Page 32 - 南京医科大学学报自然科学版
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第43卷第7期
               ·918 ·                            南 京    医 科 大 学 学         报                        2023年7月


                      ［3］
              低于 10% 。胰腺癌发生隐匿、起病早期阶段无症                          B4GALT5的功能在肝细胞癌           ［14］ 、妇科肿瘤  ［15］ 中已有
              状、迄今尚缺乏可靠的早期诊断生物标志物与特异                            报道，但是B4GALT5在胰腺癌中的作用迄今尚未见
              敏感的诊断方法等都是导致胰腺癌确诊晚、治疗难                            报道。本研究还进一步在本中心的胰腺生物样本
                               ［4］
              和病死率高的根源 。目前糖类抗原 CA19⁃9 虽然                        组织和胰腺癌细胞系中验证了 B4GALT5 的表达情
                                                ［5］
              被广泛用于胰腺癌发生与预后的监测 ，但由于大                            况，通过系列体外实验证明了其在胰腺癌恶性生物
              约有 10%的人群不表达 Lewis 抗原，CA19⁃9 也可在                  学行为中的作用。
              良性胰胆管疾病和胆道梗阻的情况下升高等原因，
                                                                1 资料和方法
              CA19⁃9 尚不能提供足够的准确性来早期发现和诊
              断胰腺癌。为了解决胰腺癌早期诊断、根治、预后                            1.1  资料
              等棘手问题，探索新的生物标志物是重要和紧要的                                 本研究从公共癌症基因组图谱数据库（TCGA，
                      ［6］
              研究工作 。                                            https：//portal.gdc.cancer.gov/）中获得了178例胰腺癌
                  糖基化是在酶的控制下，将糖链连接到糖类、                          患者和4例正常胰腺样本的转录组测序数据和相关
              脂类或蛋白质分子上的过程。糖基化代表了一组                             临床参数（如性别、年龄、分级、TNM 分期、生存期
              独特的蛋白质修饰，可能涉及单糖甚至整个寡糖                             等）。另外 165 个正常胰腺样本的信息来自基因型
             （聚糖）与糖蛋白内的特定氨基酸相连接的过程。                             组织表达数据库（GTEx，https：//www.gtexportal.org/
              糖基化修饰主要发生在高尔基体和内质网中，反映                            home/index.html）。糖基化相关基因集来源于在线
              了一系列复杂的酶、细胞器和其他因素的协调作                             数据库GGDB（GlycoGene DataBase，https：//acgg.asia/
                                                                       ［16］
              用，糖链与脂质和蛋白质连接的两种最常见的机制                            ggdb2/） 。验证样本集来源于南京医科大学第一
              是O⁃连接和N⁃连接的糖基化 。                                  附属医院胰腺中心 2019—2022 年行胰十二指肠切
                                       ［7］
                  糖基化也是肿瘤转化过程中的表观遗传学变                           除术 60 例患者的胰腺癌组织和配对的邻近非肿瘤
                    ［8］
              化之一 。肿瘤中的异常糖基化修饰在 50 年前被                          组织，组织样本由 ISO90012015 质量认证的胰腺专
                       ［9］
              首次描述 ，迄今，许多研究表明糖基化基因主导                            病生物样本库提供，并由两位病理医生核对与证
              的糖基化修饰与肿瘤的发生发展密切相关                     ［10］ 。特    实。医院伦理委员会批准了该研究使用患者的生
              别是，聚糖不能像蛋白质和核酸那样直接从基因组                            物样本（伦理号：2020⁃SRFA⁃364），所用的生物样本
              编码模板合成，其保真度主要取决于糖基转移酶                             均有书面的患者签名知情同意书。
             （glycosyltransferase，GT）的特异性，后者通过一次                1.2  方法
              添加一种糖来合成复杂的聚糖。大多数真核生物                             1.2.1  糖 基 化 相 关 的 差 异 表 达 基 因（differential
              GT 定位于分泌通路的腔内，并在向细胞表面或细                           expression genes related to glycosylation，DE⁃GRG）的
              胞外间隙转运时修饰蛋白质和脂质                  ［11］ 。与未恶性       筛选
              转化的细胞相比，肿瘤细胞显示出异常的糖基化改                                 使用 Wilcoxon 检验进行糖基化差异基因的鉴
              变，异常的糖基化已被认为是所有癌症的一个普遍                            定，纳入标准为 P < 0.05 且|log2FC|≥1。使用 R 包
              标志。                                              “ComplexHeatmap”绘制聚类热图。
                  通过系统整合在公共数据库 TCGA 与 GTEx 中                    1.2.2  单因素Cox分析
              胰腺癌患者生物样本的测序数据，本研究筛选出                                  使用 R 包“survival”进行单变量 Cox 分析，筛选
              与胰腺癌预后相关的糖基化差异表达基因，其中，                            出与胰腺癌患者生存相关的DE⁃GRG。
              风险比（hazard ratio，HR）最大的基因是β⁃1，4⁃半乳                1.2.3  GO/KEGG富集分析
              糖 基 转 移 酶 5（beta ⁃ 1，4 ⁃ galactosyltransferase 5，      GO 分析用于对基因或蛋白质进行功能分类，
              B4GALT5）。B4GALT5 是 7 个β⁃1，4⁃半乳糖基转移                主要应用于基因表达谱分析、蛋白质互作网络分析
              酶基因之一，B4GALT5 催化半乳糖从 UDP⁃半乳糖                      和新基因功能预测等领域。KEGG分析主要针对生
              向葡萄糖神经酰胺（GlcCer）转移合成乳糖基神经                         物体中的代谢通路。使用 R 包“clusterProfiler”进行
              酰胺（LacCer）   ［12-13］ 。B4GALT5 主要存在于细胞表            GO/KEGG富集分析。
              面，也定位于高尔基复合体中，类似于其他糖基转                            1.2.4  表达验证及生存分析
              移酶，它们修饰的蛋白分子作为黏附分子参与基质                                 应用在线分析网站 GEPIA（http：//gepia.cancer⁃
              相互作用、细胞扩散和迁移以及信号转导级联。                             pku.cn/）对目的基因进行表达水平和预后相关分
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