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第44卷第9期
               ·1218 ·                           南 京    医 科 大 学 学         报                        2024年9月


              significantly positively correlations with tumor microenvironment matrix（TME）score，immune score，and ESTIMATE score（all P <
              0.001），significantly positive correlations with infiltrations such as neutrophils（all P < 0.05），and significantly negative correlations
                                               +
              with infiltrations like activated memory CD4 T cells（all P < 0.01）. In addition，the GSEA analysis indicated that PSCRC might
              participate in oxidative phosphorylation，angiogenesis，hypoxia and inflammatory response. Importantly，the newly constructed model
              showed a good prognostic ability，with a C⁃index of 0.765 and a 95% confidence interval（CI）of 0.747 to 0.783（P < 0.001）. Finally，in
              the three datasets，the therapy prediction results revealed that the low⁃risk scoring group had a high response rate to immunotherapy
             （all P < 0.001）；PSCRC was significantly negatively correlated with the half inhibitory concentration（IC50）of chemotherapy drugs such
              as imatinib，dasatinib，and pazopanib（all P < 0.001），and significantly positively correlated with the IC 50 of metformin，sorafenib and
              other drugs（all P <0.001）. Conclusion：We construct a PSCRC，which provides a robust model for CRC prognosis. and also offers a
              potential marker for predicting treatment.
             ［Key words］ colorectal cancer；prognostic model；Lasso⁃cox regression；immunotherapy；chemotherapy
                                                                          ［J Nanjing Med Univ，2024，44（09）：1217⁃1226］




                  结直肠癌（colorectal cancer，CRC）是指发生于              整理 CRC_TCGA（581 例样本）的临床和 RNA 测序
              结肠或直肠的癌变，以直肠、乙状结肠最为常见。                           （RNA sequencing，RNA⁃seq）数据，提取 TPM（trans⁃
              国际癌症研究机构编制的2020年癌症发病率和死亡                          formation parameters model，TPM）格 式 的 数 据 ，用
              率评估数据显示，2020年全球范围内新发1 930万例                       log2（表达值+1）方法处理数据。从 GEO（Gene Ex⁃
              癌症病例，死亡人数近1 000万例。其中，CRC发病                        pression Omnibus，GEO）（https：//www.ncbi.nlm.nih.
              数近 193 万（10%），排名仅次于乳腺癌和肺癌，位居                      gov/gds）数据库下载 CRC 数据集 GSE39582（585 例
                                                                     ［8］
                                                                                              ［9］
              第3位；死亡人数近92万（9.2%），仅次于肺癌，位居第                      样本） 和GSE17536（177例样本） ，经过id转换和
                 ［1］
              2位 。在我国，CRC是最常见的消化道恶性肿瘤之                          标准化处理。
              一，发病率和死亡率在所有癌症中分别位列第3和第                           1.2  方法
                                        ［2］
              5位，且发病率仍在继续增长 ，尤其是城区男性发                           1.2.1 单因素预后分析
                              ［3］
              病率增长速度最快 。                                             利用 R（4.2.1 版本）软件包“survival”进行批量
                  由于 CRC 发病早期缺乏特异性的症状表现而                        拟合生存回归，分组策略：0~50 vs. 50~100，预后类
                                                                                               ［10］
              容易被患者忽视，一旦出现血便、排便习惯改变等                            型为总生存期（overall survival，OS） 。
              情形时，病情往往已经进展至严重阶段，此时癌细                            1.2.2  最 小 绝 对 收 缩 和 选 择 运 算（least absolute
              胞普遍随着血液系统或者淋巴循环而扩散至其他                             shrinkage and selection operator，LASSO）⁃Cox回归分析
                                                    ［4］
              部位，形成转移灶，患者生存周期急剧缩短 。CRC                               预后 LASSO 变量轨迹：使用 R 包“glmnet”对清
              给医疗系统造成了沉重负担，严重威胁着人们的身                            洗后的GSE39582数据进行分析，得到变量系数值、
              体健康。                                              λ对数值、L1正则化值，并对数据进行可视化。
                  目前临床上治疗 CRC 的方法包括手术、放化                             预后 LASSO 系数筛选：使用“glmnet”包对清洗
              疗、靶向治疗和免疫治疗，可提高 CRC 患者 5 年生                       后的数据进行分析得到变量λ值、最大似然数，并对
              存率，但是肿瘤异质性依然影响着 CRC 的诊疗效                          数据进行可视化。
              果 ［5-7］ 。CRC 疗效和预后预测不仅可以帮助临床医                     1.2.3  CRC预后标签（prognostic signature of colorec⁃
              师制定合理的治疗方案，实现最优治疗效果，还可                            tal cancer，PSCRC）效果评估
              以帮助患者了解病情，更好配合医师诊疗。因此，                                 根据 PSCRC 风险评分百分位数（50%）将患者
              构建 CRC 预后和疗效预测的标志物在临床上具有                          分为两组，使用 R 包“survival”的“survfit”函数分析
              重要意义。                                             两组患者预后差异。随后，利用 R 包“pROC”的
                                                               “ROC”函数在 1 年、3 年和 5 年 3 个时间点进行受试
              1  材料和方法
                                                                者工作特征（receiver operating characteristic，ROC）
              1.1  材料                                           曲线分析，并使用“ci”函数评估曲线下面积（area
                  从癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，             under curve，AUC）和 95%置信区间，获得最终 AUC
              TCGA）数据库（https：//portal.gdc.cancer.gov）下载并        结果。最后，分析 PSCRC 风险评分与患者随访时
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