway entries
名称 基 因 P值
RAC1信号通路 PREX2、CTNNB1、EZR、ARPC2 0.022
RNA代谢通路 SNRPB、PSMC3、KHSRP、RPL5、RPSA 0.022
RhoA信号通路 PREX2、CTNNB1、EZR、ARPC2 0.022
糖尿病途径 CALR、RPN1、RPL5、RPSA 0.023
细胞蛋白的凋亡裂解通路 CTNNB1、PLEC 0.036